基因芯片數(shù)據(jù)分析(編輯修改稿)
2025-01-16 08:29 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 thods) 與芯片內(nèi)標化的尺度調(diào)整 (Scale adjustment) 方法類似n 非線性標化法 (nonlinear methods)n 分位數(shù)標化法 (Quantile normalization) 兩張芯片的表達數(shù)據(jù)的分位數(shù)標化至相同，即分布于對角線上。染色互換實驗 (dyeswap experiment ) 的標化 實驗組 對照組 芯片 1 cy5(R) cy3(G’) 芯片 2 cy3(G) cy5(R’)n 前提假設(shè)： c︽ c’n 方法 : 提取定性信號(1)對每個探針對計算 R R = (PM MM) / (PM + MM)(2)比較 R與定義的閾值 Tau(小的正值，默認值為 ).(3) 單側(cè)的 Wilcoxon’s Signed Rank test產(chǎn)生 p值，根據(jù) p值定義定量信號值 Present call Marginal call Absent call (四 ) Affymetrix芯片數(shù)據(jù)標準化提取定量信號(1)分析步驟n 獲取探針水平數(shù)據(jù)n 背景值效正n 標準化處理n 探針特異背景值效正n 探針集信號的匯總(2)分析方法M = log2R log2GA = (log2R + log2G)/2 前面提及的標準化方法僅效正了數(shù)據(jù)分布的中心，在不同的柵格間logRatios 的方差也不同。第三節(jié) 差異表達分析(Analysis of Differentially Expression Gene )一、倍數(shù)法 實驗條件下的表達值對照條件下的表達值通常以 2倍差異為閾值，判斷基因是否差異表達二、統(tǒng)計學(xué)方法 t檢驗法運用 t檢驗法可以判斷基因在兩不同條件下的表達差異是否
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