[理學(xué)]序列分析工具使用簡(jiǎn)介-資料下載頁(yè)
2025-01-21 13:24本頁(yè)面
【正文】 例子：從我們剛剛通過(guò) clustal比對(duì)獲得的蛋白序 列推測(cè)進(jìn)化樹(shù)。 選擇方法：距離法 () 2022/2/16 33 第一步：雙擊執(zhí)行 ,根據(jù)提示輸入分析的 文件名 (程序默認(rèn)是 infile)。 2022/2/16 34 第二步：設(shè)定各個(gè)參數(shù)，執(zhí)行程序，獲得距 離矩陣數(shù)據(jù)輸出文件 outfile。 第三步：選擇通過(guò)距離矩陣推測(cè)進(jìn)化樹(shù)的算 法 (， ， )。 第四步：將剛獲得的輸出文件改名為 infile，執(zhí)行選擇的推測(cè)算法 ()。設(shè)置好參數(shù)后執(zhí)行程序，獲得 outfile和 outtree兩個(gè)結(jié)果輸出。 2022/2/16 35 2022/2/16 36 獲得的結(jié)果文件中， outtree文件是一個(gè)樹(shù)文件，可以用treeview等軟件打開(kāi)。 outfile是一個(gè)分析結(jié)果的輸出報(bào)告，包括了樹(shù)和其他一些分析報(bào)告，可以用記事本直接打開(kāi)。 outfile outtree 2022/2/16 37 加入統(tǒng)計(jì)分析 (bootstrap) 我們剛剛獲得的進(jìn)化樹(shù)是純粹的根據(jù)先前獲得的 排列數(shù)據(jù)所推導(dǎo)出來(lái)的。 有很多可能使得這個(gè)樹(shù)并不一定可靠。 。 。 。 我們可以引進(jìn)一些統(tǒng)計(jì)分析來(lái)尋找更優(yōu)的進(jìn)化樹(shù) 最常見(jiàn)的就是 bootstrap分析。 2022/2/16 38 Bootstrap分析 Phylip軟件包中有兩個(gè)用于執(zhí)行 bootstrap分析的 程序。 (,)。 分析過(guò)程： 。 consence獲得最優(yōu)樹(shù)。 2022/2/16 39 操作演示 2022/2/16 40 有問(wèn)題請(qǐng)?zhí)岢? 或 ： 以下地址可以下載這個(gè) ppt
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