【正文】 目前用于研究生物大分子結(jié)構(gòu)的常用方法有X射線晶體學(xué)（Xray crystallography）、核磁共振（NMR）、電子顯微學(xué)（electron microscopy）、冷凍電子顯微學(xué)（electron cryomicroscopy = cryoEM）、超快激光光譜（ultra fast laser spectroscopy）、雙偏振極化干涉（Dual Polarisation Interferometry）以及圓二色譜（circular dichroism）等。 state: 沒用過167。 name: 給這個(gè)mesh isosurface隨便起個(gè)名字。回車之后電子密度圖就搞定了， 然后就可以在pymol中導(dǎo)入了。P39。A39。T39。K39。Y39。W39。N39。Q39。L39。V39。要想看起來順眼點(diǎn)，需要一點(diǎn)加工。 最后再加幾個(gè)還用的著的命令吧： 上色： Pymol set cartoon_color, green 竟然還可以refine，呵呵，逗號(hào)后面可以接數(shù)字，好像1－20都可以，數(shù)字越大優(yōu)化的越大，感覺的確能變漂亮點(diǎn)： Pymol set cartoon_refine, 20 設(shè)置透明： Pymol set cartoon_transparency, 關(guān)于cartoon還有些命令，感覺不怎么常用，有些我也不知道是干什么的。 cartoon的命令格式如下： Pymol cartoon type, (selection) 總結(jié)一下cartoon的顯示類型： automatic：默認(rèn)的顯示方式looptube: 比loop粗點(diǎn)putty: 這個(gè)比較有趣，按照Rfactor來顯示，越高越粗ovalrectanglearrow：和rectangle幾乎一樣，就是多了個(gè)箭頭dumbbell：在oval的基礎(chǔ)上，在helix的邊緣加上一個(gè)cylinderskip：隱藏，該圖中隱藏了6－120號(hào)氨基酸。例如上例中我要選擇全部的segment，所以我就把它給省略不寫了，呵呵，方便吧。 例如我們想選擇2vlo這個(gè)pdb文件中的chain a中的第100個(gè)基團(tuán)的α炭原子，如果用selectionexpression來表達(dá)的話是這樣： Pymol select chain a and resi 100 and ca 如果用宏的，可以這樣： Pymol select a/100/ca 是不是覺得簡(jiǎn)單了很多。這些操作子被列于下表中： Operator簡(jiǎn)寫效果與例子not s1! s1選擇原子但不包括s1中的Pymol select sidechains, ! bbs1 and s2s1 amp。 選擇表達(dá)（selectionexpression）表示的實(shí)際就是一些被選中的部分，它們可以是一些個(gè)原子，一些個(gè)Helix，一些個(gè)Beta sheet，或者它們的混合物?，F(xiàn)在來具體說說Pymol命令的語法，還有在選擇操作目標(biāo)應(yīng)該如果表達(dá)。 2. 如果你想下次打開Pymol時(shí)直接回到當(dāng)前所在的狀態(tài)，那么你可以選擇外部GUI窗口里面的File － Save Session，創(chuàng)建一個(gè)會(huì)話文件（.pse）。 Pymol disable selectionname 使用鼠標(biāo)通常是改變圖像視角的最方便的辦法，不過命令如zoom，orient等等有時(shí)候使用起來也是很有用的，它們提供了另一種改變圖像視角的辦法。好了，如果我們想把一個(gè)蛋白質(zhì)分子去掉，那么只要把“鏈”A－E或者F－J去掉即可： Pymol hide ribbon, chain f+g+h+i+j 上面的東東還可以這樣完成： Pymol select test, chain f+g+h+i+jPymol hide ribbon, test 上面的第一句命令的作用是選擇“鏈”F－J，并命名為test，然后在第二句命令中隱藏它。就像Linux一樣，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 設(shè)定圖像旋轉(zhuǎn)中心： Ctrl＋Shift＋鼠標(biāo)中鍵或滾輪。先說說鼠標(biāo)吧。Pymol學(xué)習(xí)筆記（二）：基本的鼠標(biāo)操作這里主要介紹一下Pymol的基本操作，包括窗口菜單、加載文件、圖像的基本鼠標(biāo)操作等等。 Python167。 由于實(shí)驗(yàn)需要，本人正在學(xué)習(xí)該軟件，在這里把學(xué)習(xí)過程記錄下來，希望對(duì)有需要的朋友有所幫助。 Pymol被用來創(chuàng)作高品質(zhì)的分子（特別是生物大分子如蛋白質(zhì)）三維結(jié)構(gòu)。如果你和我一樣，不想為此花錢的話： 1. 如果你是Windows用戶，首先下載Pymol的源代碼。 OpenGL driver（我用的是NVdia）167。請(qǐng)注意，標(biāo)準(zhǔn)的“復(fù)制、剪切和粘貼”操作只能在External GUI中完成，并且必須使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”來完成，這也是這個(gè)所謂的外部GUI的最重要的優(yōu)點(diǎn)。配合下面的示意圖你會(huì)發(fā)現(xiàn)Pymol的這項(xiàng)設(shè)定其實(shí)很方便。首先： Pymol show representationPymol hide representation 其中representation可以為：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。 [ ] { } \ | ~ ` ? / 如果你要?jiǎng)h除你選定的目標(biāo)或者整個(gè)對(duì)象，你可以： Pymol delete selectionnamePymol delete objectname 下面講講如何給對(duì)象以及目標(biāo)改變顏色。你可以選擇外部GUI窗口中的File － Append/Resume/Close Log來分別暫停記錄/恢復(fù)記錄/停止記錄該文檔。 3. 如果你覺得當(dāng)前顯示窗口里面顯示的結(jié)構(gòu)圖像已經(jīng)滿足你的要求了，你可以把它保存為圖片。通過這個(gè)例子，大家可以發(fā)現(xiàn)，有些變量本身是很簡(jiǎn)單的，比如colorname，就是一個(gè)顏色名字而已，沒什么復(fù)雜的。如下例： Pymol select test, name c+o+n+ca 其中name就是一個(gè)selector，它表示在pdb文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca則是對(duì)應(yīng)的indentifier，它表示我們要選擇pdb文件中名字叫ca+cb的原子（ca代表alpha　carbon，cb代表beta　carbon）。其實(shí)關(guān)于目標(biāo)選擇還有所謂的“宏”可以用，可以簡(jiǎn)化表達(dá)式，準(zhǔn)備下次說說。區(qū)別是： 如果不以斜杠開頭，那么Pymol則認(rèn)為你的表達(dá)式的最后一項(xiàng)就是選擇宏的末尾的最后一項(xiàng)，也就是nameidentifier。Pymol學(xué)習(xí)筆記（六）：關(guān)于cartooncartoon經(jīng)常被用來顯示一個(gè)蛋白質(zhì)的總體結(jié)構(gòu)，看起來也很漂亮。2張圖對(duì)應(yīng)的命令分別是： Pymol set cartoon_flat_sheets, 1Pymol set cartoon_flat_sheets, 0 類似的命令對(duì)應(yīng)于loop，就不舉例子了： Pymol set cartoon_smooth_loops, 1Pymol set cartoon_smooth_loops, 0 下面再說說cartoon尺寸。expression也可以是你自定義的一段內(nèi)容，這時(shí)候只要把內(nèi)容用引號(hào)包含起來就行： Pymol label selection, userdefined expression 在下面這個(gè)例子中，我想把glucosyltransferase中UDPGlucose的binding pocket標(biāo)注出來：首先說明一下，該pdb文件中A鏈?zhǔn)堑鞍踪|(zhì)，B鏈?zhǔn)荱DPGlucose。首先在$HOME/.pymolrc中加入： start $HOME/.pymolrc modificationsingle ={39。, 39。, 39。, 39。, 39。, 39。, 39。, 39。, 39。, 39。} end modification 用法，用single[resn]代替resn： Pymol label n. CG and i. 230