【正文】 resnr.residuenamelist氨基酸的名字Pymol select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residueidentifierlistpdb文件中基團的編號Pymol select mults10, resi 1+10+100residueidentifierrangePymol select nterm, resi 110altaltalternateconformationidentifierlist一些單字母的列表，選擇具有2種構型的氨基酸Pymol select altconf, alt a+bchainc.chainidentifierlist一些單字母或數字的列表Pymol select firstch, chain asegis.segmentidentifierlist一些字母（最多４位）的列表Pymol select ligand, segi ligflagf.flagnummer一個整數（０－３１）Pymol select f1, flag 0numeric_typent.typenummer一個整數Pymol select type1, nt. 5text_typett.typestring一些字母（最多４位）的列表Pymol select subset, tt. HA+HCididexternalindexnumber一個整數Pymol select idno, id 23indexidx.internalindexnumber一個整數Pymol select intid, index 23sssssecondarystructuretype代表該類結構的單字母Pymol select allstrs, ss h+s+l+下表是另一些Selector，有關比較的： Selector簡寫Identifier及例子bbparisonoperator bfactorvalue一個實數，用來比較bfactorPymol select fuzzy, b 12qqparisonoperator occupancyvalue一個實數，用來比較occupancyPymol select lowcharges, q formal_chargefc.parisonoperator formal chargevalue一個整數，用來比較formal chargePymol select doubles, fc. = 1partial_chargepc.parisonoperator partial chargevalue一個實數，用來比較partial chargePymol select hicharges, pc. 1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中： Selector簡寫描述all*所有當前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質數據庫HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被“可見”的顯示的對象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網址中找到：在選擇表達中，selector還可以配合邏輯操作子（logical operator）使用，這樣我們可以表達更加復雜的選擇。比如你想選擇chain b，但是不選擇其中的residue 88： Pymol select chain b and (not resi 88) 在使用多重邏輯選擇時，為了讓Pymol正確處理順序，請使用括號，這樣最里層括號里面的內容將會被最先處理，以此類推。使用這個選擇宏往往可以是一個原本很復雜的表達變得簡單緊湊。一個完整的，按順序的選擇宏的表達如下： /objectname/segiidentifier/chainidentifier/resiidentifier/nameidentifier 之所以說選擇宏是有順序的，是因為Pymol就是靠順序判斷每個斜杠后面的東東都是什么東東。例如： Pymol zoom /2vl0//a/100/caPymol zoom /2vl0//a/100 細心的讀者肯定發(fā)現了上面的例子中有兩道斜杠中間什么內容也沒有，不會是寫錯了吧？當然不是，其實在這種情況下Pymol會默認選擇這個兩道斜杠中被省略的Identifier列表中的全部元素，也就是說被省略的部分被Pymol當作了一個通配符。 Pymol zoom /2vl0//b 2個斜杠間的segiidentifier被省略，所以所有的b鏈將被放大。不久前本人剛搞定了一個Glucosyltransferase的結構，所以下面所有的例子都用來它來說明。而第二張圖中的sheets則表達了蛋白質的真實走向，所以氨基酸的支鏈也顯示正常。此時設置helix的厚度，寬度，以及這個cylinder的半徑分別是： Pymol set cartoon_dumbbell_width, Pymol set cartoon_dumbbell_length, 2Pymol set cartoon_dumbbell, 依此類推，還可以設置和putty，tube等等顯示類型相關的尺寸，就不一一類舉了。 label的命令格式如下： Pymol label [selection, [expression]] selection當然就是你要加標簽的對象，expression就是標簽的內容，可選的有：name, resn, resi, chain等等。 上面的圖看起來有點亂，因為默認Pymol在每個原子上都打上了標簽。你也可以用負值，則單位是197。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。:39。默認值是3，表示生成的“網格”大小是最大分辨率的三分之一，以此類推。打開Wizard Density，怎么樣，看見了吧。 Pymol remove resn HOHPymol select upg, chain bPymol as cartoon, proPymol as stick, upgPymol orient, upgPymol isomesh upgd, 2fofc, , upg, carve=Pymol set stick_radius, Pymol set mesh_radius, 讓電子密度圖的網格細一點，好看 效果圖如下： 上訴命令中，其余設置請見上一節(jié)label，和顯示電子密度相關的就是isomesh了，它的用法如下： Pymol isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]] 167。167。 buffer: 沒用過167。它主要以生物化學和生物物理學方法來研究生物大分子，特別是蛋白質和核酸，的三維結構，以及與結構相對應的功能。截止到2008年10月28日，（蛋白質數據庫）登記在案。圖二：藍細菌（Cyanobacterium）的光系統II（Photosystem II）的三維結構，該蛋白位于細胞膜內，用以吸收光能參與光合作用。當中又以X射線晶體學和核磁共振最為常用。 該領域通常被認為開始于20世紀50年代，Max Perutzhe和Sir John Cowdery Kendrew于1959年各自利用X射線晶體學方法解析了肌紅蛋白（Myoglob