分子標記ssr標記ppt課件-展示頁
2025-05-15 08:13本頁面
【正文】 以用 PCR方法檢測，不需要過多的分了克隆乎段，對 DNA模板的要求不高，重復性好 .因此成為在植物中日前運用最廣泛的分了標記之一，廣泛地運用于植物種質(zhì)鑒定、分了標記連鎖圖的構(gòu)建和群體遺傳學等諸多領(lǐng)域 . ? 但是微衛(wèi)星標記存在一個重要的 局限性 就是微衛(wèi)星序列兩側(cè)區(qū)域在種間保守性往往較低 .種間擴增微衛(wèi)星標記僅僅局限于同一個屬或相近的屬的不同物種間的擴增，這大大限制了 SSR標記在其他物種中的運用現(xiàn)在有一些從微衛(wèi)星序列衍生而來的其他分了標記，不用分離單個微衛(wèi)星位點而獲得多個位點指紋圖譜，如 LSSRs、 SAM 等，但由于多位點微衛(wèi)星指紋圖譜帶型復雜，難以確定等位基因，大多為顯性標記，這限制了它們的運用的范圍 三、 SSR標記的開發(fā) ? 傳統(tǒng)用于克隆單位點微衛(wèi)星序列的方法包括以下步驟 : ? (1)構(gòu)建小片段或大片段的基因組 . ? (2)篩選陽性克隆 .通過傳統(tǒng)的影印或挑單菌落點膜的方法，把克隆轉(zhuǎn)移到尼龍膜上，經(jīng)過固定后，用標記過的序列重復寡核有酸或含微衛(wèi)星序列的探針‘與尼龍膜上的克隆點雜交，篩選出其中的陽性克隆 . ? (3)測序、設(shè)計引物、優(yōu)化 PCR反應(yīng)條件 .獲得的陽性克隆經(jīng)過確認后，全部或經(jīng)過隨機挑選后測序，然后根據(jù)微衛(wèi)星序列兩側(cè)保守區(qū)域的序列設(shè)計引物，優(yōu)化 PCR擴增的條件，獲得穩(wěn)定、可靠的 SSR標記。 (TAA/ATT) n類型 SSR是小麥基因組中最豐富、多態(tài)性最高的三核苷酸重復類型 SSR。有些種類 SSR位點其多態(tài)性水平明顯高于其它位點 .如在大豆的研究中發(fā)現(xiàn) 7個 (ATT) n位點等位基因數(shù)目可多達 1126個 。 不同重復類型 SSR多態(tài)性水平存在差異 ，二核苷酸重復構(gòu)成的 SSR多態(tài)性水平要高于其他類型。重復次數(shù)增加， SSR的長度多態(tài)性增高。和其他 DNA分子標記相比，單個 SSR位點檢測到的 等位基因個數(shù) 和 多態(tài)性指數(shù)(diversity index，用 1 E可表示，其中 P為某一位點第 i個等位基因 )是最高的。 二、 SSR標記 多態(tài)性基礎(chǔ) ? 目前研究過的所有植物中均存在著 SSR多態(tài)性。SSR標記 一、簡介、原理 二、多態(tài)性基礎(chǔ) 三、開發(fā)、前景 主講人： 高慧 一、 SSR標記 原理 ? 簡單序列重復 (single sequence repeat） 簡稱 SSR s)或微衛(wèi)星 (m icrosatellite)序列大量地存在于大多數(shù)真核生物及部分原核生物基因組的非編碼區(qū)和編碼區(qū)中，由串聯(lián)的 1 6 個核苷酸重復片段構(gòu)成，長度一般在 100bp以下，具有長度的超變性 。 ? 原理 :與微衛(wèi)星序列相鄰的兩側(cè)區(qū)域保守性通常較高，可以
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