動物基因組學基礎(1)(編輯修改稿)
2025-05-26 04:53 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 非多態(tài)的短單一序列作為界標 23 二、遺傳圖 （一）基本概念 應用遺傳學技術構建能顯示基因以及其它序列特征在基因組上位置的圖。 方法是以多態(tài)的遺傳標記作為界標，計算細胞減數(shù)分裂過程中遺傳標記之間發(fā)生重組的頻率，來確定兩個遺傳標記在染色體上的相對位置。 遺傳標記之間的相對距離即圖距以厘摩（ cM，厘摩爾根， centiMan）為單位。當兩個遺傳標記之間的重組值為 1%時，圖距即為 1cM。 24 現(xiàn)代遺傳圖的概念是于 1980年提出的，就是將單純的表型多態(tài)性界標改變?yōu)橐?DNA序列的多態(tài)作為作圖界標。 各種遺傳界標可在國際互聯(lián)網(wǎng)上可以查閱（ 當用 DNA序列多態(tài)作為界標的遺傳圖時，一但確定該 DNA界標與某一基因的具體位置，便可分離克隆這個基因。 人類第一張以 RFLP為界標的遺傳圖發(fā)表于 1987年。 25 （二）遺傳圖的局限性 分辨率有限 高等真核生物子代數(shù)量有限，只有少數(shù)的減數(shù)分裂事件可供研究，連鎖分析的分辨率受很大限制 人類基因組測序要求每 100kb有一個標記， 1996年發(fā)表的人類遺傳圖達到每 （ 1Mb=1000kb） 精確度較低 假設交換是隨機發(fā)生的，但由于交換熱點的存在使某一區(qū)段的交換頻率遠高于其它區(qū)段，無法繪制精確的遺傳圖。 26 三、物理圖 （一）基本概念 應用分子生物學技術來直接分析 DNA分子，從而構建能顯示包括基因在內(nèi)的序列特征的位置圖。 以特定的 DNA序列為界標直接排列在基因組 DNA分子上，這些特定的 DNA序列可以是多態(tài)的（如 RFLP），但主要是非多態(tài)的（如STS、 STR、 EST）和特定的基因序列等。 物理圖中界標之間的距離單位依作圖方法而定，輻射育種作圖單位為厘鐳（ cR） 。限制性作圖單位元以物理長度，即堿基對數(shù)目（ bp、kb）來表示。 27 （二）作圖的基本方法 1． 限制性作圖 —— 將限制性酶切位點標定在 DNA分子的相對位置上。 限制性內(nèi)切酶有 Ⅰ 型、 Ⅱ 型、 Ⅲ 型， Ⅰ 型、 Ⅲ 型酶位點特殊性不強， Ⅱ 型專一性很強。 6 bp識別序列的限制性內(nèi)切酶適用于 50 kb以下的DNA分子作圖。 限制性作圖方法是：比較一個 DNA分子被兩種酶切割產(chǎn)生的兩套片段。 28 圖 716 限制性內(nèi)切酶 29 3． 序列標記位點（ sequence tagged site, STS）作圖 ——通過 PCR或分子雜交將小段 DNA順序定位在基因組的 DNA區(qū)段中。是目前用于構建最為詳盡的大基因組物理圖的主流技術。 ○ STS作圖原理 STS是一段短的 DNA序列（ 100— 500） bp，每個基因組只有一個拷貝。 當兩個片段含有同一 STS時，可確認這兩個片段重疊。 兩個不同的 STS出現(xiàn)在同一片段的機會取決于它們在基因組中的位置，彼此接近，同時出現(xiàn)在同一片段的機會就大，反之則小。 兩個標記間的圖距根據(jù)分離頻率來計算。 30 ○ STS 的種類 ⑴ 表達序列標記（ expressed sequence tag, EST），是從 cDNA克隆中獲得的短序列。 EST是獲得基因序列的簡捷方法。 ⑵ 簡單序列長度多態(tài)性（ SSLP，小衛(wèi)星和微衛(wèi)星）。 ⑶ 隨機基因組序列，從克隆的基因組 DNA中隨機測序獲得。 31 第三節(jié) 基因定位方法 ? 動物有幾十條染色體，有幾萬個基因，平均每條染色體有上千個基因。 ? 確定基因在哪一條染色體的哪一個座位上就是基因定位。 ? 將定位的基因標注在染色體上就可得到基因圖（ ge
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