理學(xué)]3-1-蛋白質(zhì)分子設(shè)計(jì)-文庫(kù)吧資料
2025-01-25 02:36本頁(yè)面
【正文】 blocked by EGF。 不同蛋白刺激脾細(xì)胞增殖活性試驗(yàn) 0SEA rSEA mTSA mTSB mST PHA BlankOD570 C A D B mTSA與 A431細(xì)胞結(jié)合的特異性試驗(yàn) control EGF。 ? 實(shí)驗(yàn)結(jié)果： ? 融合蛋白與脾細(xì)胞共培養(yǎng)， mTSA （ 8肽的 linker TGFα3mSEA融合蛋白 ）比 mTSB（ 5肽的 linker TGFα3mSEA融合蛋白 ）更能顯著促進(jìn)脾細(xì)胞的增殖 。 ? 推論： 8個(gè)氨基酸的 linker對(duì)功能影響小。 197。 197。 197。 mTSB 197。 197。 ? 進(jìn)行融合蛋白分子的整體的結(jié)構(gòu)優(yōu)化至能量收斂，最終的能量?jī)?yōu)勢(shì)構(gòu)象作為融合蛋白的結(jié)構(gòu)。 ? 模建策略： ? 根據(jù)我們的方法，擬采取以下步驟： 搭建整體結(jié)構(gòu)（連接肽自動(dòng)生成） 優(yōu)化連接肽（控制 SEA及 TGFα3的結(jié)構(gòu)） 融合蛋白分子的整體優(yōu)化 重點(diǎn)放在優(yōu)化結(jié)構(gòu)方面 ? 模建過(guò)程： ? 以 SEA的結(jié)構(gòu)作為模板， 模建融合蛋白中SEA，連接肽作為 loop用分子力學(xué)手段直接生成， TGFα3的結(jié)構(gòu)根據(jù) TGFα的 NMR結(jié)構(gòu)直接拷貝。確定合適的連接肽的長(zhǎng)度非常重要。 分子設(shè)計(jì) 突變位點(diǎn)確定 ?R55受體特異性 TNF突變體設(shè)計(jì) Q(Gln )67E(Glu ) 可望減弱 TNF 與 R75受體的吸引作用，但與 R55受體的作用力不會(huì)減弱 ?R75受體特異性 TNF突變體設(shè)計(jì) E(Glu)53R(Arg ) 可望減弱 TNF 與 R55受體的吸引作用，但與 R75受體的作用力不會(huì)減弱 實(shí)驗(yàn)結(jié)果： ?突變體 Q67E選擇結(jié)合 R55受體 ?突變體 E53R選擇結(jié)合 R75受體 蛋白質(zhì)分子設(shè)計(jì)的程序 1. 收集相關(guān)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息 2. 建立所研究蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)模型 3. 結(jié)構(gòu)模型的生物信息學(xué)分析 4. 選擇設(shè)計(jì)目標(biāo) 5. 序列設(shè)計(jì) 6. 預(yù)測(cè)結(jié)果 7. 獲得新蛋白質(zhì) 8. 新蛋白質(zhì)的檢驗(yàn) 9. 反復(fù)設(shè)計(jì) ,最后完成蛋白質(zhì)設(shè)計(jì) 四、 TGFα3mSEA融合蛋白連接肽長(zhǎng)度的設(shè)計(jì) 金黃色葡萄球菌腸毒素 A（ SEA）是一種具有超抗原活性的細(xì)菌毒素， 將TGFα(Transforming growth factor )的第三環(huán)區(qū)與 SEA進(jìn)行融合，將有可能 實(shí)現(xiàn)超抗原對(duì)EGFR高表達(dá)腫瘤細(xì)胞的靶向治療。 Gln67與 R55作用不明顯，但與 R75的 Asp有靜電作用，將它突變?yōu)榻Y(jié)構(gòu)相似但帶電相反的 Glu會(huì)降低 TNF與R75的 作用，但不會(huì)改變與 R55的 作用 。 具體方法： ?利用 R55受體 的 結(jié)構(gòu)模建 R75受體的結(jié)構(gòu) ?根據(jù)淋巴毒素與 R55的 作用情況，模擬腫瘤壞死因子與 R55受體的相互作用情況。 已知信息： ?腫瘤壞死因子的晶體結(jié)構(gòu) ?淋巴毒素與 R55的 復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu) 分子設(shè)計(jì)目的： 設(shè)計(jì)出對(duì) R55 R75兩種 受體具有選擇性的 TNF突變體。 蛋白質(zhì)分子設(shè)計(jì)的實(shí)例之三 ? 具有受體特異性的腫瘤壞死因子突變體的設(shè)計(jì) 腫瘤壞死因子具有明顯的特性： 殺死腫瘤細(xì)胞 √ 毒副作用 與淋巴毒素共用兩個(gè)受體： R55 R75 腫瘤壞死因子的蛋白質(zhì)工程改造的目標(biāo)： 制備具有殺死腫瘤細(xì)胞，但毒副作用小的新型 TNF突變體或模擬肽。 ?選擇了 5個(gè)遠(yuǎn)離功能殘基的、位于表面的 苯丙氨酸和 亮氨酸 (疏水氨基酸 )，突變?yōu)?絲氨酸 (級(jí)性氨基酸
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