第七章蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(參考版)
2024-10-21 12:50本頁面
【正文】 第三節(jié) 二維結(jié)構(gòu)中的預(yù)測 殘基之間的距離 ? 只要給出所有殘基之間的距離，就可以利用距離幾何或分子動力學(xué)方法構(gòu)建蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)。 ? 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件系統(tǒng) PHD –第一步工作是形成同源序列的多重對比排列 –第二步工作是將得到的多重比對的統(tǒng)計結(jié)果送到一個神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中計算。 (5) 人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法 (6) 綜合方法 ? 綜合方法不僅包括各種預(yù)測方法的綜合，而且也包括結(jié)構(gòu)實驗結(jié)果、序列對比結(jié)果、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類預(yù)測結(jié)果等信息的綜合。 ? 該方法對數(shù)據(jù)庫中同源序列的存在非常敏感，若數(shù)據(jù)庫中有相似性大于 30%的序列，則預(yù)測準(zhǔn)確率可大大上升。 ? β折疊的特征模式： 由連續(xù)的 1或交替的 01構(gòu)成。 點模式方法： ? 將 20種氨基酸殘基分為親水、疏水以及兩性殘基三類 ? 用八殘基片段表征親疏水間隔模式 ? 以一個二進(jìn)制位代表一個殘基，疏水為 1，親水為 0，共八位。 對于 β折疊的形成規(guī)律： ? 對于 β折疊，也存在著一些特征的親疏水殘基間隔模式，埋藏的 β折疊通常由連續(xù)的疏水殘基組成，一側(cè)暴露的 β折疊則通常具有親水 疏水的兩殘基重復(fù)模式。 ? “疏水性”是氨基酸的一種重要性質(zhì)，疏水性的氨基酸傾向于遠(yuǎn)離周圍水分子，將自己包埋進(jìn)蛋白質(zhì)的內(nèi)部。,39。????AHAHHHffff))1830/780/()1830/1050l o g ( ())390/150/()390/240l o g ( ()/l o g (/l o g ()。 可得： 390/150390/2401830/10501830/780,39。 R)在二級結(jié)構(gòu)預(yù)測中的含義 –R代表中心氨基酸及其所處環(huán)境 –S代表二級結(jié)構(gòu)類型 –I(S。 R)0 )](/)|(l o g [)。 R)=0 ? 若 R的發(fā)生有利于 S的發(fā)生，則 I(S。 54321 ????? ????? jjjj ffff (iv) 重疊規(guī)則 ? 對于螺旋和折疊的重疊區(qū)域，按 {Pa}和 {P?}的相對大小進(jìn)行預(yù)測 ? 若 {Pa}大于 {P?}，則預(yù)測為螺旋； ? 反之，預(yù)測為折疊。 （ iii）轉(zhuǎn)角規(guī)則 ? 轉(zhuǎn)角的模型為四肽 四肽片段 Pt的平均值大于 100，并且 Pt 的均值同時大于
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