第九講基因組與比較基因組學研究(編輯修改稿)
2024-08-28 12:59 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 ization。 ? STS, Sequence Tagged Site STS一般為 100500bp的 DNA片段，只在整個 genome或染色體中出現(xiàn) 1次。 ? EST, End Sequence Tag. 三、全基因組序列分析 基因組學的新內(nèi)容 1．數(shù)據(jù)存放。 2．堿基百分含量分析。無論是 GC富含區(qū)還是 AT富含區(qū)，都可能是一些特殊功能的區(qū)域。 肺炎支原體 GC百分含量高和 GC百分含量低的區(qū)域?qū)谥亟M值較低的區(qū)域，包括著絲粒和端粒，而尿殖道支原體 GC百分含量最低的區(qū)域?qū)?rRNA和 tRNA。流感嗜血桿菌 GC百分含量高的區(qū)域也對應于 6個 rRNA基因。 。首先要用多個不同的軟件來要找到并估測基因組中的每一個 ORF。 通過比較確知其功能的； 在數(shù)據(jù)庫中有相匹配的蛋白質(zhì)序列，但不知其能的； 在數(shù)據(jù)庫中找不到任何相匹配蛋白質(zhì)序列的新基因。 ? 1995年， . Venter所領導的 TIGR（ The Institute of Genomic Reseach）完成了第一個單細胞自由生物基因組，流感嗜血桿菌 (Haemopophilus influenzae Rd)全序列測定。 ? 1996年他們又完成了擁有最小基因組的單細胞生物尿殖道支原體 (Mycoplasma genitalium)和一種不同于原核、真核生物的單細胞生物 產(chǎn)甲烷古細菌(Methanococcus jannaschi) 的全序列測定。 ? 德國人則測定了肺炎支原體 (Mycoplasma pneumoniae)基因組全序列。 ? 與此同時，歷時七年 (19891996年 )的第一個真核生物釀酒酵母 (Saccharomyces cevevisiae)基因組計劃在歐共體及美、日、加、英等各國實驗室共同努力下得以完成。 ? 1997年大腸桿菌 (Escherichia. Coli S)的基因組計劃完成，美麗隱桿線蟲 (caenothabditis elegans)的基因組計劃也于 1998年完成。 最受矚目的人類基因組計劃 (HGP, Human GenomeProject)也于 2022年底前完成。 (1)通過流感嗜血桿菌能量代謝類群的 ORF分析，了解到在這種生物中缺乏三羧酸循環(huán) (TCA)中必需的三個酶，即檸檬酸合成酶基因、異檸檬酸脫氫酶基因和順烏頭酸酶基因。由此推斷流感嗜血桿菌 TCA缺失，不能合成谷氨酸，因為谷氨酸的供體是 TCA的中間產(chǎn)生物 α酮戊二酸。 (2)在尿殖道支原體基因組中有一個稱為 MgPa的 ORF?？疾烊蚪M，共發(fā)現(xiàn)有 9個與 MgPa同源的重復序列，這些重復序列之間發(fā)生重組可能誘導尿殖道支原體群體中抗原性改變，幫助細菌逃避宿主免疫攻擊。 四、比
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