【正文】 由于可用的豬 TTV 序列 數(shù)量少，并且受到地理來源的限制，這種病毒的多樣性和 發(fā)展史沒有得到充分的研究。 因此，本研究的目的是確定在豬 TTVs 全基因組的 遺傳變異水平高度，研究類型和突變的影響，并確定如今豬 TTV 基因組序列與所有已知的豬基因組的親緣關(guān)系 ?；谶@些原因，新的豬 TTVs13全長基因組，獲得來自西班牙和分析了 10個已公布的基因組在一起。 材料與方法 研究中使用的血清標(biāo)本，從以前通過測試，聚合酶鏈反應(yīng)積極的 9豬 TTV中獲得，獲得健康的育肥豬從 11日至 15周齡。這些樣品收集在 20222022年期間4西班牙農(nóng)場（ GrauRoma， 2022年）和血清從 CReSA集合（ Centre de Recerca 93 en Sanitat Animal, Barcelona, Spain）中。對 TTSuV1和 TTSuV2 的全長基因組擴(kuò)增與校對 DNA 聚合酶（ Taq 酶洛杉磯 TaKaRa 公司，寶生物公司，日本）的特異性引物使用位于非編碼區(qū)。 聚合酶鏈反應(yīng)條件為： 初始變性步驟 95℃ 5分鐘，隨后在 95度 30 秒， 48℃（ TTSuV1）或 56℃（ TTSuV2）30 S 和 72186。3 分鐘的 C， C 由 40 個循環(huán)最終于延長 5 分鐘 9972 攝氏度擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)電泳分離在 ％瓊脂糖凝膠，使用 NucleoSpin 提取純化二（馬謝雷格爾）。序列，獲得了 DNA的使用 BigDye終結(jié)者走循環(huán)測序試劑盒 ABI棱柱 3100遺傳分析儀（應(yīng)用生物系統(tǒng)公司）。序列組裝使用 ContigExpress 應(yīng)用（向量NTI 公司 11 節(jié)， Invitrogen 公司），并贊同 TTV 的基因組一起在與 Clustal W程序在 BioEdit序列比對編輯器（霍爾， 1999 年） GenBank中（表 1） 基因組組織的預(yù)測是由岡本等人 （ 2022 年）和岡本（ 2022年）基于現(xiàn)有的 豬 TTV基因特點(diǎn)。 TTV的基因組的分子變異分析使用 MEGA4（田村等。 2022年）比較完整的核苷酸序列和推導(dǎo)的氨基酸序列。一對 wised個身份之間基因組（ PI）的矩陣，用于： I）興建一間基因組的核苷酸序列進(jìn)行比較，以確定直方圖中豬 TTV的分類及 ii）以推斷 其中 加入一個系統(tǒng)發(fā)育（新澤西州） 1000引導(dǎo)估計算法復(fù)制到分行的信心。變化的有選擇性的壓力的作用和存在沿 TTSuV染色體的二個方法估計 ： i)密謀非之間的數(shù)字的區(qū)別 synonymous 區(qū)別每個密碼子 (dS)和同義區(qū)別的數(shù)字每密碼子 (dN)被預(yù)言的 ORFs的和 ii)計算 dS/dN比率由 修改過的 NeiGojobori 方法 (Nei和 Gojobori 1986)使用短冷期 (Korber 2022)可利用在 HIV數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站 ( 估計與那些人的 TTV基因型比較。 結(jié)果和討論 五個 TTSuV1和八個 TTSuV2基因組（見表 1）分別擴(kuò)增豬血清測序，并與幾個特點(diǎn)已經(jīng)發(fā)表的基因組一起序列。 TTV豬基因組 被認(rèn)為是稍有不同長度： KB的 TTSuV2基因組（ 2735年至 2803年 nt），以及 KB的 TTSuV1（ 2863年至 2913年 nt），主要是由于插入，刪除多個職位 700900左右， 14001500和 16501750位于群體。早期的描述非編碼區(qū)和三個潛在碼被發(fā)現(xiàn)在所有 TTVs（圖 1，表 2）。 ORF1 基因 mRNA的預(yù)測是世界上最大跨度變長 1914 至 1950年新臺幣 在 TTSuV1（ 638 650aa），并從 1875 年到 1884新臺幣長度 在 TTSuV2（ 625 628aa）。通過與雞貧血病毒和豬 圓環(huán)病毒。 ORF外殼蛋白和復(fù)制相關(guān) 蛋白通常在圓形單鏈 DNA病毒 特點(diǎn)，比喻。保守的地區(qū)，如精氨酸豐富的 N 末端和滾動循環(huán)復(fù)制域名被發(fā)現(xiàn)的所有豬 TTV的基因組，所描述的黃等人更早 （ 2022年）。 ORF2的，最短的預(yù)測基因，編碼 69個氨基酸的 TTSuV2和 7374 在 TTSuV1機(jī)管局。 ORF3預(yù)計拼接后產(chǎn)生，分享它的 539。與 ORF2的一半，和 339。一半左右的位置在橫跨約 500nt 和 400 TTSuV2 TTSuV1nt2022年開始。剪接點(diǎn)的預(yù)測是保守的分析了各菌株。與機(jī)管局的 221232和 200203為 TTSuV2 TTSuV1 機(jī)管局功 能未知蛋白 ORF3編碼。不同的非編碼區(qū)，以及在其長度為 838844臺幣之間 TTSuV1株和 793797新臺幣 TTSuV2之間的 2829％，占整個基因組。還確定了典型域的非編碼區(qū)： TATA 盒（主題 ATATAA）和一個可變長度的氣相色譜豐富的地區(qū)。表 2總結(jié)了 TTV的基因變異之間。一個突出的特點(diǎn)是高量的變異位點(diǎn)與觀察TTSuV1 TTSuV2（ ％比 ％）。對于 TTSuV1，一共有 1349變量的位置進(jìn)行了鑒定，含有 每個 平均單位 位置替換。 TTSuV2基因組分別與每個位置替換為 TTSuV1（ ）類似金額較低的變異位點(diǎn)的數(shù)量（ 670）。有趣的是，較大的核苷酸突變的數(shù)目比為（ ，每位置突變 TTSuV1和 TTSuV2，分別）是飽和的指示核苷酸變異位點(diǎn)的數(shù)目 。盡管飽和度進(jìn)行的測試（未顯示數(shù)據(jù)）并沒有任何重大基因組區(qū)域（夏等人。， 2022）。沿基因組核苷酸位點(diǎn)有差異變量分布：降低在非編碼區(qū)（ ％和 TTSuV2 TTSuV1％），并在翻譯區(qū)（ ％和 TTSuV1 TTSuV2％）大。超過一半的核苷酸突變報 TTSuV1（ 740 1349時， ％）， 變量之間的對應(yīng) tothe出版六本的基因組和基因組研究獲得的發(fā)現(xiàn)位置。相反，只有 9％的基因組的核苷酸之間 TTSuV2突變（ 62 670 分）之間的新的基因組和四個 TTSuV2從 基因銀行 中獲得的基因組。 TTSuV1 之間的這種不均衡和 TTSuV2突變是在基因組的編碼區(qū)觀察，但不是在非編碼區(qū)，顯示幾乎相等的比例（ ％和 TTSuV2 TTSuV1％）。在非編碼區(qū)區(qū)域的低變性很可能是由于其重要性在復(fù)制和轉(zhuǎn)錄為圓形單鏈 DNA病毒的其他鑒定（ Mankertz等。， 2022）。具體來說，臺視非編碼區(qū)含有啟動子 和轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)子 表現(xiàn)出不同的活動測試（鐮田等細(xì)胞株的不同， 2022年。 鈴木等人。， 2022）。 有關(guān)基因突變類型，顛換（ TV，嘌呤或嘧啶對嘌呤嘧啶）已超過轉(zhuǎn)換支配的（ Ti，嘌呤嘌呤或嘧啶到嘧啶）為 TTSuV1（ 972 TV and 858 TI，χ 21df， P值），而在 TTSuV2 案件的模式完全相反，德州儀器寡不敵眾電視顯著（ 373 TV和 435 TI,，χ 21df， P值 ）。 TI和 179 TV被認(rèn)為是比 1:2180 (TI:TV=，因?yàn)?TV多余 Ti的兩倍。在 DNA序列演化的過渡性變化率不同于顛的變化率，與TI一般比 TV更頻繁發(fā)生。這種差異往往是被稱為 TI的偏見。對脛骨的程度估計可能會感興趣，因?yàn)樗蔀椴煌奈锓N和不同的基因在不同生物體集合（內(nèi)和Kumar， 2022。斯特蘭德貝格和索爾特， 2022）。 TI的偏見，這是觀察核，線粒體和葉綠體 DNA與原核生物，真核生物和病毒。但是，對于豬 TTV中沒有偏見，觀察 (TTSuV1, TI:TV=1: and TTSuV2, TI:TV=1:). 代替的樣式在 ORFs 之中的也是不同，更被歪曲為 ORF1 和均勻地分布為在TTSuV1 和 TTSuV2 (表 2)的 ORF2 和 ORF3。 對于 TTSuV1， ORF1 包含了大多在第三密碼子的代替。 然而，第二個位置是最易變的在 TTSuV1和 ORF3的 ORF2在兩個病毒種類。 中碼突變模式的差異，顯然也反映在同義與非同義氨基酸替換（ dS/ dN的，表 3），并在每個密碼子 dN的雙鏈差異（圖 1）地積比率。在 DS/ dN的比率 1 表示凈化選擇。對于這兩種病毒的物種最高的比率分別為 ORF1 基因觀察和對 ORF3（ 表 3）最低。同樣，同義替代率比人類基因型 TTV的非同義替換為高，領(lǐng)先的比率值大于 1（表 3）。在負(fù)選擇 /選擇性收