【正文】 ? 通過信號(hào)強(qiáng)度分析蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用的關(guān)系，由此達(dá)到測(cè)定各種蛋白質(zhì)功能的目的。（樣品可標(biāo)記，也可不標(biāo)記） ? 與特定的標(biāo)記抗體或其他分子反應(yīng)。 3. 蛋白質(zhì)芯片技術(shù)的簡(jiǎn)要操作步驟 ? 將各種蛋白質(zhì)有序地固定于滴定板、濾膜和載玻片等各種載體上制成檢測(cè)用的芯片。 ? 按蛋白質(zhì)性質(zhì)分類： ? 無活性芯片 ? 將已經(jīng)合成好的蛋白質(zhì)以高密度陣列點(diǎn)樣在芯片上進(jìn)行雜交反應(yīng) 。 ? 蛋白檢測(cè)芯片 ?將具有高度親和特異性的探針分子作為配基固定在芯片上 ， 用以識(shí)別復(fù)雜生物樣品中的蛋白質(zhì)或多肽 ， 通過檢測(cè)分析從而判斷樣品中靶分子的性質(zhì)及數(shù)量等 。 6. 操作自動(dòng)化 。 4. 所需樣品量少 。 3. 靈敏度較高 。 2. 具有抗原抗體結(jié)合的高特異性和親和力 。 蛋白質(zhì)芯片的主要特點(diǎn) : 1. 高通量平行性 。 2．蛋白質(zhì)芯片 ? 蛋白質(zhì)芯片 是將各種微量純化的蛋白質(zhì)陣列在一種高密度的固相載體上，并與待測(cè)樣品雜交，以測(cè)定相應(yīng)蛋白質(zhì)的性質(zhì)、特征以及蛋白質(zhì)與生物大分子之間的相互作用的方法。 ? 生物芯片的特點(diǎn) ：高度平行性；多樣性；微型化；自動(dòng)化。 第八章 生物芯片與蛋白質(zhì)芯片 ? 1. 生物芯片及其特點(diǎn)、分類 ? 2. 蛋白質(zhì)芯片及其特點(diǎn)、分類 ? 3. 蛋白質(zhì)芯片技術(shù)的簡(jiǎn)要操作步驟（以樣品直接熒光標(biāo)記為例） 1．生物芯片 ? 生物芯片 （ biochip） ： 基于生物大分子 （ 核酸和蛋白質(zhì)等 ） 相互作用的大規(guī)模并行分析方法 ， 并結(jié)合微電子學(xué) 、 微機(jī)械 、 化學(xué) 、 物理和計(jì)算機(jī)等多領(lǐng)域的技術(shù)及生命科學(xué)研究中所涉及的樣品反應(yīng) 、 檢測(cè)和分析等連續(xù)化 、 集成化和微型化的過程 。 ? 研究藥物的毒理作用。 ? 藥物篩選： 由于各種疾病的發(fā)生和藥物治療靶點(diǎn)大多數(shù)是在蛋白質(zhì)（酶、受體或信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)蛋白等）水平，蛋白質(zhì)組學(xué)在尋找有效的藥物靶點(diǎn)及新藥開發(fā)方面有廣泛的應(yīng)用。雖然目前已經(jīng)在表達(dá)質(zhì)粒中插入了核定位序列，但仍不能排除不少必須經(jīng)過內(nèi)質(zhì)網(wǎng)等細(xì)胞器進(jìn)行翻譯后加工修飾的蛋白質(zhì)，尤其是胞外蛋白，不能進(jìn)入核內(nèi)。 ? 由于有些蛋白質(zhì)本身有激活轉(zhuǎn)錄活性，不經(jīng)過雙雜交相互作用就能激活報(bào)告基因的表達(dá)，因此酵母雙雜交系統(tǒng)不適用。 ? 所得到的蛋白質(zhì)相互作用信息可能存在“假陰性”或“假陽(yáng)性”，還需通過進(jìn)一步的驗(yàn)證加以確定和排除。如果兩種蛋白質(zhì)在酵母細(xì)胞核內(nèi)有相互作用時(shí)，則 BD與 AD靠近并激活報(bào)告基因的轉(zhuǎn)錄，借此可研究蛋白質(zhì)間的相互作用。 ? 質(zhì)譜技術(shù)在蛋白質(zhì)及多肽分析中的應(yīng)用： ? 蛋白質(zhì)的鑒定 ? 磷酸化位點(diǎn)的分析 （ 3）酵母雙雜交技術(shù) ? 酵母雙雜交體系的基本原理： 由于真核生物轉(zhuǎn)錄激活因子由兩部分獨(dú)立的結(jié)構(gòu)域組成，即 DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域（ DNA binding domain， BD）和轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域（ activation domain， AD）。 所有的肽質(zhì)量最后與數(shù)據(jù)庫(kù)中理論肽質(zhì)量相配比 （ 理論肽是由實(shí)驗(yàn)所用的酶來 “ 斷裂 ” 蛋白質(zhì)所產(chǎn)生的 ） 。 ? 肽質(zhì)量指紋譜（ peptide mass fingerprint， PMF） 由 Henzel等人于 1993年提出 。 5. 配比的結(jié)果是按照數(shù)據(jù)庫(kù)中肽片段與未知蛋白共有的肽片段數(shù)目作一排行榜 。所得的肽片段質(zhì)量用 MALDITOPMS或 ESIMS進(jìn)行測(cè)定 。 2. 將感興趣的蛋白質(zhì)點(diǎn)從凝膠上切割下來 。 ? 電泳后蛋白質(zhì)的回收方法包括： 擴(kuò)散洗脫 和 電泳洗脫 。 ? 第一向電泳的環(huán)境溫度保持在 20～ 35℃ 。 ? 第一向電泳結(jié)束后，凝膠柱用去離子水洗 3次，再放入第二向SDSPAGE的濃縮膠緩沖液 〔 含 β巰基乙醇（ βME） 和 SDS〕中震蕩平衡。 ? 第一向 IEF電泳系統(tǒng)中含有高濃度的 尿素 和適量的 非離子型去垢劑 NP40，而且蛋白質(zhì)樣品處理液中還需含有 二硫蘇糖醇（ dithiothreitol， DTT） 。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究對(duì)揭示生命活動(dòng)規(guī)律、探討重大疾病機(jī)制、疾病診斷和防治以及新藥的開發(fā)等提供重要的理論基礎(chǔ)。 ? mRNA的豐度并不一定與蛋白質(zhì)表達(dá)產(chǎn)物有直接的關(guān)系。 1個(gè)基因可以產(chǎn)生多種蛋白質(zhì)，而且形式各異。不僅在同一機(jī)體的不同發(fā)育階段有明顯的差異，在機(jī)體的不同組織和不同細(xì)胞中，以及生理狀態(tài)和疾病狀態(tài)也各不相同。 ? 基因組內(nèi)各個(gè)基因的表達(dá)隨著機(jī)體內(nèi)外環(huán)境的變化呈現(xiàn)不同的表達(dá)模式。 ? 細(xì)胞圖譜蛋白質(zhì)組學(xué) 主要研究蛋白質(zhì)間的相互作用，以明確細(xì)胞的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的復(fù)雜機(jī)制等。 ? 蛋白質(zhì)組學(xué)按照研究的內(nèi)容可以分為：表達(dá)蛋白質(zhì)組學(xué)和細(xì)胞圖譜蛋白質(zhì)組學(xué)。 ? 蛋白質(zhì)組學(xué)（ proteomics）： 從整體上研究細(xì)胞或組織內(nèi)，特定的時(shí)間和空間內(nèi)全部蛋白質(zhì)的組成及其相互作用規(guī)律的學(xué)科。 ? 蛋白質(zhì)組： 指由一個(gè)基因組、細(xì)胞或組織表達(dá)的所有蛋白質(zhì)。 ? DNA微陣列 （ DNA Microarray） 又稱為 基因芯片 （ Gene Chip） 或 DNA芯片 （ DNA Chip） ， 是 在核酸水平進(jìn)行目的基因表達(dá)規(guī)律研究的方法 。 由基因和基因外的核苷酸序列組成 。 ? 11. 蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)藥學(xué)中的應(yīng)用。 ? 9. 質(zhì)譜技術(shù)在蛋白質(zhì)及多肽分析中的應(yīng)用。 ? 6. 兩種常用的軟電離技術(shù)的基本原理和特點(diǎn)，為什么它們可以用于生命科學(xué)領(lǐng)域的研究？ ? 7. 幾種常用的質(zhì)量分析器的基本原理和特點(diǎn)。 ? 4. 二維電泳的基本原理和實(shí)驗(yàn)過程。 ? 2. 蛋白質(zhì)組和基因組的主要區(qū)別。 ? 較廣泛的序列相似性搜索工具： FASTA、BLAST和 BLITZ等。所以，通過比較分析保守位點(diǎn)上的殘基可以對(duì)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行預(yù)測(cè)。 ? 在生物信息學(xué)研究中，局部相似性序列對(duì)比更合理，應(yīng)用也比較廣泛。 ? 序列的相似性（ similarity） ：在序列對(duì)比中描述兩條序列之間相同堿基或氨基酸殘基所占比例（可進(jìn)行量化） 。 ? 序列對(duì)比的理論基礎(chǔ)是進(jìn)化學(xué)說。將研究對(duì)象進(jìn)行相互比較來尋找研究對(duì)象可能具備的某些特性。 2． 常用 的幾個(gè) DNA數(shù)據(jù)庫(kù) ? 美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心（ NCBI）的GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)， ? 歐洲生物信息學(xué)研究所（ EBI）維護(hù)的 EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) ? 日本國(guó)立遺傳學(xué)研究所（ NIG）建立的日本DNA數(shù)據(jù)庫(kù)（ DDBJ）， ? 并列為國(guó)際上最著名的三大 DNA數(shù)據(jù)庫(kù)。 4. 其他 。 蛋白質(zhì)生物信息學(xué)的主要內(nèi)容 1. 基因功能表達(dá)譜的研究 ， 探討基因在特定時(shí)空中的表達(dá) 。 ? 生物信息學(xué)的研究?jī)?nèi)容 ? 建立可以存放和管理大量生物信息學(xué)數(shù)據(jù)集 ? 開發(fā)確定大數(shù)據(jù)集中各成員關(guān)系的算法和統(tǒng)計(jì)方法，并設(shè)計(jì)一些相應(yīng)的工具軟件。是生物與信息技術(shù)的結(jié)合。 ? 5. 簡(jiǎn)述序列對(duì)比的理論基礎(chǔ)。 第六章 蛋白質(zhì)的生物信息學(xué) 理論 ? 基本概念 ? 序列對(duì)比 ? 序列的相似性（ similarity） ? 序列的同源性（ homology） ? 直系同源 ? 旁系同源 ? 局部和整體相似性序列對(duì)比 ?回答問題： ? 1．蛋白質(zhì)的生物信息學(xué)的概念及內(nèi)容。 ? 考馬斯亮藍(lán) G250染色法。 ? Folin酚試劑法（ Lowry法）。 4．各種蛋白質(zhì)的定量檢測(cè)方法 ? 凱氏定氮法。 ? 顯色反應(yīng)。 ? 轉(zhuǎn)移膜至用封閉液稀釋的堿性磷酸酶（ AP）偶聯(lián)的羊抗鼠 IgG（二抗工作液）中，室溫反應(yīng) 4560 min。 ? 轉(zhuǎn)移膜至用封閉液稀釋的蛋白特異性的抗血清（一抗工作液）中，室溫反應(yīng) 4560 min。 ? 用半干式電轉(zhuǎn)移法將蛋白轉(zhuǎn)至 PVDF膜或 NC膜上。 使用免疫印跡法檢測(cè)某種蛋白質(zhì) ? 用純化的蛋白免疫小鼠，得到某種蛋白特異性的抗血清。它是檢測(cè)蛋白質(zhì)混合溶液中某種特定目的蛋白的定性方法，也可以作為確定同一種蛋白在不同細(xì)胞或同一種細(xì)胞在不同條件下的相對(duì)含量的半定量方法。 ? 結(jié)果分析。室溫避光反應(yīng) 15 min。 ? 用 PBST洗滌 5次。 ? 向微孔板內(nèi)加入酶標(biāo)抗體， 37186。C反應(yīng) 4560 min。C反應(yīng)過夜。 ? 加入封閉液， 37186。C反應(yīng) 2436 h。測(cè)定時(shí)，將待測(cè)樣本和酶標(biāo)抗體或抗原按不同步驟與固體載體表面吸附的抗體或抗原發(fā)生反應(yīng)，形成抗體 抗原復(fù)合物；加入酶反應(yīng)底物，根據(jù)底物被酶催化產(chǎn)生的顏色及其吸光度值的大小進(jìn)行定性或定量分析。它是以卵白素作為橋，把生物素化的抗體（二抗）與生物素結(jié)合酶（如生物素標(biāo)記的 HRP）連接起來，形成 avidin－biotin－ enzyme plex，即 ABC。 ? （ 3）結(jié)果觀察和記錄。 ? 1）細(xì)胞或組織切片的制備。 ? 4）標(biāo)記復(fù)合物的制備。 ? 2）免疫動(dòng)物制備多克隆抗體或細(xì)胞融合制備單克隆抗體。 ? 免疫組織化學(xué)的簡(jiǎn)要步驟包括： ? （ 1）抗體的制備。以免疫學(xué)的抗原 抗體反應(yīng)為基礎(chǔ)的理論，其可作為蛋白質(zhì)定位、定性及半定量檢測(cè)的方法之一。 ? 3．免疫印跡法的基本原理和實(shí)驗(yàn)過程；敘述使用 Western blot/免疫印跡法檢測(cè)某種蛋白質(zhì)的簡(jiǎn)要步驟 ? 4．?dāng)⑹龈鞣N蛋白質(zhì)的定量檢測(cè)方法的實(shí)驗(yàn)原理。 第五