[基礎科學]第四章電泳圖譜的圖像分析及細胞蛋白譜的建立(編輯修改稿)
2025-03-14 09:19 本頁面
【文章內容簡介】 別為兩個蛋白質點或者反之。所以在匹配之前最好進行處理，同時將 gel scan 、 gel image 和 gel spot圖打開，然后單擊 edit spot tool，出現(xiàn)一個對話框，此對話框中有增加斑點（ make a spot at cursor） , 刪除斑點（ remove spot at cursor） ,合并斑點（ bine spot in box）等圖標，可根據你的目的而選擇其中一個圖標進行相應的斑點處理。這些處理只能在 gel image圖象中處理，但相應的在 gel spot圖象中會同時得到顯示。 三 、斑點匹配 (Matching spots) ?蛋白質斑點檢測完了之后，為了比較和分析不同凝膠中蛋白質斑點的改變， PDQUEST 可以 建立一個 Matchset。 單擊 matchcreat matchset, 出現(xiàn)一個 Matchset的對話框，輸入文件名稱，保存路徑，選擇（ select）或上載（ load） gel spot 圖像的文件名，然后單擊 creat, 出現(xiàn)一對話框，選擇其中的一個圖象做為參考圖象（ standard member） , 整個 Matchset用單個窗口（ signal window）來表示，其中的亞窗口（ subwindow）分別用來表示參考圖像（用 REF來表示）和成員膠（ member gel）圖像。 ?Matchset 建成后，接著便是 設立標志點（ landmark） ,它的作用是對整個凝膠上蛋白質斑點進行排列（ align）與定位（ position）以便進行匹配（ match）。 單擊工具欄中的 match tools圖標會出現(xiàn)一個窗口，其中有 landmark, unlandmark, match gel, match all gels等斑點匹配的工具 , 在 match菜單中也有這些工具。 標志點應選擇分辨良好，且所有成員膠上均出現(xiàn)的蛋白質斑點，并盡量避開蛋白質斑點聚集的地方，最好在不同的放大倍數(shù)下確定該蛋白質斑點為所有成員膠上同一個蛋白質斑點。至少要設立兩個標志點后便可利用 PDQUEST的自動匹配功能來完成不同凝膠上的蛋白質斑點的匹配了。 一般設立的 landmark斑點個數(shù)為總斑點的 10%左右，要用肉眼檢查每一個應該能匹配上的斑點是否匹配上了。 ?對錯誤匹配的蛋白質斑點或沒有識別到的匹配可進行手工方式編輯。在這里也可以進行編輯斑點功能，單擊 viewinterchange all images, 這樣所有的成員膠和參考膠有 Gel spot 狀態(tài)下變成了 Gel image, 而在 Gel image 狀態(tài)下可進行 Edit Spot
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