中國科技大學課件系列：生物信息學01(編輯修改稿)
2025-03-03 17:12 本頁面
【文章內容簡介】 ,000個不同的基因 /蛋白質。 分子進化理論的奠定。 ? 1965年， Margaret Dayhoff構建蛋白質序列圖譜 ? 1970年， NeedlemanWunsch算法：全局優(yōu)化比對。 ? 1981年， SmithWaterman算法開發(fā)：局部優(yōu)化比對。 ? 1990年，快速序列相似性搜索工具 BLAST的開發(fā) 生物信息學發(fā)展過程中的里程碑性事件 過去 20年的發(fā)展狀況 最早的序列分析：胰島素蛋白質 Insulin Chain A: 810位存在著不同（牛， ASV；豬， TSI；羊， AGV） (Brown et al., 1955)。 Made by GeneDoc 不同物種的系統(tǒng)發(fā)育分析 80年代： DNA序列數(shù)據(jù)庫 ?1. 1974年， Gee DNA序列，構建 GenBank數(shù)據(jù)庫。 1982~1992開發(fā)第一個版本。 ?2. 1980年， EMBL數(shù)據(jù)庫成立。 ?3. 1984年，日本 DDBJ數(shù)據(jù)庫成立。 ?4. 核酸序列數(shù)據(jù)的去冗余： Refseq數(shù)據(jù)庫，對于相同的序列只列一條目錄。 核酸數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)的增長 獲取序列及檢索公共數(shù)據(jù)庫 ?1. NCBI： Entrez的開發(fā)， 。 ?2. 提供關鍵字的搜索的方法。 ?3. “硬搜索 ”:包含關鍵字的，完全匹配的結果。 ?4. “軟搜索 ”:與查詢內容相關的信息。 ?5. 查詢內容：基因 /蛋白質的名稱、標識符，文獻、蛋白質結構，等等。 序列比對工具的開發(fā) ?1. 1970年， Gibbs AJ 和 McIntyre GA，點陣法進行氨基酸和核酸的序列比較：當相同的字母在兩條序列中同時出現(xiàn)時，在交叉處置點。 ?2. 1970年， NeedlemanWunsch，全局優(yōu)化的序列比對算法：允許匹配、錯配和缺失。動態(tài)規(guī)劃的算法：任務可分割，分成更小的子問題進行解決。 ?3. 1981年， SmithWaterman，局部優(yōu)化的序列比對算法。 ?4. FASTA BLAST的開發(fā)，啟發(fā)式優(yōu)化算法。 ?5. 多序列比對： CLustalW/X, POA, MUSCLE. AGCTAGGA GACTAGGC 兩條 DNA序列的點陣法比較 NeedlemanWunsch算法 GATCTA GATCA 全局優(yōu)化 vs. 局部優(yōu)化 ACTGTTCCGAA… …AGCCTGA… …ACTACTG …100kbp… …100kbp… ACGCCTG ACTGTTCCGAA… …AGCCTGA… …ACTACTG …100kbp… …100kbp… AC… GCC… TG 全局優(yōu)化
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