【文章內(nèi)容簡介】 苷水解）相比，證據(jù)力度更強(qiáng)。評估測定的分析性能和考慮樣品完整性的驗證，重現(xiàn)性和穩(wěn)健性數(shù)據(jù)可能受到采集方法和時間以及儲存和運(yùn)輸?shù)挠绊?，是重要的考慮因素。在臨床實驗室改進(jìn)修訂實驗室開發(fā)的測試或市售試劑盒中的測定中，這些因素得到緩解。評估突變在信使RNA水平的影響的測定在評估突變在剪接點和編碼序列和非翻譯區(qū)以及更深的內(nèi)含子區(qū)域（例如，信使RNA穩(wěn)定性，加工或翻譯）中的影響時可以是高度信息的）。技術(shù)方法包括RNA和/或互補(bǔ)DNA衍生物的直接分析和體外小基因剪接測定。PS4 PM2 BA1 BS1 BS2突變頻率和使用控制人群評估對照或一般群體中突變的頻率對于評估其潛在的致病性是有用的。 這可以通過搜索公開的人口數(shù)據(jù)庫（例如，1000個基因組計劃，國家心臟，肺和血液研究所外顯子測序項目外顯子突變服務(wù)器，外顯子聚合聯(lián)盟。表1），以及使用經(jīng)常在文獻(xiàn)中出現(xiàn)的競爭匹配的對照數(shù)據(jù)。外顯子測序項目數(shù)據(jù)庫對白種人和非裔美國人群有用，并具有覆蓋數(shù)據(jù)以確定突變是否不存在。 盡管1000種基因組計劃數(shù)據(jù)不能用于評估突變的缺失，但是它具有不同種族群體的更廣泛的代表性。 外顯子聚集聯(lián)盟最近發(fā)布了來自不同人群的＞60000個外顯子等位基因頻率數(shù)據(jù)，包括大約三分之二的外顯子測序項目數(shù)據(jù)。一般而言，控制群體的等位基因頻率大于疾病預(yù)期（表6），被認(rèn)為是對罕見孟德爾病癥（BS1）的良性解釋的強(qiáng)大支持，或者如果超過5％，則被認(rèn)為是立場獨立支持（BA1）。此外，如果正在研究的疾病在早期完全滲透，并且在隱性（純合），顯性（雜合）或X連鎖（半合子）病癥的良好記錄的健康成年個體中觀察到突變，則被認(rèn)為是良性解釋的有力證據(jù)（BS2）。如果該突變不存在，則應(yīng)確認(rèn)數(shù)據(jù)庫中的讀取深度足以在突變站點進(jìn)行準(zhǔn)確的調(diào)用。如果一個突變不存在（或低于預(yù)期的載體頻率，如果是隱性的）大的普通人群或?qū)φ贞犃校?1,000個人），并且群體與攜帶識別的突變的患者進(jìn)行種族匹配，則可以考慮該觀察一個適度的致病性證據(jù)（PM2）。然而，許多良性突變是“私人的”（個人或家庭獨有的），因此不符合種族匹配的人群不被認(rèn)為是足夠的，甚至是致病性的強(qiáng)有力證據(jù)。當(dāng)群體表型良好，頻率差異較大，孟德爾病發(fā)病早期發(fā)病時，使用人口數(shù)據(jù)進(jìn)行病例對照比較是非常有用的。 轉(zhuǎn)診到臨床實驗室進(jìn)行測試的患者很可能包括被 “排除”為該疾病的個體，因此他們可能是不符合表型的病例。 當(dāng)使用普通人群作為對照組時，患有亞臨床疾病的個體總是存在的。 然而，在這兩種情況下，病例對照比較在檢測差異方面的功能不足。 因此，如上所述，仍然可以假設(shè)顯示出統(tǒng)計學(xué)上顯著的差異來為致病性提供支持性證據(jù)。 相比之下，缺乏統(tǒng)計學(xué)差異，尤其是極度稀有的變異和較少的滲透性表型，應(yīng)該謹(jǐn)慎解釋。優(yōu)勢比（OR）或相對風(fēng)險是基因型（即突變存在于基因組中）和表型（即受疾病/結(jié)果影響）之間關(guān)聯(lián)的量度，可用于孟德爾疾病或復(fù)合物表征。在本指南中，我們只討論其在孟德爾病中的用途。雖然相對風(fēng)險與OR不同，但相對風(fēng)險漸漸地接近OR的小概率。 ，，具有適度孟德爾效應(yīng)大小的突變將具有3或更大的OR，而高度滲透突變將具有非常高的OR；例如，與E3 / E3純合子相比，APOE E4 / E4純合子的OR為13（：// / home / educationoutreach / pastsummerinterns / 2012 summerinterns / erika ＃.VOSi3C7G_vY）。然而，OR的置信區(qū)間（CI）與關(guān)聯(lián)本身的度量一樣重要。 （例如，OR = ，CI = ），則關(guān)聯(lián)的斷言幾乎沒有信心。在上述APOE示例中，CI為1016。 互聯(lián)網(wǎng)上提供非常簡單的OR計算器（例如://).27,28 PM1突變熱點和/或關(guān)鍵與完善的功能域已知某些蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域?qū)τ诘鞍踪|(zhì)功能是至關(guān)重要的，并且迄今為止鑒定的這些結(jié)構(gòu)域中的所有錯義突變已被證明是致病性的。 這些領(lǐng)域也一定缺乏良性變異。 此外，報道了在不太好表征的基因區(qū)域中的突變熱點，在該區(qū)域中一個或幾個附近殘留物中的致病突變可以更大的頻率觀察到。 而這可以被認(rèn)為是致病性的中度證據(jù)。PM3 BP2順/反試驗檢測親本樣品以確定突變是否發(fā)生在順式（基因的相同拷貝）或反式（基因的不同拷貝）中）對于評估致病性是重要的。 例如，當(dāng)在隱性病癥的基因中鑒定了兩種雜合突變時，如果已知一種突變是致病性的，則確定另一種突變是反式的，可以被認(rèn)為是后一種突變（PM3）的致病性的適度證據(jù)。 此外，如果該反式變異體其他致病性變異有多個觀察結(jié)果，則此證據(jù)可以升級至強(qiáng)。 然而，如果突變在普通人群中存在，則需要統(tǒng)計學(xué)方法來控制隨機(jī)共生。 相比之下，找到順式的第二個突變將支持盡管不是確定性的證據(jù)是良性作用（BP2）。 在隱性基因中鑒定有不確定致病性的兩種雜合變異的情況下，突變的順式與反式性質(zhì)的確定不一定提供關(guān)于任一突變的致病性的附加信息。 然而，如果突變以順式發(fā)現(xiàn)，則基因的兩個等位基因都受到影響的可能性降低。 在顯性疾病的背景下，反式突變被檢測為致病性突變可以被認(rèn)為是支持良性影響的證據(jù)（BP2），或者在某些發(fā)達(dá)的疾病模型中，甚至可以被認(rèn)為是獨立的證據(jù)，如已經(jīng)被驗證可用于評估CFTR突變3。由于框內(nèi)缺失/插入和停止損失導(dǎo)致PM4 BP3蛋白長度變化通過將終止密碼子改變?yōu)榘被崦艽a子（例如止血藥物突變），一個或多個氨基酸的缺失或插入以及蛋白質(zhì)的延伸更可能與單獨的錯誤改變相比破壞蛋白質(zhì)功能， 蛋白質(zhì)長度變化的結(jié)果。 因此，框內(nèi)缺失/插入和停止損失被認(rèn)為是致病性的適度證據(jù)。 刪除，插入或延伸越大，缺失區(qū)域中氨基酸越保守，支持致病性的證據(jù)就越大。 相比之下，在重復(fù)區(qū)域或進(jìn)化中不夠保守的區(qū)域的小框內(nèi)缺失/插入不太可能是致病的。PM5在同一個位置新發(fā)的錯義突變發(fā)生在與另一致病性錯義變化相同位置（例如，Trp38Ser和Trp38Leu）的新型錯義氨基酸變化被認(rèn)為是適度的證據(jù)，但不能被認(rèn)為是致病性的。 如果與確定的致病性錯義突變相比，新穎的變化更保守，這是特別真實的。 此外，不同的氨基酸變化可導(dǎo)致不同的表型。 例如，F(xiàn)GFR3基因的Lys650殘基的不同取代與廣泛的臨床表型相關(guān)：。 。 異位發(fā)育不良2型，致死性骨骼發(fā)育異常。PP1 BS4分離分析在家族中使用突變分離時，必須注意其作為致病性的證據(jù)。事實上，家族中具有表型的特定突變的分離是證實基因座與病癥的連鎖，而不是突變本身的致病性的證據(jù)。已經(jīng)公布的一種統(tǒng)計學(xué)方法29,30，其中指出，鑒定的突變可能與該家族中真實致病突變的連鎖不平衡。統(tǒng)計學(xué)建?？紤]到與年齡有關(guān)的外顯率和感染率。遠(yuǎn)親很重要，應(yīng)該被考慮在內(nèi)，因為它們的比核心家族中的成員發(fā)生疾病和突變的可能性小。全基因測序（包括整個內(nèi)含子和539。和339。非翻譯區(qū)）可能提供更多的證據(jù)表明另一個突變不涉及或鑒定可能導(dǎo)致其他突變。除非仔細(xì)評估遺傳基因座，否則有可能將非致病性突變分類為致病性。 當(dāng)靶基因中的特定變異與多種受影響的家族成員和來自不同種族背景的多個家族中的表型或疾病分離時，連鎖不平衡和確定偏倚不太可能混淆致病性的證據(jù)。 在這種情況下，這個標(biāo)準(zhǔn)可以視為適度或強(qiáng)有力的證據(jù)，這取決于隔離的程度，而不是支持證據(jù)。另一方面，缺乏具有表型的突變的分離提供了強(qiáng)烈的抗致病性的證據(jù)。 需要仔細(xì)的臨床評估來排除所報告的未受影響個體的輕度癥狀，以及可能的遺傳因素（由于非致病性或不同遺傳原因引起的疾病的受影響個體）。 此外，需要確定生物家庭關(guān)系，以排除收養(yǎng)，非親子，精子和卵子捐贈以及其他非生物關(guān)系。 還必須考慮減少和年齡依賴性外顯率，以確保無癥狀的家族成員真正不受影響。在臨床實驗室設(shè)置中，分離的統(tǒng)計學(xué)評估可能是困難的。 如果有適當(dāng)?shù)募彝ィ膭钆R床實驗室與統(tǒng)計學(xué)或群體遺傳學(xué)專家合作，以確保適當(dāng)?shù)慕?，并避免該突變與疾病的相關(guān)性的不正確結(jié)論。PP2 BP1變異譜許多基因具有明確的病原性和良性變異譜。 對于其中錯義變異是疾病常見病因的基因，并且基因的非常少的良性變異，新的錯義突變可以被認(rèn)為是支持致病性的證據(jù)（PP2）。 相比之下，對于截短突變是唯一已知的變異致病機(jī)制，錯義突變可以被認(rèn)為是支持良性影響的證據(jù)（BP1）。 例如，ASPM中的截短突變是該基因中的致病突變的主要類型，其引起常染色體隱性原發(fā)性小頭癥，并且該基因具有高的錯義多態(tài)性變異率。 因此，ASPM中的錯誤突變可以被認(rèn)為具有這種支持性證據(jù)的一個良性影響。PP3 BP4計算（硅片）數(shù)據(jù)沒有高估計算的證據(jù)是重要的，特別是考慮到不同的算法可能依賴于相同（或類似的）數(shù)據(jù)來支持預(yù)測，并且大多數(shù)算法還沒有被證實是針對已經(jīng)確定的致病突變。 此外，算法可以對不同的基因具有非常不同的預(yù)測能力。 如果測試中的所有計算機(jī)程序符合預(yù)測，那么這個證據(jù)可以算作支持。 然而，如果在電腦預(yù)測中不通過，則不應(yīng)將此證據(jù)用于分類突變。 這種突變導(dǎo)致氨基酸變化存在于多個非人類哺乳動物物種中的保守的區(qū)域，表明氨基酸變化不會損害功能，可以被認(rèn)為是良性解釋的強(qiáng)有力證據(jù)。 然而，如果該基因最近在人體中發(fā)生突變（例如涉及免疫功能的基因），則必須謹(jǐn)慎地評估對非保守區(qū)域有良好的影響的假設(shè)。PP4使用表型來支持突變的聲明、一般來說，患者具有與基因的已知臨床特征譜相匹配的表型的事實不被認(rèn)為是致病性的證據(jù)，因為幾乎所有接受疾病靶向測試的患者都具有所述的表型。 然而，如果滿足以下標(biāo)準(zhǔn)，患者的表型可以被認(rèn)為是支持證據(jù)：（i）臨床檢測的敏感性高，大多數(shù)患者在該基因中檢測出致病性突變陽性。 （ii）患者具有明確的綜合征，與其他臨床表現(xiàn)幾乎沒有重疊（例如，Gorlin綜合征，包括基底細(xì)胞癌，掌跖凹陷，牙源性角化囊腫）。 （iii）基因不受實質(zhì)性良性變異的影響，可以通過大量普通人群進(jìn)行確定（例如，Exome測序項目）。 和（iv）家族史與疾病遺傳模式一致。P