pymol學(xué)習(xí)筆記(參考版)
2024-08-16 00:30本頁面
【正文】 圖二：藍(lán)細(xì)菌（Cyanobacterium）的光系統(tǒng)II（Photosystem II）的三維結(jié)構(gòu)，該蛋白位于細(xì)胞膜內(nèi)，用以吸收光能參與光合作用。當(dāng)中又以X射線晶體學(xué)和核磁共振最為常用。截止到2008年10月28日，（蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫）登記在案。 該領(lǐng)域通常被認(rèn)為開始于20世紀(jì)50年代，Max Perutzhe和Sir John Cowdery Kendrew于1959年各自利用X射線晶體學(xué)方法解析了肌紅蛋白（Myoglobin）的三維結(jié)構(gòu)，一種在肌肉中運(yùn)輸氧氣的蛋白。它主要以生物化學(xué)和生物物理學(xué)方法來研究生物大分子，特別是蛋白質(zhì)和核酸，的三維結(jié)構(gòu)，以及與結(jié)構(gòu)相對應(yīng)的功能。 carve: 以selection中的任何原子為中心，半徑為該值，所包含的全部原子，畫出他們的densityOK!搞定。 buffer: 沒用過167。167。167。167。 Pymol remove resn HOHPymol select upg, chain bPymol as cartoon, proPymol as stick, upgPymol orient, upgPymol isomesh upgd, 2fofc, , upg, carve=Pymol set stick_radius, Pymol set mesh_radius, 讓電子密度圖的網(wǎng)格細(xì)一點(diǎn)，好看 效果圖如下： 上訴命令中，其余設(shè)置請見上一節(jié)label，和顯示電子密度相關(guān)的就是isomesh了，它的用法如下： Pymol isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]] 167。 不過顯示全部的density map并不是我們的目的，因?yàn)檫@樣顯的很亂，也看不到什么細(xì)節(jié)。打開Wizard Density，怎么樣，看見了吧。然后電子密度圖： 首先說明一下，該pdb文件中A鏈?zhǔn)堑鞍踪|(zhì)，B鏈?zhǔn)荱DPGlucose。默認(rèn)值是3，表示生成的“網(wǎng)格”大小是最大分辨率的三分之一，以此類推。} end modification 用法，用single[resn]代替resn： Pymol label n. CG and i. 230+246, single[resn] 下面是改進(jìn)過的圖片： 是不是看起來好多了，下面是具體的代碼，其中關(guān)于電子密度圖的設(shè)置請見下一節(jié)： Pymol select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520Pymol as cartoon, proPymol 鼠標(biāo)操作：顯示near的sidechainPymol set_color grey1, [224,224,224]Pymol set cartoon_color, grey1Pymol set cartoon_transparency, Pymol set cartoon_fancy_helices, 1Pymol label n. CB and near, (%s%s) % (single[resn], resi)Pymol 進(jìn)入Editing模式，按住ctrl+鼠標(biāo)右鍵移動(dòng)label到合適位置Pymol set cartoon_transparency, Pymol set label_font_id, 13Pymol set label_size, 26Pymol bg_color whitePymol 進(jìn)入measurement模式測量我們所需要的距離Pymol set dash_length, Pymol set dash_radius, Pymol set dash_gap, Pymol set dash_color, greyPymol學(xué)習(xí)筆記（八）：在pymol中導(dǎo)入電子密度圖假設(shè)我們已經(jīng)有了一個(gè)蛋白質(zhì)的pdb文件()和mtz()文件，這樣我們就可以用fft(Fast Fourier Transform)命令生成electron density map，以便在pymol中導(dǎo)入。:39。, 39。:39。, 39。:39。, \39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, \39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, \39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。, 39。:39。首先在$HOME/.pymolrc中加入： start $HOME/.pymolrc modificationsingle ={39。你也可以用負(fù)值，則單位是197。在這之前，讓我們先看一下關(guān)于label的其他設(shè)置： 投影模式，可選值0（無投影），1（object有投影到label上，但是label本身無投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）: Pymol set label_shadow_mode, 3 文字顏色： Pymol set label_color, colorname, selection 標(biāo)簽文字的輪廓的顏色，這樣就讓在例如白色背景上加白色標(biāo)簽成為了可能： Pymol set label_outline_color, [colorname, [selection]] 字體，pymol內(nèi)置了12種字體，編號(hào)從5－16。 上面的圖看起來有點(diǎn)亂，因?yàn)槟J(rèn)Pymol在每個(gè)原子上都打上了標(biāo)簽。expression也可以是你自定義的一段內(nèi)容，這時(shí)候只要把內(nèi)容用引號(hào)包含起來就行： Pymol label selection, userdefined expression 在下面這個(gè)例子中，我想把glucosyltransferase中UDPGlucose的binding pocket標(biāo)注出來：首先說明一下，該pdb文件中A鏈?zhǔn)堑鞍踪|(zhì)，B鏈?zhǔn)荱DPGlucose。 label的命令格式如下： Pymol label [selection, [expression]] selection當(dāng)然就是你要加標(biāo)簽的對象，expression就是標(biāo)簽的內(nèi)容，可選的有：name, resn, resi, chain等等。有興趣再研究吧。此時(shí)設(shè)置helix的厚度，寬度，以及這個(gè)cylinder的半徑分別是： Pymol set cartoon_dumbbell_width, Pymol set cartoon_dumbbell_length, 2Pymol set cartoon_dumbbell, 依此類推，還可以設(shè)置和putty，tube等等顯示類型相關(guān)的尺寸，就不一一類舉了。2張圖對應(yīng)的命令分別是： Pymol set cartoon_flat_sheets, 1Pymol set cartoon_flat_sheets, 0 類似的命令對應(yīng)于loop，就不舉例子了： Pymol set cartoon_smooth_loops, 1Pymol set cartoon_smooth_loops, 0 下面再說說cartoon尺寸。而第二張圖中的sheets則表達(dá)了蛋白質(zhì)的真實(shí)走向，所以氨基酸的支鏈也顯示正常。下面說說如何設(shè)置cartoon的一些具體細(xì)節(jié)。不久前本人剛搞定了一個(gè)Glucosyltransferase的結(jié)構(gòu)，所以下面所有的例子都用來它來說明。Pymol學(xué)習(xí)筆記（六）：關(guān)于cartooncartoon經(jīng)常被用來顯示一個(gè)蛋白質(zhì)的總體結(jié)構(gòu)，看起來也很漂亮。 Pymol zoom /2vl0//b 2個(gè)斜杠間的segiidentifier被省略，所以所有的b鏈將被放大。在舉些例子來說明一下： Pymol color green, a/142/ 斜杠后面的nameidentifier被省略了，所以第142號(hào)基團(tuán)的素有原子都會(huì)變成綠色。例如：
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