動(dòng)物基因組學(xué)基礎(chǔ)(1)(編輯修改稿)
2025-05-26 04:53 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 非多態(tài)的短單一序列作為界標(biāo) 23 二、遺傳圖 （一）基本概念 應(yīng)用遺傳學(xué)技術(shù)構(gòu)建能顯示基因以及其它序列特征在基因組上位置的圖。 方法是以多態(tài)的遺傳標(biāo)記作為界標(biāo)，計(jì)算細(xì)胞減數(shù)分裂過程中遺傳標(biāo)記之間發(fā)生重組的頻率，來確定兩個(gè)遺傳標(biāo)記在染色體上的相對(duì)位置。 遺傳標(biāo)記之間的相對(duì)距離即圖距以厘摩（ cM，厘摩爾根， centiMan）為單位。當(dāng)兩個(gè)遺傳標(biāo)記之間的重組值為 1%時(shí)，圖距即為 1cM。 24 現(xiàn)代遺傳圖的概念是于 1980年提出的，就是將單純的表型多態(tài)性界標(biāo)改變?yōu)橐?DNA序列的多態(tài)作為作圖界標(biāo)。 各種遺傳界標(biāo)可在國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)上可以查閱（ 當(dāng)用 DNA序列多態(tài)作為界標(biāo)的遺傳圖時(shí)，一但確定該 DNA界標(biāo)與某一基因的具體位置，便可分離克隆這個(gè)基因。 人類第一張以 RFLP為界標(biāo)的遺傳圖發(fā)表于 1987年。 25 （二）遺傳圖的局限性 分辨率有限 高等真核生物子代數(shù)量有限，只有少數(shù)的減數(shù)分裂事件可供研究，連鎖分析的分辨率受很大限制 人類基因組測(cè)序要求每 100kb有一個(gè)標(biāo)記， 1996年發(fā)表的人類遺傳圖達(dá)到每 （ 1Mb=1000kb） 精確度較低 假設(shè)交換是隨機(jī)發(fā)生的，但由于交換熱點(diǎn)的存在使某一區(qū)段的交換頻率遠(yuǎn)高于其它區(qū)段，無法繪制精確的遺傳圖。 26 三、物理圖 （一）基本概念 應(yīng)用分子生物學(xué)技術(shù)來直接分析 DNA分子，從而構(gòu)建能顯示包括基因在內(nèi)的序列特征的位置圖。 以特定的 DNA序列為界標(biāo)直接排列在基因組 DNA分子上，這些特定的 DNA序列可以是多態(tài)的（如 RFLP），但主要是非多態(tài)的（如STS、 STR、 EST）和特定的基因序列等。 物理圖中界標(biāo)之間的距離單位依作圖方法而定，輻射育種作圖單位為厘鐳（ cR） 。限制性作圖單位元以物理長(zhǎng)度，即堿基對(duì)數(shù)目（ bp、kb）來表示。 27 （二）作圖的基本方法 1． 限制性作圖 —— 將限制性酶切位點(diǎn)標(biāo)定在 DNA分子的相對(duì)位置上。 限制性內(nèi)切酶有 Ⅰ 型、 Ⅱ 型、 Ⅲ 型， Ⅰ 型、 Ⅲ 型酶位點(diǎn)特殊性不強(qiáng)， Ⅱ 型專一性很強(qiáng)。 6 bp識(shí)別序列的限制性內(nèi)切酶適用于 50 kb以下的DNA分子作圖。 限制性作圖方法是：比較一個(gè) DNA分子被兩種酶切割產(chǎn)生的兩套片段。 28 圖 716 限制性內(nèi)切酶 29 3． 序列標(biāo)記位點(diǎn)（ sequence tagged site, STS）作圖 ——通過 PCR或分子雜交將小段 DNA順序定位在基因組的 DNA區(qū)段中。是目前用于構(gòu)建最為詳盡的大基因組物理圖的主流技術(shù)。 ○ STS作圖原理 STS是一段短的 DNA序列（ 100— 500） bp，每個(gè)基因組只有一個(gè)拷貝。 當(dāng)兩個(gè)片段含有同一 STS時(shí)，可確認(rèn)這兩個(gè)片段重疊。 兩個(gè)不同的 STS出現(xiàn)在同一片段的機(jī)會(huì)取決于它們?cè)诨蚪M中的位置，彼此接近，同時(shí)出現(xiàn)在同一片段的機(jī)會(huì)就大，反之則小。 兩個(gè)標(biāo)記間的圖距根據(jù)分離頻率來計(jì)算。 30 ○ STS 的種類 ⑴ 表達(dá)序列標(biāo)記（ expressed sequence tag, EST），是從 cDNA克隆中獲得的短序列。 EST是獲得基因序列的簡(jiǎn)捷方法。 ⑵ 簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度多態(tài)性（ SSLP，小衛(wèi)星和微衛(wèi)星）。 ⑶ 隨機(jī)基因組序列，從克隆的基因組 DNA中隨機(jī)測(cè)序獲得。 31 第三節(jié) 基因定位方法 ? 動(dòng)物有幾十條染色體，有幾萬個(gè)基因，平均每條染色體有上千個(gè)基因。 ? 確定基因在哪一條染色體的哪一個(gè)座位上就是基因定位。 ? 將定位的基因標(biāo)注在染色體上就可得到基因圖（ ge
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