中華大學生物資訊學系專題報告(編輯修改稿)
2025-05-01 23:07 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 、ZFIN有18158筆。(圖三)圖三:例如紅框中Wormbase裡 WBGene00012015對應(yīng)uniport擷取碼為Q17761。(2)設(shè)計擷取碼對照程式在轉(zhuǎn)換方面，為了在龐大的資料裡蒐尋我們所需要轉(zhuǎn)換的擷取碼，在眾多的蒐尋法裡，我們選擇使用二分搜尋法(Binary search)來進行搜尋。而如果要利用二分搜尋法，其資料需要經(jīng)過排序，在處理資料上，我們使用快速排序法(Quick Sort)來進行排序。利用快速排序法，將資料經(jīng)過排序後，再由二分搜尋法來對我們欲搜尋的目標進行搜尋。(3)建立擷取碼轉(zhuǎn)換表 有了以上各個資料庫對應(yīng)的擷取碼，再利用程式建立擷取碼轉(zhuǎn)換表，例如我們要把Wormbase中的WBGene00012015轉(zhuǎn)換成Ensembl的擷取碼，搜尋出WBGene00012015對應(yīng)uniport的擷取碼為Q17761(圖三)。(圖四)圖四:例如紅框中得知Ensembl裡。(4)設(shè)計搜尋同源資料程式在整理Inparanoid同源資料時，我們在程式一開始設(shè)計兩個2維陣列(設(shè)為buf_worm與buf_yest)，用來暫存我們搜尋到的擷取碼，接著我們用雙重迴圈寫入檔案，以圖六為例線蟲()中WBGene00012015的蛋白質(zhì)與果蠅(Fly base)的FBpp0070368經(jīng)程式建立之後為圖七的對照表(5)同源對照表範例 我們舉一個例子來說明，假設(shè)使用者想要搜尋線蟲()中WBGene00012015擷取碼和果蠅(Fly base)的同源蛋白擷取碼，然後再將這擷取碼輸入程式之中，找到果蠅的同源蛋白擷取碼為FBpp0070368 (圖五)圖五:例如紅框中為線蟲蛋白擷取碼為WBGene00012015而找出果蠅的同源蛋白擷取碼為FBpp0070368。圖六:紅框中顯示線蟲與果蠅為同源蛋白的轉(zhuǎn)換表。 在物種的同源蛋白之中有些蛋白會有一對一(圖七)同源性。圖七:紅框中顯示線蟲的WBGene00004209
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