【正文】 +246, single[resn] 下面是改進過的圖片： 是不是看起來好多了，下面是具體的代碼，其中關(guān)于電子密度圖的設(shè)置請見下一節(jié)： Pymol select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520Pymol as cartoon, proPymol 鼠標操作：顯示near的sidechainPymol set_color grey1, [224,224,224]Pymol set cartoon_color, grey1Pymol set cartoon_transparency, Pymol set cartoon_fancy_helices, 1Pymol label n. CB and near, (%s%s) % (single[resn], resi)Pymol 進入Editing模式，按住ctrl+鼠標右鍵移動label到合適位置Pymol set cartoon_transparency, Pymol set label_font_id, 13Pymol set label_size, 26Pymol bg_color whitePymol 進入measurement模式測量我們所需要的距離Pymol set dash_length, Pymol set dash_radius, Pymol set dash_gap, Pymol set dash_color, greyPymol學習筆記（八）：在pymol中導入電子密度圖假設(shè)我們已經(jīng)有了一個蛋白質(zhì)的pdb文件()和mtz()文件，這樣我們就可以用fft(Fast Fourier Transform)命令生成electron density map，以便在pymol中導入。 不過顯示全部的density map并不是我們的目的，因為這樣顯的很亂，也看不到什么細節(jié)。167。 該領(lǐng)域通常被認為開始于20世紀50年代，Max Perutzhe和Sir John Cowdery Kendrew于1959年各自利用X射線晶體學方法解析了肌紅蛋白（Myoglobin）的三維結(jié)構(gòu)，一種在肌肉中運輸氧氣的蛋白。圖二：藍細菌（Cyanobacterium）的光系統(tǒng)II（Photosystem II）的三維結(jié)構(gòu)，該蛋白位于細胞膜內(nèi)，用以吸收光能參與光合作用。它主要以生物化學和生物物理學方法來研究生物大分子，特別是蛋白質(zhì)和核酸，的三維結(jié)構(gòu)，以及與結(jié)構(gòu)相對應的功能。167。打開Wizard Density，怎么樣，看見了吧。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。你也可以用負值，則單位是197。 label的命令格式如下： Pymol label [selection, [expression]] selection當然就是你要加標簽的對象，expression就是標簽的內(nèi)容，可選的有：name, resn, resi, chain等等。而第二張圖中的sheets則表達了蛋白質(zhì)的真實走向，所以氨基酸的支鏈也顯示正常。 Pymol zoom /2vl0//b 2個斜杠間的segiidentifier被省略，所以所有的b鏈將被放大。一個完整的，按順序的選擇宏的表達如下： /objectname/segiidentifier/chainidentifier/resiidentifier/nameidentifier 之所以說選擇宏是有順序的，是因為Pymol就是靠順序判斷每個斜杠后面的東東都是什么東東。比如你想選擇chain b，但是不選擇其中的residue 88： Pymol select chain b and (not resi 88) 在使用多重邏輯選擇時，為了讓Pymol正確處理順序，請使用括號，這樣最里層括號里面的內(nèi)容將會被最先處理，以此類推。 * ( ) 39。第二個color帶兩個變量，和第一個的區(qū)別就是把默認的目標選擇變量all變成了selectionexpression，也就是說只有被這個變量選中的部分才會被變成colorname定義的顏色。也就是說創(chuàng)建會話文件起到了“undo”的作用，這正是Pymol所缺少的。Pymol有3個層面的保存方式，下面來分別說說。比如你可以： Pymol hide everything, testPymol show cartoon, test 這樣你會得到：　說到這里就提到了Pymol的一個比較重要的東東，就是選擇并命名目標，它的基本語法就是： Pymol select selectionname, selectionexpression 其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，數(shù)字[0－9]已經(jīng)下劃線[_]組成，但是要避免使用： ! $ % ^ amp。這個可以通過創(chuàng)建一個log文件來達到，記住，Pymol像Linux一樣支持Tab鍵命令補全： Pymol log_open 如果你想終止記錄，只需要鍵入： Pymol log_close 好了，現(xiàn)在載入pdb文件（繼續(xù)前用的pdb文件）： Pymol load 現(xiàn)在Pymol就創(chuàng)建了一個叫2vlo的對象，你可以在內(nèi)部GUI窗口里面看見這個項目的名字。鼠標上下移動：調(diào)整前剪切平面（離你近的）；鼠標左右移動：調(diào)整后剪切平面（離你遠的）。Viewer自身包含一個命令行（如圖中左下方的PyMOL提示符），可以用來輸入Pymol命令；在Inernal GUI中則可以選定一些特定的對象并完成一些操作。 Python167。目前，只有付費用戶可以取得。Pymol學習筆記（一）：簡介amp。 自2006年8月1日起，DeLano Scientific 對事先編譯好的PyMOL執(zhí)行程序（包括beta版）采取限定下載的措施。 PNG然后在源代碼目錄里面依次運行： 2. 如果你是Linux用戶，首先確保以下東東已安裝： 167。Viewer Window又分為左右兩塊，左邊用來顯示結(jié)構(gòu)圖像的（Viewer），右邊則是一個內(nèi)部GUI窗口（Internal GUI)。 任意旋轉(zhuǎn)圖像： 對準圖像的任意處點住鼠標左鍵然后移動鼠標。 移動剪切平面： Shift＋鼠標右鍵。 當你開始用Pymol來完成一個項目時，你也許想會讓Pymol自動保存你所有輸入過的命令，以方便日后你再次讀取并修改。并且你在右邊的控制面板里面也可以看到你選定的目標，并可以對其進行操作。如果不加任何“action”，則默認為recall： Pymol view v1, storePymol view v1, recallPymol view v1 說了這么多，最后說說如何保存文件吧。 什么時候需要創(chuàng)建會話文件呢？比如當你在某時有多個選擇時，你可以保存當前狀態(tài)，然后一一嘗試這些選擇，不滿意時只需要重新打開該會話文件即可。 從上次講的一些例子中不難看出，Pymol的命令都是由關(guān)鍵詞（keyword）加上一些變量（argument）組成，格式如下： Pymol keyword argument 其中關(guān)鍵詞（keyword）當然是必須的，而變量則不是必須的，比如退出命令quit就不需要附加變量： Pymol quit 當然更多的命令通常是需要加變量的，比如放大命令zoom，但是你會發(fā)現(xiàn)即使你不加任何變量該命令也可以被執(zhí)行，這是因為Pymol的許多命令有一個默認變量，下面兩個命令的作用是一樣的，其中的目標選擇all就是zoom的默認變量： Pymol zoomPymol zoom all還有些命令可以帶多個參數(shù)，比如加色命令color，它的用法如下： Pymol color colornamePymol color colorname, selectionexpression 第一個color雖然只帶一個變量colorname，但其實它包含了第二個默認變量all，所以它的作用是把整個結(jié)構(gòu)變成colorname的顏色。名字可以由大小寫字母，數(shù)字以及下劃線[_]組成，但是因避免使用下列