[理學(xué)]多序列比對-在線瀏覽
2025-03-10 20:41本頁面
【正文】 ClustalX ?作為程序的一部分， Clustal 可以輸出用于構(gòu)建進(jìn)化樹的數(shù)據(jù)。顯然，隨著序列數(shù)量的增加，序列比對的算法復(fù)雜性按指數(shù)規(guī)律增長。用 O（ m1m2m3?mn ）表示對 n個序列進(jìn)行比對時的算法復(fù)雜性，其中 mn是最后一條序列的長度。這種方法的計算量很大，對于計算機(jī)系統(tǒng)的資源要求比較高，一般只有在進(jìn)行少數(shù)的較短的序列的比對的時候才會用到這個方法 ? DCA (DivideandConquer Alignment）： a webbased program that is semiexhaustive 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 啟發(fā)式算法 ? 啟發(fā)式算法（ heuristic algorithms） ： ?大多數(shù)實用的多序列比對程序采用 啟發(fā)式算法（ heuristic algorithms），以降低運算復(fù)雜度。 多序列比對的方法 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 窮舉法 ? 窮舉法（ exhaustive alignment method） ? 將序列兩兩比對時的二維動態(tài)規(guī)劃矩陣擴(kuò)展到多維矩陣。 ? 為了便于進(jìn)行交互式手工比對，通常使用不同顏色表示具有不同特性的殘基，以幫助判別序列之間的相似性。 ? 其他應(yīng)用，如構(gòu)建 profile，打分矩陣等 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 多序列比對的打分函數(shù) ? 多序列比對的打分函數(shù)（ scoring function）為逐對加和（ sumofpairs， SP）函數(shù) ? SP： ? It is the sum of the scores of all possible pairs of sequences in a multiple alignment based on a particular scoring matrix. ? The purpose of most multiple sequence alignment algorithms is to achieve maximum SP scores. 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 其中， c1,c2,…,ck是一列中的 k個字符， p是關(guān)于一對字符相似性的打分函數(shù)。 ? 用于描述一組同源序列之間的親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近，應(yīng)用到分子進(jìn)化分析中。 ? 因此，正如我們不能對雙序列比對的結(jié)果得出“正確或錯誤”的簡單結(jié)論一樣，多序列比對的結(jié)果也沒有絕對正確和絕對錯誤之分，而只能認(rèn)為所使用的模型在多大程度上反映了序列之間的相似性關(guān)系以及它們的生物學(xué)特征。 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 Ⅰ Y D G G A V E A L Ⅱ Y D G G E A L Ⅲ F E G G I L V E A L Ⅳ F D G I L V Q A V Ⅴ Y E G G A V V Q A L 表 1 多序列比對的定義 表示五個短序列 （ IV） 的比對結(jié)果 ?；A(chǔ)生物信息學(xué)及應(yīng)用 李裕強(qiáng) 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 第 Ⅲ 部分 生物分子信息的分析 第七章 多序列比對 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 ?本章內(nèi)容： ?多序列比對 ?多序列比對程序及應(yīng)用 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 第一節(jié)、多序列比對 （ Multiple sequence alignment） ?概念 ?多序列比對的意義 ?多序列比對的打分函數(shù) ?多序列比對的方法 基 礎(chǔ) 生 物 信 息 學(xué) 及 應(yīng) 用 概念 ? 多序
教學(xué)課件相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1