中華大學(xué)生物資訊學(xué)系專題報(bào)告-全文預(yù)覽
【正文】 的技巧，使得專題得以順利進(jìn)行。(2)獲得網(wǎng)站提供的資料後，發(fā)現(xiàn)資料過(guò)於龐大與雜亂。圖八: 程式執(zhí)行畫(huà)面 最後在視窗化後，然後再輸出擷取碼那裡的資料庫(kù)類別選Wormbase，最後在執(zhí)行後，成功的再輸出擷取碼畫(huà)面裡跑出他在裡的擷取碼為WBGene00012015。圖七:紅框中顯示線蟲(chóng)的WBGene0000420WBGene00004210與WBGene00004208擷取碼與果蠅的FBpp0088443同源。(圖四)圖四:例如紅框中得知Ensembl裡。(2)設(shè)計(jì)擷取碼對(duì)照程式在轉(zhuǎn)換方面，為了在龐大的資料裡蒐尋我們所需要轉(zhuǎn)換的擷取碼，在眾多的蒐尋法裡，我們選擇使用二分搜尋法(Binary search)來(lái)進(jìn)行搜尋。而HOMSA為Homo sapiens的縮寫(xiě)，縮寫(xiě)方式為取Homo的前面三個(gè)字母與sapiens前面兩個(gè)字母，其他物種也是以此方式進(jìn)行縮寫(xiě)。(圖一)()圖一:PIR擷取碼轉(zhuǎn)換範(fàn)例例如紅框處分別為 GI資料庫(kù)裡的653 04095與 EMBL 資料庫(kù)的CR940353轉(zhuǎn)換成uniport的擷取碼為Q4U9M9。 另一方面研究者在轉(zhuǎn)換所需擷取碼之後，我們提供該擷取碼的相關(guān)同源蛋白，讓研究者不僅可以知道各個(gè)資料庫(kù)的蛋白質(zhì)擷取碼並且可以讓他們進(jìn)一步了解這些蛋白質(zhì)擷取碼的相關(guān)性，不在需要到網(wǎng)站上做搜尋，只需要藉由程式就可以達(dá)到目的。二、簡(jiǎn)介 由於有些研究者在研究蛋白序列時(shí)，取得了資料庫(kù)的蛋白質(zhì)擷取碼後，如果想再另外的資料庫(kù)上搜尋時(shí)，有時(shí)會(huì)因?yàn)閮煞N資料庫(kù)的命名擷取碼方式不同，造成研究者在不同資料庫(kù)中做搜尋時(shí)，會(huì)發(fā)生擷取碼無(wú)法對(duì)照或找不到該擷取碼的困擾， 所以本專題主要目的是嘗試用程式來(lái)轉(zhuǎn)換擷取碼，讓研究者可以透過(guò)程式，來(lái)轉(zhuǎn)換自己所需的擷取碼，以便可以在另外的資料庫(kù)中使用。PIR(Protein Information Resource)為PIRInternational這個(gè)大分子序列資料收集中心所維持的蛋白
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