pymol學(xué)習(xí)筆記(編輯修改稿)
2024-09-01 00:30 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 n.atomnamelistpdb文件中的原子名字Pymol select carbons, name ca+cb+cg+cdresnr.residuenamelist氨基酸的名字Pymol select aas, resn asp+glu+asn+glnresii.residueidentifierlistpdb文件中基團(tuán)的編號(hào)Pymol select mults10, resi 1+10+100residueidentifierrangePymol select nterm, resi 110altaltalternateconformationidentifierlist一些單字母的列表，選擇具有2種構(gòu)型的氨基酸Pymol select altconf, alt a+bchainc.chainidentifierlist一些單字母或數(shù)字的列表Pymol select firstch, chain asegis.segmentidentifierlist一些字母（最多４位）的列表Pymol select ligand, segi ligflagf.flagnummer一個(gè)整數(shù)（０－３１）Pymol select f1, flag 0numeric_typent.typenummer一個(gè)整數(shù)Pymol select type1, nt. 5text_typett.typestring一些字母（最多４位）的列表Pymol select subset, tt. HA+HCididexternalindexnumber一個(gè)整數(shù)Pymol select idno, id 23indexidx.internalindexnumber一個(gè)整數(shù)Pymol select intid, index 23sssssecondarystructuretype代表該類結(jié)構(gòu)的單字母Pymol select allstrs, ss h+s+l+下表是另一些Selector，有關(guān)比較的： Selector簡寫Identifier及例子bbparisonoperator bfactorvalue一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較bfactorPymol select fuzzy, b 12qqparisonoperator occupancyvalue一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較occupancyPymol select lowcharges, q formal_chargefc.parisonoperator formal chargevalue一個(gè)整數(shù)，用來比較formal chargePymol select doubles, fc. = 1partial_chargepc.parisonoperator partial chargevalue一個(gè)實(shí)數(shù)，用來比較partial chargePymol select hicharges, pc. 1另外有一些Selector是不需要Identifier的，它們被列在下表中： Selector簡寫描述all*所有當(dāng)前被Pymol加載的原子nonenone什么也不選hydroh.所有當(dāng)前被Pymol加載的氫原子hetatmhet所有從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫HETATM記錄中加載的原子visiblev.所有在被“可見”的顯示的對(duì)象中的原子presentpr.所有的具有定義坐標(biāo)的原子在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名規(guī)則可以在下面的網(wǎng)址中找到：在選擇表達(dá)中，selector還可以配合邏輯操作子（logical operator）使用，這樣我們可以表達(dá)更加復(fù)雜的選擇。這些操作子被列于下表中： Operator簡寫效果與例子not s1! s1選擇原子但不包括s1中的Pymol select sidechains, ! bbs1 and s2s1 amp。 s2選擇既在s1又在s2中的原子Pymol select far_bb, bb amp。 farfrm_tens1 or s2s1 | s2選擇s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和s2原子）Pymol select all_prot, bb | sidechains1 in s2s1 in s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中對(duì)應(yīng)的原子Pymol select same_atom, pept in prots1 like s2s1 l. s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi)符合s2中對(duì)應(yīng)的原子Pymol select similar_atom, pept like prots1 gap Xs1 gap X選擇那些原子，其van der Waals半徑至少和s1的van der Waals半徑相差XPymol select farfrm_ten, resi 10 gap 5s1 around Xs1 a. X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所有原子Pymol select near_ten, resi 10 around 5s1 expand Xs1 e. X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，然后把s1擴(kuò)展至該新的范圍所包含的所有原子Pymol select near_ten_x, near10 expand 3s1 within X of s2s1 w. X of s2選擇以s2為中心，X為半徑，并包含在s1中的原子Pymol select bbnearten, bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1把選擇擴(kuò)展到全部residuePymol select plete_res, br. bbnear10byobject s1bo. s1把選擇擴(kuò)展到全部objectPymol select near_obj, bo. near_resneighbor s1nbr. s1選擇直接和s1相連的原子Pymol select vicinos, nbr. resi 10這些邏輯選擇還可以組合使用。比如你想選擇chain b，但是不選擇其中的residue 88： Pymol select chain b and (not resi 88) 在使用多重邏輯選擇時(shí)，為了讓Pymol正確處理順序，請(qǐng)使用括號(hào)，這樣最里層括號(hào)里面的內(nèi)容將會(huì)被最先處理，以此類推。 好了，目標(biāo)選擇就先說到這里。其實(shí)關(guān)于目標(biāo)選擇還有所謂的“宏”可以用，可以簡化表達(dá)式，準(zhǔn)備下次說說。Pymol學(xué)習(xí)筆記（五）：Pymol的選擇宏上次具體講了如何在Pymol中怎么用selectionexpression選取目標(biāo)，其實(shí)在某些情況下，還可以用Pymol提供的宏來選擇操作目標(biāo)。使用這個(gè)選擇宏往往可以是一個(gè)原本很復(fù)雜的表達(dá)變得簡單緊湊。 例如我們想選擇2vlo這個(gè)pdb文件中的chain a中的第100個(gè)基團(tuán)的α炭原子，如果用selectionexpression來表達(dá)的話是這樣： Pymol select chain a and resi 100 and ca 如果用宏的，可以這樣： Pymol select a/100/ca 是不是覺得簡單了很多。好了，下面就來詳細(xì)講講這個(gè)宏吧。因?yàn)檫@個(gè)宏是用來選擇目標(biāo)的，所以我稱之為選擇宏，它用斜杠/來定義Identifier，并且它使用上次介紹過的邏輯操作子and。一個(gè)完整的，按順序的選擇宏的表達(dá)如下： /objectname
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