monte-carlo-方法在遺傳育種中的應(yīng)用(存儲(chǔ)版)
【正文】 1個(gè)位點(diǎn)之間的重組率 其中c 是第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的圖距（以Morgen為單位）c. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)ud. 如果= 如果u r，= k如果u r，= 3 k 否則 如果u r，= 3 k 如果u r，= k D. 回交群體表型值的模擬 產(chǎn)生隨機(jī)數(shù)e，作為隨機(jī)環(huán)境效應(yīng)的抽樣值 產(chǎn)生隨機(jī)數(shù)u，作為剩余多基因效應(yīng)的抽樣值 令，F(xiàn)2群體 F2群體的模擬過(guò)程與回交群體基本相同， 在F2群體中，在一個(gè)QTL上有112和22三種基因型，, ， di，方差為 + = (1 + ) = 所有QTL的總方差為 因而ri和ti的取值必須滿足 如各QTL的效應(yīng)相等且無(wú)顯性效應(yīng)，則 F2群體中每個(gè)個(gè)體的標(biāo)記QTL基因型可用以下方法產(chǎn)生對(duì)于第1個(gè)位點(diǎn)a. 令k = 第一親本該位點(diǎn)上的等位基因b. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)uc. 如u ，= k；否則= 3 –kd. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)ue. 如u ，= k；否則= 3 –k對(duì)于第 j （j = 2, L, Nm+Nq）個(gè)位點(diǎn)a. 計(jì)算第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的重組率 其中c 是第 j個(gè)位點(diǎn)與第 j 1個(gè)位點(diǎn)之間的圖距（以Morgen為單位）b. 令k1 和k2分別為第一親本在第j1位點(diǎn)和第j位點(diǎn)上的等位基因c. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)ud. 如果= k1 如果u r，= k2 如果u r，= 3 k2 否則 如果u r，= 3 k2 如果u r，= k2e. 產(chǎn)生U(0, 1)隨機(jī)數(shù)uf. 如果= k1 如果u r，= k2 如果u r，= 3 k2 否則 如果u r，= 3 k2 如果u r，= k210。 在回交群體中，在一個(gè)QTL上只有11（或22）和12兩種基因型，（ai + di），方差為 所有QTL的總方差為 因而si和ti的取值必須滿足 如各QTL的效應(yīng)相等且無(wú)顯性效應(yīng)，則 各個(gè)QTL之間無(wú)互作效應(yīng)（上位效應(yīng)） 各QTL的效應(yīng)相等或服從正態(tài)分布或伽嗎分布 性狀表型值可用以下模型描述其中qi是第i個(gè)QTL的基因型值，u是剩余多基因效應(yīng)，e是隨機(jī)環(huán)境效應(yīng)， 隨機(jī)環(huán)境效應(yīng)方差在各群體中都相等3） 模擬試驗(yàn)A. 親代標(biāo)記QTL基因型的模擬對(duì)于所有標(biāo)記來(lái)說(shuō)，將每個(gè)位點(diǎn)上的兩個(gè)等位基因用1和2表示。B. 對(duì)于每個(gè)場(chǎng)年季、公牛組和公牛的水平組合 a. 令 f = m + h + g + s b. 對(duì)于i = 1, L , n （= 該水平組合中的觀察值個(gè)數(shù)） 產(chǎn)生隨機(jī)數(shù)e，作為殘差效應(yīng)抽樣值 令 y = f + e, 作為表型值的抽樣值C. 對(duì)模擬的表型值分別用REML和MIVQUE法估計(jì)方差組分和D. 重復(fù)A 174。對(duì)這4個(gè)數(shù)據(jù)集都用以下模型進(jìn)行模擬和估計(jì)方差組分： 其中y為所有觀察值的向量，1是單位向量，m 是總平均，h是所有場(chǎng)年季效應(yīng)(固定效應(yīng))的向量，X是場(chǎng)年季效應(yīng)的結(jié)構(gòu)矩陣
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