實習3-芯片數(shù)據(jù)的基本處理和分析(編輯修改稿)
2025-01-19 15:57 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 院分子診斷平臺 34 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 MIDAS統(tǒng)計作圖（ MIDAS Investigation窗口查看） logratios histogram(.his) Box plot (.box) Intensity plot (.ity) RI (.prc) Intensity plot (.lty) 35 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 課堂練習 ? 使用 MIDAS處理 ，并查看結(jié)果文件； ? MIDAS程序位置： C:\zi\shiyan3\MIDAS2_19，雙擊； ? 輸入文件 ExpressConverter產(chǎn)生，在C:\Program Files\ExpressConverter\Samples\。 36 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 芯片數(shù)據(jù)聚類分析和差異表達基因篩選 基因表達研究中通常假設(shè)表達水平相似的基因可能參與相同或相似的生物學過程，因而它們具有相似的基因表達譜。 例： 在臨床或診斷學等領(lǐng)域中，為研究某些疾病的發(fā)生機制，通常對正常組織和腫瘤組織細胞間的基因表達情況作比較分析，從中篩選出具有顯著差異的表達基因。 37 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 38 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 MeV ? MIDAS MEV, TAV 格式 ? 表格格式 ? GEO格式 ? Affymetrix格式 ? GPR格式 ? Agilent格式 39 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 MeV 常用工具欄 導航欄 結(jié)果界面 40 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 芯片數(shù)據(jù)聚類分析和差異表達基因篩選 1 表格格式數(shù)據(jù)的讀入與轉(zhuǎn)化 2 系統(tǒng)聚類法對基因和樣本聚類 3 使用 SAM（ significance analysis for microarrays）查找差異表達基因 41 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 1 表格格式數(shù)據(jù)的讀入與轉(zhuǎn)化 ① 1 選擇“ File→ Load Data”彈出導入數(shù)據(jù)對話框 42 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 ② ③ ④ 43 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 ⑤ ⑥ 44 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 數(shù)據(jù)起始位置 45 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 不同顏色表示相對表達量 樣本名 基因名 Heatmap View 46 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 2 系統(tǒng)聚類法對基因和樣本聚類 ① ② 47 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 聚類分析結(jié)果圖： 48 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 存儲和注釋感興趣的分類： ① 單擊鼠標左鍵選中目標分類使其高亮化； ② 右鍵選擇菜單中的 Store Cluster，并設(shè)置注釋的名稱和顏色等信息。 49 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 50 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 3 使用 SAM查找差異表達基因 ① 51 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 不同實驗類型 樣本分組 ② ③ ④ 52 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 ⑤ 53 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 SAM結(jié)果： Expression Images 54 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 SAM結(jié)果： Centroid Graphs 55 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 SAM結(jié)果： Expression Graphs 56 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 SAM結(jié)果： Table Views 57 浙江加州國際納米技術(shù)研究院分子診斷平臺 課堂練習 ? 使用 MeV處理 ，并查看結(jié)果文件； ? MEV程序位置： C:\zi\shiyan3\MeV_4_3
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