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第八章真核生物的基因調(diào)控(參考版)

2025-04-10 04:00本頁面
  

【正文】 可能過量的微管蛋白結(jié)合于核糖體的新生蛋白上或結(jié)合于mRNA上,阻止翻譯,導(dǎo)致mRNA的降解所致。而秋水仙堿和長春花堿都能抑制維管蛋白的多聚化,從而使細(xì)胞中游離的微管蛋白濃度增加。5.翻譯的自我調(diào)節(jié)在真核生物中也存蛋白質(zhì)合成的自我調(diào)節(jié)。 (四)微小RNA (miRNAs)的調(diào)控最近,在果蠅、線蟲和Hela細(xì)胞中有大約100個(gè)新的~22個(gè)堿基的微小分子RNA(microRNAs,miRNAs)被鑒定出來,就像lin4 和 let7,這些miRNAs是在RNA前體分子折疊成莖環(huán)二級結(jié)構(gòu)后形成的,這些新發(fā)現(xiàn)的miRNAs被認(rèn)為是在基因表達(dá)調(diào)控過程中起某種調(diào)節(jié)作用。 (三)小分子時(shí)序RNAs (small temporal RNAs ,stRNAs)的調(diào)節(jié)小分子時(shí)序RNAs,可以通過對特定目標(biāo)轉(zhuǎn)錄本的翻譯抑制來調(diào)控線蟲的發(fā)育時(shí)鐘,研究結(jié)果表明:線蟲lin4 和 let7 stRNAs是由那些大約70個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物折疊成莖環(huán)結(jié)構(gòu)后形成的。在另外一個(gè)途徑中,長dsRNAs激活RNase L,導(dǎo)致非特異的RNA降解。在各種生物中(植物、原生動(dòng)物、昆蟲、線蟲)中陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了自然存在的RNAi現(xiàn)象,將較長的雙鏈RNA(超過30個(gè)堿基對)轉(zhuǎn)染哺乳動(dòng)物細(xì)胞會(huì)引起非特異的基因表達(dá)抑制,這和在其他生物中的特異抑制不同,這種抑制可能由于一種抗病毒應(yīng)答反應(yīng),是通過以下兩種途徑之一進(jìn)行的。激活的RISC通過堿基配對定位到同源mRNA轉(zhuǎn)錄本上,并在距離siRNA3′端12個(gè)堿基的位置切割mRNA。 在RNAi效應(yīng)階段,siRNA雙鏈結(jié)合一個(gè)核酶復(fù)合物從而形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物(RNAinduced silencing plex, RISC)。 在起始階段,加入的dsRNA被切割為2123核苷酸長的小分子干擾RNA片段(small interfering RNAs ,siRNAs),又被稱為引導(dǎo)RNAs(guide RNAs)。 Zamore和同事發(fā)現(xiàn)注入果蠅細(xì)胞的dsRNA被切割為21—23堿基長短的RNA片段,他們同時(shí)發(fā)現(xiàn):與dsRNA同源的內(nèi)源基因的mRNA,只在和dsRNA對應(yīng)的部位被切割成為21~23核苷酸長的片斷。注射的RNAi為何能引發(fā)基因沉默? Baulbe和Hamilton首先在發(fā)生協(xié)同抑制的植物中鑒別出了一些大約25個(gè)堿基大小的RNA,這些RNA在沒有發(fā)生基因沉默的植物中是不存在的,這些RNA分別與沉默基因的正義和反義鏈互補(bǔ)。人們通過顯微注射或者通過基因槍將dsRNA注入果蠅胚胎中、或者將帶有反向重復(fù)序列的DNA導(dǎo)入果蠅中能夠引發(fā)基因沉默。后來的實(shí)驗(yàn)表明在線蟲(C. elegans)消化道中注入雙鏈RNA不僅可以阻斷整個(gè)線蟲的同源基因表達(dá),還會(huì)導(dǎo)致其第一代子代的同源基因沉默。1998年 Andrew Fire和Craig Mello首次將dsRNA——正義鏈和反義鏈的混合物注入線蟲,結(jié)果表現(xiàn)出比單獨(dú)注射正義鏈或者反義鏈都要強(qiáng)得多的基因沉默。在線蟲和果蠅的實(shí)驗(yàn)中人們終于發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致植物中的PTGS的反式作用因子是雙鏈RNA。這首先在脈孢霉中得到證實(shí):基因沉默可以在異核體的細(xì)胞核之間傳遞。轉(zhuǎn)基因會(huì)引發(fā)PTGS,然而一些病毒也可誘發(fā)基因沉默。盡管對于部分植物來說,轉(zhuǎn)基因引發(fā)的基因沉默可能是因?yàn)榛蛱禺惖募谆?,這被稱為轉(zhuǎn)錄階段基因沉默(transcriptional gene silencing, TGS),但在部分植物中基因沉默是在轉(zhuǎn)錄后發(fā)生的。因此將這種現(xiàn)象稱為協(xié)同抑制(cosuppression)。1996年Jorgensen ,,導(dǎo)入矮牽牛中,試圖加深花朵的紫顏色,結(jié)果花朵的紫顏色不僅沒有加深,相反多數(shù)的花產(chǎn)生了花斑甚至變成白色。(二)干擾RNA(RNAi)的調(diào)控近年來的研究表明,一些小分子雙鏈RNA通過特異性結(jié)合互補(bǔ)鏈,促使mRNA降解,從而特異地抑制體內(nèi)特定基因的表達(dá)導(dǎo)致細(xì)胞表現(xiàn)出特定的基因缺失表型,引發(fā)轉(zhuǎn)錄后沉默(Posttranscriptional gene silencing,PTGS),稱為干擾RNA(RNA interference,RNAi)。人們已將反義RNA發(fā)展成一門反義技術(shù)應(yīng)用于動(dòng)、植物病毒的抑制,果蔬的保鮮,甚至用于基因治療?,F(xiàn)已弄清在線蟲()中,控制幼蟲發(fā)育的基因lin 14基因受到lin 4基因的反義調(diào)節(jié)。1984年Adelman等發(fā)現(xiàn)大鼠的促性腺激素釋放激素(gonadotropin releasing hormone,GnRH)的基因兩條鏈都能轉(zhuǎn)錄,首次在真核中發(fā)現(xiàn)了反義RNA;1986年Green等發(fā)現(xiàn)來自骨髓細(xì)胞瘤病毒的癌基因myc三個(gè)外顯子中的第1,2兩個(gè)外顯之間有部分互補(bǔ)。 :1,接近1:1,表明在翻譯水平上存在的差異,是和翻譯起始因子的親和性有關(guān),此是由于mRNA本身的二級結(jié)構(gòu)和高級結(jié)構(gòu)所致。眾所周知珠蛋白是由兩條α鏈和兩條β鏈組成的。依賴cAMP的蛋白激酶(R2C2)是由調(diào)節(jié)亞基R2和催化亞基C2構(gòu)成,當(dāng)它和cAMP結(jié)合釋放出自由的C 亞基,成為活化的蛋白激酶,而血紅素的存在對這一步反應(yīng)是抑制的。血紅素對珠蛋白合成的調(diào)控就是一例,這種調(diào)節(jié)是通過對翻譯起始的復(fù)合物的形成來控制的。PAPB遷移到AU序列時(shí),導(dǎo)致poly (A)的暴露促進(jìn)了mRNA的降解。有人將poly (A)比做翻譯的計(jì)數(shù)器,隨著翻譯次數(shù)的增加,poly (A)在逐步縮短,也就是說poly (A)越長mRNA作為模板的使用的半衰期越長。mRNA 3′端的poly (A)不僅和mRNA穿越核膜的能力有關(guān),而且影響到mRNA的穩(wěn)定性和翻譯效率。真核的系列翻譯起始因子可使二級結(jié)構(gòu)解鏈,使翻譯復(fù)合體順利通過原二級結(jié)構(gòu)區(qū),繼續(xù)其肽鏈的延伸,而不會(huì)起阻礙作用?!? 5′端非翻譯區(qū)的二級結(jié)構(gòu)影響到調(diào)控蛋白與帽結(jié)構(gòu)的接近,阻礙40S前起始復(fù)合體的裝配和在mRNA上的掃描,起負(fù)調(diào)控的作用。  5′端非翻譯區(qū)的長度也會(huì)影響到翻譯的效率和起始的精確性,當(dāng)此區(qū)長度在17~80nt之間時(shí),體外翻譯效率與其長度變成正比,此區(qū)高極結(jié)構(gòu)和高G 三、翻譯水平上的調(diào)控mRNA的結(jié)構(gòu)與翻譯5′m7G帽結(jié)構(gòu)是否存在和是否易于接近eIF4F的程度對翻譯效率有著明顯的影響。如大鼠甲狀腺中合成的降鈣素(calcitonin)和腦下垂體合成的神經(jīng)肽(neuropeptide),都是由同一個(gè)基因編碼的,由于3′端加尾位點(diǎn)的選擇不同,使其mRNA的3′端的編碼區(qū)不同,導(dǎo)致最終合成的產(chǎn)物也完全不同(圖1859)。例如雞的肌球蛋白(myosin)輕鏈基因在心臟和砂囊中轉(zhuǎn)錄后產(chǎn)生的成熟mRNA就不同,前者為LC1(light chain),后者為LC3,它們具有相同的3′編碼區(qū),但5′編碼區(qū)都不同(圖1858),在大鼠中也發(fā)現(xiàn)編碼的肝球蛋白鏈的單個(gè)基因在不同組織中同樣通過不同的轉(zhuǎn)錄后加工來調(diào)節(jié)表達(dá)。(一)不同5′端的選擇前面所舉的小鼠淀粉酶的例子實(shí)際上也是屬于5′端的不同選擇。在唾腺中使用的啟動(dòng)子PS較強(qiáng),轉(zhuǎn)錄活性比PL高30多倍,但唾腺細(xì)胞中amy的mRNA濃度要比肝臟中的高100倍,表明可能還受到其它調(diào)控因素的影響。在唾腺中產(chǎn)物的濃度是肝中的100掊。小鼠的唾腺、肝臟和胰臟都能合成α淀粉酶,但在3個(gè)組織中α淀粉酶的濃度不同。前者的合成不受葡萄糖存在的影響,但含量低;后者的合成受到葡萄糖的抑制。例如酵母蔗糖酶基因以一種分散的多基因家族存在,有6個(gè)基因(Suc1~5,7)位于不同的染色體上。因此,是否具有轉(zhuǎn)錄活性域就成為反式作用因子中唯一的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。HD的C端區(qū)域和原核阻遏蛋白的HTH同源,但也有幾點(diǎn)不同:①HD的C端由3個(gè)α螺旋構(gòu)成,螺旋3結(jié)合于大溝,長17氨基酸;而阻遏蛋白由5個(gè)α螺旋構(gòu)成,識(shí)別螺旋3長僅9個(gè) 氨基酸;②原核的HTH的以二聚體形式與DNA結(jié)合,靶序列是回文結(jié)構(gòu);而HD是以單體形式與DNA結(jié)合,靶序列不是回文結(jié)構(gòu);③HD N端的臂位于小溝,而HTH螺旋1的末端與DNA的背面接觸。此是一種編碼60氨基酸的序列,長180bp,幾乎存在于所有真核生物中,它的名字是來源于最初在果蠅中鑒別出的同源異形座位(homeotic loci)。⑤同源異形結(jié)構(gòu)域(Homeodomains,HD)在果蠅早期胚胎發(fā)育中決定體節(jié)的一些基因如bicoid編碼的蛋白稱為同源異形蛋白(homeotic proteins)也含有相似的DNA結(jié)合功能域。bHLH又分為兩類。與DNA結(jié)合的是堿性區(qū),長為15 氨基酸,其中有6氨基酸為堿性。而現(xiàn)在認(rèn)為亮氨酸與亮氨酸是相對連接的。Myc,C/EBP(結(jié)合CAAT box和SV40核心增強(qiáng)子的一種因子),AP1蛋白(異二聚體,結(jié)合于SV40的增強(qiáng)子)等都具有亮氨酸拉鏈結(jié)構(gòu)。很多原癌基因,例如cjun 和cfos都編碼亮氨酸拉鏈蛋白,它們本身相互作用,形成同二聚體(homodimers)或異二聚體(heterodimers)。亮氨酸拉鏈的側(cè)翼是DNA結(jié)合功能區(qū),含有很多的Lys和Arg。亮氨酸拉鏈蛋白通過疏水界面上的亮氨酸形成二聚體。它本身形成二聚體同時(shí)還可以識(shí)別特殊的DNA序列。典型的鋅指蛋白有一組鋅指(圖1836b),單個(gè)的鋅指的保守序列是:CysX24CysX3PheX5LeuX2HisX2His,根據(jù)鋅結(jié)合位點(diǎn)的氨基酸又把鋅指分成為2Cys/2His和2cys/2cys兩類,前者為Ⅰ型,后者為Ⅱ型鋅指(表189)。鋅指這個(gè)名稱來源于它的結(jié)構(gòu),它由一小組保守的氨基酸和鋅離子結(jié)合,在蛋白質(zhì)中形成了相對獨(dú)立的功能域,像一根根手指伸向DNA的大溝。②Zincfingers 鋅指存在于多種真核轉(zhuǎn)錄因子。很多細(xì)菌的調(diào)節(jié)蛋白是以螺旋轉(zhuǎn)角螺旋這種基序存在,如Lac阻遏蛋白, Trp阻遏蛋白、分解代謝激活蛋白(CAP), l噬菌體阻遏蛋白(Cro), 噬菌體434阻遏蛋白。上述的相互作用錨定了蛋白質(zhì)中識(shí)別螺旋的位置并穩(wěn)定了DNA的構(gòu)象,從而調(diào)節(jié)不同蛋白和其結(jié)合位點(diǎn)的親和力。第一個(gè)螺旋穩(wěn)定并使第二個(gè)螺旋暴露出來,與DNA的大溝作用,而特異性地與堿基接觸。二、轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控A DNA結(jié)合域① Helixturnhelix (α螺旋β轉(zhuǎn)角α螺旋)這種基序最早在原核生物中發(fā)現(xiàn),最常見DNA結(jié)合域之一。沒有加工的機(jī)制。以HML或HMR的Y區(qū)為摸板拷貝出新的序列取代了MAT被降解的區(qū)域,配對座位再彼此分離。MAT的Y區(qū)被降解直到Y(jié)區(qū)左側(cè)的同源區(qū)。重組的起始需要HO酶的切割。圖1817表明轉(zhuǎn)換的機(jī)制。沉默暗盒不轉(zhuǎn)錄的機(jī)制可能與它們不受HO作用有關(guān)。  HO核酸內(nèi)切塊酶在YZ的交界處剪切產(chǎn)生了4b的單鏈未端(圖1816)。若這4個(gè)SIR基因中任何一個(gè)基因失去作用的話,那么HMLα和HMRa基因同樣可轉(zhuǎn)錄。原推則HMLα和MHRa之所以“沉默”是由于它們?nèi)狈?dòng)子,但其實(shí)不然,因?yàn)镸ATα和MATa特異性mRNA的轉(zhuǎn)錄是在Y片段的內(nèi)部起始的,而沉默暗盒和MAT暗盒中的Y序列是相同的,必定具有相同的啟動(dòng)子。在a和α型暗盒中僅Y區(qū)域是不同的,分別稱之為Ya和Yα。比較一下沉默暗盒(RMLα和HMRa)和活性暗盒((MAT a和MATα)的序列,我們就能描繪出決定交配型的序列。a型細(xì)胞優(yōu)先選擇HML為供體;α型細(xì)胞則優(yōu)先選擇HMR。80%90%的轉(zhuǎn)換,是MAT位點(diǎn)上的等位基因被另一個(gè)相對交配型等位基因所取代?!? 交配型轉(zhuǎn)換是一個(gè)直接的事件。當(dāng)活性暗盒信息被沉默暗盒信息所取代時(shí)就發(fā)生了交配型轉(zhuǎn)換。HML和HMR是沉默暗盒(silent cassettes),都不能表達(dá)。轉(zhuǎn)換的存在表明所有的細(xì)胞都含有MATa和 MATα型的潛在信息, MATα和MATa同在一條染色體上,HML(MAT樣基因)位于MAT的左邊,MHR位于MAT的右邊。某些品系的酵母具有轉(zhuǎn)換(switch)交配型的能力,即從a型變成為α型,或從α型轉(zhuǎn)變?yōu)閍型。在此座位上帶有MATa等位基因的細(xì)胞就叫做a型細(xì)胞;同樣帶有MATα等位基因的細(xì)胞就稱為α型細(xì)胞。相同的交配型之間是不能接合的,如酵母的a型和α型(圖187)。分別編碼重鏈IgM,IgD,IgG,IgE和IgA的恒定區(qū),當(dāng)與L鏈基因重排時(shí),抗體的多樣性除了V、D、J、C的不同連接外,還依賴于L鏈和H鏈的連接。圖表明正在小鼠的胚系中LVH串聯(lián)排列,然后是一組12個(gè)D片段,再接著是4個(gè)JH片段。b 重鏈基因的重組Ig重鏈基因也是由VH、JH和CH片段編碼的。分散在JK和單個(gè)CK中的內(nèi)含子,每個(gè)長約2~4Kb,當(dāng)B細(xì)胞發(fā)育時(shí),一個(gè)特殊的LVK片段和其中一個(gè)JK連接,再和CK連接(圖1823),例如LVK2和JK3組成,然后轉(zhuǎn)錄,切除內(nèi)含子,成為成熟的mRNA,它由LVK2JK3CK組成,翻譯后進(jìn)行分泌,前導(dǎo)肽被切除,此時(shí)B細(xì)胞中產(chǎn)生了Ig的κ輕鏈。每個(gè)LVK片段長約400bp,它們串聯(lián)排列在染色體上,長約7Kb。(2) CK片段:編碼κ輕鏈的C功能區(qū),(3) JK片段:連接片段在有功能的K輕鏈基因的產(chǎn)物中用來連接VK和CK。L編碼信號肽(見16章),此是Ig分泌所必須的。 a輕鏈基因的重組在小鼠胚系DNA中,有很多的基因片段編碼K輕鏈(圖1823),其中含有3種片段(19~22):(1) LVK由前導(dǎo)序列和VK組成。在任何動(dòng)物中每家族的V基因和C基因都隔開一段距離功能區(qū)  鏈內(nèi)二硫鍵折疊成球形區(qū)稱為功能區(qū)(domain)。D基因其位置是在V、J基因之間?! 】勺儏^(qū)(Variable region,V區(qū))在鏈的N端;恒定區(qū)(constant region,C區(qū))在鏈的C端?! ≈劓湥╤eavy chain,H鏈)可分為5類,μ、γ、α、δ、ε鏈,不同的H鏈與L鏈(κ或λ)組成完整的Ig分子。A 免疫球蛋白的基本結(jié)構(gòu)  Porter對血清IgG抗體的研究證明,Ig分子基本結(jié)構(gòu)是由四個(gè)肽
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