【正文】 比如當(dāng)你在某時(shí)有多個(gè)選擇時(shí)，你可以保存當(dāng)前狀態(tài)，然后一一嘗試這些選擇，不滿意時(shí)只需要重新打開(kāi)該會(huì)話文件即可。你可以隨時(shí)編輯該文檔。如果不加任何“action”，則默認(rèn)為recall： Pymol view v1, storePymol view v1, recallPymol view v1 說(shuō)了這么多，最后說(shuō)說(shuō)如何保存文件吧。預(yù)定義的顏色名字可以在外部GUI窗口的Settings － Colors中找到： Pymol color colornamePymol color colorname, selectionexpression 比如我們可以： Pymol color red, ss hPymol color yellow, ss sPymol color green, ss l+ 其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表Loop和所以其他結(jié)構(gòu)。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標(biāo)，并可以對(duì)其進(jìn)行操作。使用這2個(gè)命令可以讓Pymol以不同的方式顯示蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。 當(dāng)你開(kāi)始用Pymol來(lái)完成一個(gè)項(xiàng)目時(shí)，你也許想會(huì)讓Pymol自動(dòng)保存你所有輸入過(guò)的命令，以方便日后你再次讀取并修改。今天沒(méi)時(shí)間了，明天還要出遠(yuǎn)門，就學(xué)到這里吧，用下面這個(gè)圖作為結(jié)束，其實(shí)就是用cartoon的形式顯示了上面的那個(gè)蛋白質(zhì)，不過(guò)還比較難看。 移動(dòng)剪切平面： Shift＋鼠標(biāo)右鍵。 移動(dòng)圖像： 對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)中鍵或者滾輪，然后移動(dòng)鼠標(biāo)。 任意旋轉(zhuǎn)圖像： 對(duì)準(zhǔn)圖像的任意處點(diǎn)住鼠標(biāo)左鍵然后移動(dòng)鼠標(biāo)。 加載文件，有二種方法：1. 在External GUI中選擇File － Open2. 使用命令行： load filename（PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），然后用pymol打開(kāi)它： load 2vl0該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)就被顯示出來(lái)啦，如下圖：基本的圖像操作:是不是覺(jué)得上面的那個(gè)三維結(jié)構(gòu)圖看起來(lái)亂七八糟的阿，那是因?yàn)榈鞍踪|(zhì)分子都是由成千上萬(wàn)個(gè)原子組成的，而Pymol打開(kāi)pdb文件時(shí)是默認(rèn)把所有的原子都顯示在那個(gè)小小的Viewer窗口里面的，當(dāng)然看起來(lái)就很亂了。Viewer Window又分為左右兩塊，左邊用來(lái)顯示結(jié)構(gòu)圖像的（Viewer），右邊則是一個(gè)內(nèi)部GUI窗口（Internal GUI)。 libpng167。 PNG然后在源代碼目錄里面依次運(yùn)行： 2. 如果你是Linux用戶，首先確保以下東東已安裝： 167。然后安裝CygWin，并且確保正確安裝以下模塊： 167。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 對(duì)事先編譯好的PyMOL執(zhí)行程序（包括beta版）采取限定下載的措施。據(jù)軟件作者宣稱，在所有正式發(fā)表的科學(xué)論文中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用Pymol來(lái)制作的。Pymol學(xué)習(xí)筆記（一）：簡(jiǎn)介amp。 Pymol名字的來(lái)源：“Py”表示該軟件基于python這個(gè)計(jì)算機(jī)語(yǔ)言，“Mol”則是英文分子（molucule）的縮寫(xiě)，表示該軟件用來(lái)顯示分子結(jié)構(gòu)。目前，只有付費(fèi)用戶可以取得。 C++ (gcc or g++ package name)167。 Python167。 Subversion client（下載源代碼需要）然后下載Pymol的源代碼$ mkdir pymolsrc$ svn co 然后進(jìn)入源代碼目錄 cd pymolsrc 開(kāi)始依次編譯 python install python install拷貝執(zhí)行腳本到某個(gè)$PATH，安裝就搞定了 cp ./pymol /usr/bin 如果運(yùn)行時(shí)得到錯(cuò)誤信息ImportError: No module named Pmw，那么你應(yīng)該運(yùn)行 python install pmw 如果你在使用Gentoo，請(qǐng)確保編譯python時(shí)添加了tcl/tk支持，否則運(yùn)行是會(huì)提示錯(cuò)誤ImportError: No module named _tkinter USE=tcl tk emerge python 好了，下面我們就可以進(jìn)入Pymol的世界了。Viewer自身包含一個(gè)命令行（如圖中左下方的PyMOL提示符），可以用來(lái)輸入Pymol命令；在Inernal GUI中則可以選定一些特定的對(duì)象并完成一些操作。這時(shí)候就需要我們對(duì)這個(gè)圖像進(jìn)行一些操作，來(lái)得到漂亮的清晰的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)圖。鼠標(biāo)上下移動(dòng)：調(diào)整前剪切平面（離你近的）；鼠標(biāo)左右移動(dòng)：調(diào)整后剪切平面（離你遠(yuǎn)的）。Pymol學(xué)習(xí)筆記（三）：基礎(chǔ)Pymol命令這里主要介紹一下Pymol的一些基本命令操作。這個(gè)可以通過(guò)創(chuàng)建一個(gè)log文件來(lái)達(dá)到，記住，Pymol像Linux一樣支持Tab鍵命令補(bǔ)全： Pymol log_open 如果你想終止記錄，只需要鍵入： Pymol log_close 好了，現(xiàn)在載入pdb文件（繼續(xù)前用的pdb文件）： Pymol load 現(xiàn)在Pymol就創(chuàng)建了一個(gè)叫2vlo的對(duì)象，你可以在內(nèi)部GUI窗口里面看見(jiàn)這個(gè)項(xiàng)目的名字。例如當(dāng)我們鍵入： Pymol hide linesPymol show ribbon 我們將得到如下結(jié)果：也許你已經(jīng)注意到結(jié)構(gòu)中有2個(gè)一模一樣的蛋白質(zhì)分子，只是方向不同而已，那么如何讓Pymol只顯示當(dāng)中的一個(gè)分子呢？首先輸入如下命令： Pymol label all, chains 這個(gè)命令的作用是讓Pymol給蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的“鏈”編號(hào)，你會(huì)發(fā)現(xiàn)，第一個(gè)分子由“鏈”A－E組成，第二個(gè)則由F－J組成。比如你可以： Pymol hide everything, testPymol show cartoon, test 這樣你會(huì)得到：　說(shuō)到這里就提到了Pymol的一個(gè)比較重要的東東，就是選擇并命名目標(biāo)，它的基本語(yǔ)法就是： Pymol select selectionname, selectionexpression 其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，數(shù)字[0－9]已經(jīng)下劃線[_]組成，但是要避免使用： ! $ % ^ amp。這3句的作用分別是把所有的Helix變成紅色；把所有的Beta sheet變成黃色；把所有的Loop以及其他部分變成綠色，于是我們得到：Pymol可以同時(shí)打開(kāi)多個(gè)pdb文件： Pymol load Pymol load 如果你想暫時(shí)關(guān)閉/打開(kāi)某個(gè)對(duì)象，可以這樣： Pymol disable objectname1Pymol enable objectname1 你也可以用disable命令去除最后一個(gè)選擇的目標(biāo)上出現(xiàn)的粉紅色的小點(diǎn)，但是該命令并不會(huì)使你選定的目標(biāo)不可見(jiàn)。Pymol有3個(gè)層面的保存方式，下面來(lái)分別說(shuō)說(shuō)。在linux下，該文檔的默認(rèn)保存目錄為當(dāng)前用戶的home目錄。也就是說(shuō)創(chuàng)建會(huì)話文件起到了“undo”的作用，這正是Pymol所缺少的。Pymol學(xué)習(xí)筆記（四）：Pymol命令的語(yǔ)法與目標(biāo)選擇的表達(dá)上次介紹一些Pymol的基本命令。第二個(gè)color帶兩個(gè)變量，和第一個(gè)的區(qū)別就是把默認(rèn)的目標(biāo)選擇變量all變成了selectionexpression，也就是說(shuō)只有被這個(gè)變量選中的部分才會(huì)被變成colorname定義的顏色。這個(gè)東東，我稱之為選擇表達(dá)，對(duì)Pymol命令的使用非常重要，所以下面要詳細(xì)的講一下。 * ( ) 39。 下表列出了大多數(shù)的selector： Selector簡(jiǎn)寫(xiě)Identifier及例子symbole.chemicalsymbollist周期表中的元素符號(hào)Pymol select polar, symbol o+nnamen.atomnamelistpdb文件中的原子名字Pymol select carbons, name ca+cb+cg+cd