【正文】 通常被用作輸出數(shù)據(jù)集的模板(template)。f. 數(shù)據(jù)集 39。 prefix ball這樣，就可以對ROI內(nèi)的體素進(jìn)行統(tǒng)計分析： 3dcalc a anat+tlrc expr 39。 prefix pound_maske. 創(chuàng)建3維球體ROI(regionofinterest) mask。 \expr 39。 c 39。 b 39。 是等價的，可交替使用3dcalc a 39。 和 39。 prefix percent_chgd. 從統(tǒng)計數(shù)據(jù)集建立一個混合的mask，其中3個刺激呈現(xiàn)激活注：39。 3dcalc a epi_run1+orig b mean+orig expr 39。ispositive()39。func+orig[0]39。(a+b+c)/339。舉例：3dTqual range automask fred+orig | 1dplot one stdin(3) 3dcalc程序該程序?qū)?D數(shù)據(jù)集進(jìn)行voxelbyvoxel運(yùn)算(limited to intervoxel putation)該程序假設(shè)voxelbyvoxel運(yùn)算在占有相同空間并有相同軸向的數(shù)據(jù)集進(jìn)行。僅在用1dplot時有用。 行plot繪圖。 = 與每個quality *MAD 和median+*MAD值，這樣可以進(jìn) rangeval39。 防止腦組織以外的接近0的體素使相關(guān)系數(shù)的計算發(fā)生偏斜。 這就 體素(大概腦組織范圍內(nèi))之間計算。 = 去除(clip off) median subbrick中低強(qiáng)度的區(qū)域，這樣，相關(guān)系數(shù)只在高強(qiáng)度的automask =與spearman相似，但用1(1/4)*Spearman 相關(guān)系數(shù)autoclip median subbrick的Spearman相關(guān)系數(shù)) [default method.]quadrant = Quality index值為1Spearman (rank) correlation coefficient (每個subbrick與 選項spearman作為guide, 程序?qū)⑤敵鲋兄蒂|(zhì)量指數(shù)(median quality index)*MAD ~ median+(MAD為中絕絕對偏差)。表示多少由研究者決定。如何定義39。 只是提供GUIDE幫助研究者發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)問題。該程序的目的就是為篩選fMRI時間序列零星的異常圖像提供粗糙的方法，例如由于被試頭部較大運(yùn)動或scanner故障導(dǎo)致的偽影。好39。結(jié)果輸出至stderr。因為結(jié)果輸出至stdout，因此你可能想重定向這些結(jié)果生成文件或至另一個程序，可以如下例：3dToutcount automask v1+orig | 1dplot stdinUsage: 3dTqual [options] dataset計算3D+time數(shù)據(jù)集每個subbrick的`quality index39。far39。far away39。默認(rèn)nn=0，即只去除中值(常量)。nn39。 nn39。 為前綴。新的數(shù)據(jù)集以39。 不是outlier)。 Q = log10(qg(abs((vmedian)/(sqrt(PI/2)*MAD)))) 或Q=0 (如果v接近中值，即 = 輸出新的數(shù)據(jù)集，保存outlier Q至每個體素，其中Q通過體素值v 計算而來： = 輸出每個時間點(diǎn)outlier的median+*MAD(中值絕對偏差) save ppp = 與mask選項互相排斥range automask小(small) 39。 q39。 outliers39。 我們在進(jìn)行單個被試數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析前，可利用3dToutcount 和 3dTqual程序?qū)r間序列進(jìn)行檢測，可剔除異常的時間點(diǎn)。 step(a+b)39。對于人類大腦hh=130比較合適。hh39。 nd39。 automask39。ppp39。 fim39。 = 使用該選項選擇冗余(verbose)輸出，除在stdout上顯示clip值，同時也顯示stderr 注：該程序僅對byte和short型數(shù)據(jù)集操作，如果輸入數(shù)據(jù)集中有任何體素為負(fù)值，將會出現(xiàn)警告。 = verb 方法：尋找所有正值=clip value的值，取其中間值，重設(shè)clip vlaue為該中值*，再重復(fù)這兩步，直至clip value不改變選項：mfrac ff 例選擇進(jìn)行空間平滑的第2種途徑,我們可使用3dmerge命令對功能數(shù)據(jù)集進(jìn)行空間平滑：3dmerge 1blur_fwhm 5 doall session . prefix run_1_vr_lp_5 run_1_vr_lp+orig這將對數(shù)據(jù)集應(yīng)用FWHM為5的高斯平滑。doall39。1*39。g*39。pname39。 tg39。g39。 hit39。 gfisher39。輸入數(shù)據(jù)集有效——功能強(qiáng)度加上相關(guān)或閾值(在后者，閾值看成相關(guān)系數(shù))。 或 39。 = 該選項只對39。 tgfisherg39。tg39。如果不使用這些選項，閾值將不進(jìn)行merge，輸出數(shù)據(jù)集中也將不附有閾值。 然后輸出再乘以10000。如果輸入數(shù)據(jù)類型為39。hits39。 g39。Winsor39。這是一個非球形的Gaussian filter。這是結(jié)合1fmask和高斯模糊的唯一途徑)Another example：1filter_expr 39。在該例中，F(xiàn)WHM為10mm。exp(r*r/)39。 定義一個線性filterFilter的權(quán)重是在rmm相鄰范圍內(nèi)每個體素的位移按表達(dá)式的估計值計算出的比例。 rm f x+orig.*下面的選項允許你為3D 線性filtering指定任意的權(quán)重函數(shù)：1filter_expr rmm expra x b mask+orig prefix y expr 39。* 因此，如果1fmask有用來去除filtering的結(jié)果中非腦組織數(shù)據(jù)，在其后應(yīng)該再使用3dcalc進(jìn)行masking操作3dmerge 1filter_aver 12 1fmask mask+orig prefix x input+orig3dcalc這會導(dǎo)致意想不到的結(jié)果。如果輸出體素rmm半徑范圍內(nèi)不含有任何被遮罩的體素，輸出體素將設(shè)為0注：僅1filter_*以及t1filter_*選項受1fmask影響。 (可能包括subbrick指定器)并用非0體素用為filter選項的遮罩。 = 讀取數(shù)據(jù)集 39。 選項在遮罩內(nèi)非0體素操作1fmask mset整合成multibrick bucket數(shù)據(jù)集，注：如果這些選項沒有使用，j=0 和 k=1 為默認(rèn)值下面這些選項允許你指定遮罩(mask)數(shù)據(jù)集限制39。如果愿意，多個1 brick數(shù)據(jù)集的集合可以使用39。 = 使用subbrick j 作為數(shù)據(jù)源，使用subbrickk作為閾值數(shù)據(jù)源。 注：Subbricks輔助數(shù)據(jù)可通過3drefit程序修改 1dindex j = 對所有subbricks一律地應(yīng)用editing和merging選項注：使用doall選項時，所有輸入數(shù)據(jù)集必須有相同數(shù)目的subbricks注：針對閾值的選項(如1thresh, keepthr, tgfisher, etc)不兼容doall選項(對1dindex和1tindex也不兼容) 注：各個subbricks的所有標(biāo)簽及統(tǒng)計參數(shù)均從第1個數(shù)據(jù)集拷貝。 (可使用thdatum type選項)doallfim39。 必不可少的卷積 (convolution) 運(yùn)算是通過快速傅立葉變換(FFTs)完成的，該步驟是到目前為止所有編輯選項中最慢的操作。 sigma = * rms = * fwhm選項只是提供不同的途徑指定半徑用于模糊(blurring)功能，其關(guān)系如下：注：上面3個39。139。)；如果subbrick沒有被標(biāo)記，則什么都不錯。 = 如果subbrick被標(biāo)記為一種已知分布的統(tǒng)計值，它將被轉(zhuǎn)換為等價的N(0,1)偏差(或 39。 = 將強(qiáng)度值與指定的factor相乘1zscore 1mult factor Erosion可以切離neck；Dilation可以最小化對主體部分的erosion。necks39。這些命令假定1種1clust命令已被使用。 是cluster含voxel的最小數(shù)目。用來確定所連接體素最大距離，39。下面各選項中，39。據(jù)集頭信息內(nèi)的體素的維度。 使用記錄在數(shù) 你可以忽略真實的體素大小(也許體素并非立方體)，使用dxyz=1選項，這樣可將體素大小偽裝成size =1。 222。 將共享一個邊的體素連接L rmm 2L 222。 假設(shè)voxels grid size為L mm：L rmm L = 通過x1 = x = x2, y1 = y = y2, z1 = z = z2定義3D volume，包含在該3D volume內(nèi)的體素(entries) 改為0注：數(shù)據(jù)集x,y,z的范圍可以通過3dinfo程序查看(單位為mm)。 1zvol x1 x2 y1 y2 z1 z2 fitt39。fico39。fith39。thr39。 數(shù)據(jù)集有效。 或 39。, 39。 = 使用閾值數(shù)據(jù)刪減(censor)強(qiáng)度數(shù)據(jù) censor the intensities注：僅對39。 1thresh thr這些選項僅在特殊的環(huán)境下使用。 該選項僅為早期的AFNI‘3d*’程序包提供。 所有后繼操作僅對這些取代的數(shù)據(jù)操作。 第3個可能進(jìn)行空間平滑的時間點(diǎn)是由各被試內(nèi)分析提供的統(tǒng)計圖，盡管存在有效性問題(將在后面簡單討論)。這是(必須)使用原始數(shù)據(jù)時間序列的最后階段。也就是說，它為每個腦層面獨(dú)立應(yīng)用平滑，因此不考慮層面間的不需要的較高空間頻率噪聲，也沒有對被試間層面方向的功能激活配準(zhǔn)產(chǎn)生幫助。這樣做具有優(yōu)勢：在它們進(jìn)行進(jìn)一步處理前消除不需要的噪聲或偽影。在數(shù)據(jù)處理過程中主要有三個步驟可以進(jìn)行空間平滑。一是許多平滑操作及空間平滑趨向于平均圖像中的較高空間頻率噪聲，因此，具有較大范圍的激活區(qū)域仍然保存，但一些較小范圍的激活被去除。 功能像的空間平滑在一些時間點(diǎn)，你可能想對你的數(shù)據(jù)進(jìn)行空間平滑(smooth)或模糊(blur)。 ( KB)2007915 23:45時間濾波在線性模型擬合前平滑數(shù)據(jù)，而提供更好的模型擬合。 任何均值和線性趨勢在濾波前去除，在濾波后再恢復(fù)注: lowpass和highpass可以一起用，構(gòu)建成bandpass。 忽略最開始的n個圖像[默認(rèn)為1]retrend 高通濾波的界值(f Hz)ignore n 低通濾波的界值(f Hz)highpass f 新的輸出3d+time數(shù)據(jù)集名稱[默認(rèn)為fourier]lowpass f Usage: 3dFourier [options] dataset (Afni 3d+time 數(shù)據(jù)集)prefix 時間位移可以使用3dTshift或3dvolreg –tsihft完成。在插值至新的旋轉(zhuǎn)后的網(wǎng)格時，體素的值再也不能說來自某一特定的時間位移，因為來自不同層面的數(shù)據(jù)集將集合在一起。最好的解決方案是在掃描時盡量對同一類型圖像使用相同的層面厚度；當(dāng)然，如果沒有做到這一點(diǎn)，可以使用3dZregrid對數(shù)據(jù)集進(jìn)行線性插值，從而具有相同的厚度。 ( KB)2007915 23:39上述問題的解決方案：a. 在旋轉(zhuǎn)后再加上適當(dāng)?shù)钠揭?on top of熟練掌握, 在...之上, 另外, 緊接著)；允許不同天進(jìn)行的實驗(E1E2)之間進(jìn)行xyz方向的平移，以及EPI和SPGR之間(E1S1和E2S2)的中心平移(center shifts)b. 將EPI數(shù)據(jù)集墊加(pad)額外的層面(zeros slices)，這樣進(jìn)行對齊的數(shù)據(jù)集可以包含所有session的所有數(shù)據(jù)c 對數(shù)據(jù)集進(jìn)行Zero padding可在to3d(創(chuàng)建數(shù)據(jù)集)時進(jìn)行，也以后使用3dZeropad進(jìn)行d 3dvolreg和3drotate可以進(jìn)行zero pad 從而使輸出符合網(wǎng)格父數(shù)據(jù)集(“grid parent” dataset)的大小和位置。d. 層面厚度也可能不同(不過可以盡量避免此點(diǎn))。 ( KB)2007915 23:39b. 掃描覆蓋的解部結(jié)構(gòu)不同。Intersession校正存在的問題：a. 被試的頭放置位置不同(方向和定位都不同)；所以xyz坐標(biāo)和解剖位置都不對應(yīng)。Sessi