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第九講基因組與比較基因組學(xué)研究(留存版)

  

【正文】 es cevevisiae)基因組計(jì)劃在歐共體及美、日、加、英等各國(guó)實(shí)驗(yàn)室共同努力下得以完成。在自養(yǎng)生物的三個(gè)分支,細(xì)菌、古細(xì)菌和真核生物中,細(xì)菌的分化發(fā)生較早。 Science, 287:21852195 (2022) ? 擬南芥基因組 Nature 408:796815 (2022) 全長(zhǎng) 125mb,5條染色體,25,498個(gè)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。 Chromosome22中有 545個(gè)編碼基因 第 21+22染色體共占 2%的人類(lèi)總 DNA,共有 770%基因 Nature, 406, 151157 ? 蘇格蘭愛(ài)丁堡羅斯林研究所用來(lái)自乳腺的細(xì)胞,使它們饑餓,迫使大多數(shù)基因進(jìn)入非活化狀態(tài),與受體細(xì)胞周期相匹配。 ? 古細(xì)菌產(chǎn)甲烷球菌與原核生物有著共同的染色體組織與結(jié)構(gòu),如環(huán)狀基因組、基因的操縱子結(jié)構(gòu)等,其能量產(chǎn)生和固氮基因與原核生物也有很高的同源性。 通過(guò)比較確知其功能的; 在數(shù)據(jù)庫(kù)中有相匹配的蛋白質(zhì)序列,但不知其能的; 在數(shù)據(jù)庫(kù)中找不到任何相匹配蛋白質(zhì)序列的新基因。首先用稀有內(nèi)切酶把待測(cè)基因組降解為數(shù)百 kb以上的片段,再分別測(cè)序。隨著已測(cè)定堿基數(shù)的增加,缺口的總堿基數(shù)目會(huì)按照泊松公式的一個(gè)推論( P=em)迅速減小。( Science, 236:806812)。 ? 復(fù)制起點(diǎn): DNA復(fù)制通常由起始蛋白與特定的DNA序列相互作用開(kāi)始。 ? 全基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序的主要步驟是: 第一,建立高度隨機(jī)、插入片段大小為 2kb左右的基因組文庫(kù)。 ? SNPs, single nucleotide polymorphisms. ? LINEs, long interspersed nuclear elements。 ? 1997年大腸桿菌 (Escherichia. Coli S)的基因組計(jì)劃完成,美麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng) (caenothabditis elegans)的基因組計(jì)劃也于 1998年完成。 表 , Haemophilus influenzae和 Mycoplasma genitalium基因組中的基因分類(lèi) 分 類(lèi) 基 因 數(shù) E. coli H. influenzae M. genitalium 總 ORF數(shù) 4288 1727 470 氨基酸合成 131 68 1 輔基等的合成 103 54 5 核苷酸合成 58 53 19 細(xì)胞膜合成與裝配 237 84 17 能量代謝 243 112 31 中合物代謝 188 30 6 脂肪代謝 48 25 6 DNA復(fù)制、重組和修復(fù) 115 87 32 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 9 6 7 調(diào)控蛋白 178 64 7 轉(zhuǎn)錄 55 27 12 翻譯 182 141 1
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