第六章系統(tǒng)發(fā)生分析-展示頁(yè)
2024-08-16 13:25本頁(yè)面
【正文】 ij)加入新的行和列； 重復(fù)循環(huán) ， 直到僅剩一個(gè)類為止 。 如果類中分類單元個(gè)數(shù)不一樣，原距離矩陣中各個(gè)距離值對(duì)新距離計(jì)算的貢獻(xiàn)就不一樣，或者說(shuō)是經(jīng)過(guò)“加權(quán)”的，稱這樣的聚類為加權(quán)分組平均。 單連鎖聚類 : d(x,u)=min(d(y,u),d(z,u)) 最大連鎖聚類： d(x,u)=max(d(y,u),d(z,u)) 平均連鎖聚類： d(x,u)=1/2(d(y,u)+d(z,u)) 其中 x代表 y和 z的合并 ， u代表任意其它對(duì)象 。 SSQ（ T）是樹(shù) T所有預(yù)測(cè)值與實(shí)際觀察值偏差的累加和。 最小二乘法 ? 目標(biāo)是構(gòu)造一棵樹(shù) T，該樹(shù)的葉節(jié)點(diǎn)代表物種，用該樹(shù)預(yù)測(cè)物種之間的距離。 第二節(jié) 基于距離的系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)構(gòu)建方法 ?基本思路是： 給定一種序列之間距離的測(cè)度，在該距離測(cè)度下構(gòu)建一棵系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)，使得該樹(shù)能夠最好地反映已知序列之間的距離。 （ 2）分支約束方法 即根據(jù)一定的約束條件將搜索空間限制在一定范圍內(nèi)，產(chǎn)生可能的樹(shù)，然后擇優(yōu)。 系統(tǒng)發(fā)生分析的目標(biāo) ——尋找這棵正確的樹(shù) ３、系統(tǒng)發(fā)生分析步驟 （ 1）序列比對(duì) （ 2）確定替換模型 （ 3）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù) （ 4）評(píng)價(jià)所建立的樹(shù) ?計(jì)算序列之間距離 令 S(i,j)是序列 i和序列 j比對(duì)位置得分的加權(quán)和 ),(),(),(),(1),(m a x jiSjiSjiSjiSjidrr????歸一化的距離： 其中 Sr(i,j)是序列 i和 j隨機(jī)化之后的比對(duì)得分的加權(quán)和， Smax(i,j)是可能的最大值 令 Sr(i,j)=0 為了適合于處理相似性較小的序列，可以進(jìn)一步修改距離計(jì)算公式 ),(),(1),(m a x jiSjiSjid ??),(),(ln),(m a x jiSjiSjid ??? 兩類數(shù)據(jù)： – 距離 – 離散特征 離散特征數(shù)據(jù)可分為 二態(tài)特征 —— 例如： DNA序列上的某個(gè)位置如果是剪切位點(diǎn) 多態(tài)特征 —— 例如：某一位置可能的堿基有Ａ、Ｔ、Ｇ或Ｃ ?系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建方法分為兩大類： – 基于距離的構(gòu)建方法 非加權(quán)組平均法 鄰近歸并法 FitchMargoliash法 最小進(jìn)化方法 – 基于離散特征的構(gòu)建方法 最大簡(jiǎn)約法 最大似然法 進(jìn)化簡(jiǎn)約法 相容性方法 ?根據(jù)建樹(shù)算法在執(zhí)行過(guò)程中采用的搜索方式，系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的構(gòu)建方法也可以分為以下 3類。Axon 第六章 系統(tǒng)發(fā)生分析 主講人：孫 嘯 制作人：劉志華 東南大學(xué) 吳健雄實(shí)驗(yàn)室 Charles Darwin (18091882) 第一節(jié) 系統(tǒng)發(fā)生與系統(tǒng)發(fā)生樹(shù) 基本概念 ： ?系統(tǒng)發(fā)生（ phylogeny） ——是指生物形成或進(jìn)化的歷史 ?系統(tǒng)發(fā)生學(xué) (phylogeics)——研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系 ?系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（
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