生物學(xué)常用軟件簡(jiǎn)介-資料下載頁(yè)
2025-08-15 22:52本頁(yè)面
【正文】 包括前生命物質(zhì)的演變；蛋白質(zhì)分子和核酸分子的演變以及細(xì)胞器和遺傳機(jī)構(gòu)（例如遺傳密碼）的演變。分子進(jìn)化的研究可以為生物進(jìn)化過(guò)程提供佐證，為深入研究進(jìn)化機(jī)制提供重要依據(jù)。 (1)Phylip 是一套免費(fèi)的系統(tǒng)發(fā)育推斷軟件包。 里面包含了許多的子程序 它主要可用來(lái)構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹 (2)Paml 是基于最大似然估計(jì)的對(duì)蛋白質(zhì)和核酸序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析的軟件?？梢詫?shí)現(xiàn)系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建、祖先序列估計(jì)、進(jìn)化模擬和 KaKs計(jì)算等。 (3)KaKs_calculator 是用于計(jì)算非同義替換率和同義替換率的軟件程序包。采用模型選擇和模型平均策略，集成了幾個(gè)用于計(jì)算 Ka和 Ks的算法。 (4)FGF(fishing gene family) 由北京華大基因研究中心開發(fā)的一套用來(lái)在特定的基因組里查詢蛋白質(zhì)并構(gòu)建該家族分子進(jìn)化樹的軟件系統(tǒng)，可以用來(lái)分析基因的結(jié)構(gòu)、拷貝數(shù)和進(jìn)化關(guān)系等。 （ 5） Mega Mega是一款在 windows平臺(tái)下運(yùn)行的分子進(jìn)化和遺傳學(xué)分析的軟件。它由于界面友好，使用其來(lái)較為方便，所以，得到了許多研究人員的喜愛。 （ 1） EST表達(dá)序列分析 EST指的是從一個(gè)隨機(jī)選擇的 cDNA克隆進(jìn)行5’端和 3’端單一次測(cè)序獲得的短的 cDNA部分序列，代表一個(gè)完整基因的一小部份，在數(shù)據(jù)庫(kù)中的長(zhǎng)度 20~700bp不等。 EST預(yù)處理時(shí)用到的軟件 Basecalling Phred Phd2fasta Cross_match Chimeric Blast Repeatemasker 等 (2)生物芯片分析 生物芯片分析的軟件雖然很多，但是目前從反應(yīng)樣品制備到芯片制作，芯片檢測(cè)，數(shù)據(jù)分析等一體化的軟件還較少。 主要有以下幾種軟件。 I 基因芯片綜合分析軟件。 ArrayVision 功能強(qiáng)大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進(jìn)行圖像分析，還可以進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，方便 protocol的管理功能強(qiáng)大，商業(yè)版正式版： 6900美元。 Arraypro Media Cyberics公司的產(chǎn)品，該公司的 gelpro, imagepro一直以精確成為同類產(chǎn)品中的佼佼者，相信 arraypro也不會(huì)差。 phoretix? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片綜合分析軟件。 Jexpress 挪威 Bergen大學(xué)編寫，是一個(gè)用 JAVA語(yǔ)言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來(lái)分析微矩陣（ microarray）實(shí)驗(yàn)獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，需要下載安裝 JAVA運(yùn)行環(huán)境 ()后，才能運(yùn)行。 II 基因芯片閱讀圖像分析軟件 ScanAlyze 斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進(jìn)行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動(dòng)定義格柵與像素點(diǎn)分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫(kù)。 III 基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件 Cluster 斯坦福的對(duì)大量微矩陣數(shù)據(jù)組進(jìn)行各種簇（ Cluster）分析與其它各種處理的軟件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件， EXCEL軟件的插件，由 Stanford大學(xué)編制。 IV 基因芯片聚類圖形顯示 TreeView 斯坦福開發(fā)的用來(lái)顯示 Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果?，F(xiàn)已和 Cluster成為了基因芯片處理的標(biāo)準(zhǔn)軟件。 FreeView 是基于 JAVA語(yǔ)言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收 Cluster生成的數(shù)據(jù)，比 Treeview增強(qiáng)了某些功能。 V基因芯片引物設(shè)計(jì) Array Designer DNA微矩陣（ microarray）軟件，批量設(shè)計(jì)DNA和寡核苷酸引物工具 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)可以分成三種方法： (1)同源性方法 (2)從頭計(jì)算方法 (3)穿線法方法 所用的軟件也十分的多，而且功能從一般到強(qiáng)大的都有，這里就不再贅述了。 有興趣的同學(xué)可以參考一下網(wǎng)絡(luò)。
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