dna分子標記的種類-文庫吧
2025-04-20 12:50 本頁面
【正文】 分析：用于識別種群 、 家族 、 種內(nèi)或種間的遺傳變異 ， 為生物血緣關(guān)系或分類提供依據(jù) ， 還可以分析混合基因組樣品等 。 基因定位：例如定位了萵苣霜霉病抗性基因。 RAPD技術(shù)的發(fā)展和相近的分子標記種類 ? DAF(DNA amplification fingerprinting）：與 RAPD技術(shù)不同的是，在 DAF分析中，引物濃度更高，引物長度更短（一般 5~8個堿基）只有兩個溫度循環(huán)，并且往往用聚丙烯酰胺凝膠電泳，DAF通常會產(chǎn)生非常復(fù)雜的帶型。在 DAF技術(shù)的基礎(chǔ)上，又展出ASAP技術(shù)。 ? AP— PCR(arbitrarily primed po[ymerase chain reaclion) ：在 AP— PCR分析中，擴增分為三個部分，每個部分要求的條件和組分的濃度存在差異；在第一個 PCR循環(huán)中，引物濃度較高；引物長度不定，并且常常來自為其它目的而設(shè)計的引物 ? MAAP(Multiple Arbitrary Pu‘nplicon Profiling)： 這是Caetano— Anolle（ 1994）創(chuàng)造的一個詞，想用來統(tǒng)稱所有這些相關(guān)技術(shù)，但迄今為止這個詞很少使用 (Anchored mi— cmsatellite oligonucleotides） Zietkiewicz et a1． (1994)對 STMS技術(shù)進行了發(fā)展，他們用加錨微衛(wèi)星寡核苷酸作引物，對基因組節(jié)段而不是重復(fù)序列本身進行擴增。 在 SSR的 5 ‘端或 3’ 端加上 2～ 4個隨機選擇的核苷酸，這可引起特點位點退火。這樣就能導(dǎo)致位于反向排列的間隔不太大的重復(fù)序列間的基因組節(jié)段進行 PCR擴增。這類標記又被稱為ISSR、 ASSR或 AMPPCR。 PCR (Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction， AP—PCR） 在 AP— PCR分析中，所使用的引物較長（ 10－ 50 bp) ， PCR反應(yīng)分為兩個階段，首先寡核苷酸引物在低嚴謹條件下與模板 DNA退火，此時發(fā)生了一些合成，以便穩(wěn)定模板與引物之間相互作用。然后進行高嚴謹退火條件的循環(huán)，兩個位點間那些序列在低嚴謹度退火條件下發(fā)生的引物延伸可繼續(xù)在高嚴謹條件下擴增。采用變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分析 PCR產(chǎn)物，最終反應(yīng)結(jié)果與RAPD類似。只要設(shè)計的引物在低嚴謹退火條件下能減少引物產(chǎn)生人為產(chǎn)物，應(yīng)用成對組合的引物可以產(chǎn)生新的 AP— PC R譜帶， 但引物配對組合使用時，得到的圖譜與單引物單獨使用時產(chǎn)生的圖譜之和很不相同，這樣，50個引物能產(chǎn)生 1250種不同指紋圖譜。 AP— PCR方法不需預(yù)知序列資料，而且檢測的基因組樣本是任意的，還能夠用于檢測近等基因系（或同類系）中的多態(tài)性。 APPCR的缺點是每個新的多態(tài)性都必須經(jīng)純化才能進一步使用。另外，此方法在雜合體中僅可辨別長度多態(tài)性。 DNA擴增指紋印跡 (DNA Amplification Fingerprinting， DAF) DAF是一種改進的 RAPD分析技術(shù)，與 RAPD技術(shù)不同的是， DAF分析中所使用的引物濃度更高，長度更短（一般為 5一 8 bp），因此它所提供的譜帶信息比 RAPD大得多，如當使用 5個核苷酸的引物時，引物和模板的組合大約可擴增出 10一 100個DNA片段。 PCR擴增產(chǎn)物是在凝膠上進行分離，通過銀染即可產(chǎn)生非常復(fù)雜帶型。 SSR（ Simple sequence Repeats,簡單重復(fù)序列） SSR 分子標記由 Lit t M ,等于 1989 年創(chuàng)建的。簡單重復(fù)序（ SSR）也稱 微衛(wèi)星 DNA，其串聯(lián)重復(fù)的核心序列為 1一 6 bp，其中最常見是雙核苷酸重復(fù)，即（ CA) n和（ TG) n每個微衛(wèi)星 DNA的核心序列結(jié)構(gòu)相同，重復(fù)單位數(shù)目 10一 60個，其高度多態(tài)性主要來源于串聯(lián)數(shù)目的不同。 SSR標記 的基本原理：根據(jù)微衛(wèi)星序列兩端互補序列設(shè)計引物，通過 PCR反應(yīng)擴增微衛(wèi)星片段，由于核心序列串聯(lián)重復(fù)數(shù)目不同，因而能夠用 PCR的方法擴增出不同長度的 PCR產(chǎn)物，將
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