monte-carlo-方法在遺傳育種中的應(yīng)用-資料下載頁(yè)
2025-07-26 14:33本頁(yè)面
【正文】 效應(yīng)方差在各群體中都相等3） 模擬試驗(yàn)A. 親代標(biāo)記QTL基因型的模擬對(duì)于所有標(biāo)記來(lái)說(shuō)，將每個(gè)位點(diǎn)上的兩個(gè)等位基因用1和2表示。可以將一個(gè)親本定為等位基因1的純合體，另一親本定為等位基因2的純合體。對(duì)于QTL來(lái)說(shuō)，由于兩個(gè)等位基因有不同的效應(yīng)，這就需要確定每個(gè)親本在每個(gè)QTL上是等位基因1的純合體，還是等位基因2的純合體。這可以人為規(guī)定，也可以隨機(jī)確定。如果隨機(jī)確定，可假設(shè)某一親本在某個(gè)QTL上為等位基因1的純合體概率為50%（或其他值）。于是，對(duì)于第一個(gè)親本的第i（i = 1, L, Nq）個(gè)QTL，先產(chǎn)生U(0,1)隨機(jī)數(shù)u，該QTL的基因型為 而另一親本在該QTL上的等位基因則為3j。B. F1代標(biāo)記QTL基因型的模擬C. 回交群體標(biāo)記QTL基因型的模擬回交群體中可假設(shè)所有個(gè)體所有位點(diǎn)上的第一個(gè)等位基因都來(lái)自親本，這是固定不變的，第二個(gè)等位基因來(lái)自F1代，它來(lái)自F1的第一個(gè)還是第二個(gè)等位基因就取決于各位點(diǎn)之間的重組率。對(duì)于i =1, L, N 對(duì)于第1個(gè)位點(diǎn)a. 令 = 親本該位點(diǎn)上的第一個(gè)等位基因b. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)uc. 如u ，= ；否則= 3 –對(duì)于第 j （j = 2, L, Nm+Nq）個(gè)位點(diǎn)a. 令k = 親本該位點(diǎn)上的等位基因b. 計(jì)算第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的重組率 其中c 是第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的圖距（以Morgen為單位）c. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)ud. 如果= 如果u r，= k如果u r，= 3 k 否則 如果u r，= 3 k 如果u r，= k D. 回交群體表型值的模擬 產(chǎn)生隨機(jī)數(shù)e，作為隨機(jī)環(huán)境效應(yīng)的抽樣值 產(chǎn)生隨機(jī)數(shù)u，作為剩余多基因效應(yīng)的抽樣值 令，F(xiàn)2群體 F2群體的模擬過(guò)程與回交群體基本相同， 在F2群體中，在一個(gè)QTL上有112和22三種基因型，, ， di，方差為 + = (1 + ) = 所有QTL的總方差為 因而ri和ti的取值必須滿足 如各QTL的效應(yīng)相等且無(wú)顯性效應(yīng)，則 F2群體中每個(gè)個(gè)體的標(biāo)記QTL基因型可用以下方法產(chǎn)生對(duì)于第1個(gè)位點(diǎn)a. 令k = 第一親本該位點(diǎn)上的等位基因b. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)uc. 如u ，= k；否則= 3 –kd. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)ue. 如u ，= k；否則= 3 –k對(duì)于第 j （j = 2, L, Nm+Nq）個(gè)位點(diǎn)a. 計(jì)算第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的重組率 其中c 是第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的圖距（以Morgen為單位）b. 令k1 和k2分別為第一親本在第j1位點(diǎn)和第j位點(diǎn)上的等位基因c. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)ud. 如果= k1 如果u r，= k2 如果u r，= 3 k2 否則 如果u r，= 3 k2 如果u r，= k2e. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)uf. 如果= k1 如果u r，= k2 如果u r，= 3 k2 否則 如果u r，= 3 k2 如果u r，= k210
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