如何進(jìn)行序列的分析和向數(shù)據(jù)庫(kù)提交序列(編輯修改稿)
2025-01-04 08:51 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 aagcccccaggttgcgaggagtctggtggcaactaagctaagatcaagcatcgcgct Y K P P G C E E S G G N * 601 ggtggattgctgcctataataatagtatgcagctttgttttgggctatgttgatgatata 661 tcaatatataatatgctatatatttttattttacagtttggttatgtaccatctcaatgg 721 cctctgctcttaacacatatgtaataatctcttccctccctctccggccggttttattgt 781 aagagtactacaattatcgttgggtgaggatatgtgaaaacaaagctccggctatataca 841 cacaaaaaaaaaaaaaaaaa 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 完整的基因應(yīng)該： 符合 Kozak規(guī)則 從第 52bp開(kāi)始的第一個(gè)起始密碼子 AUG上游第三個(gè)核苷酸為鳥嘌呤（ G）， 緊跟在 AUG后面的核苷酸也為鳥嘌呤（ G）， 并且第一個(gè) AUG起始密碼子前方第 10bp處的同一相位出現(xiàn)了終止密碼子 UAA， AUG起始密碼子前后完全符合 Kozak規(guī)則：A/GNNAUGG。 此外，在 3′ 端有一個(gè)長(zhǎng) 264bp的非編碼區(qū)并含有植物中典型的加尾信號(hào) G/AATAA13序列，在 3′ 末段有poly(T)17 。 上述特征表明該序列完全符合一個(gè)完整的基因序列。 Reference : Kozak M. Initiation of translation in prokaryotes and , 1999, 234 (2): 187208. 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 序列分析常用方法小結(jié) Genomic DNA and cDNA, 利用 ORF Finder軟件發(fā)現(xiàn)開(kāi)放閱讀框 ORF(Open reading frame)。 網(wǎng)址： 編碼蛋白質(zhì)中的氨基酸序列蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)：利用 SMART(Simple Modular Rrvhitecture Research Tool)軟件。 網(wǎng)址： 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 利用 ScanProsite軟件 ， 進(jìn)行蛋白質(zhì)基序 (motif)預(yù)測(cè) 。 網(wǎng)址： 蛋白質(zhì)基序 (motif)中的 x表示任意氨基酸，其中的數(shù)字表示任意幾個(gè)氨基酸； [ST]表示氨基酸為 S or T； {P}表示除掉 P之外的任意氨基酸。 如： ID ASN_GLYCOSYLATION。 PATTERN. AC PS00001。DT APR1990 (CREATED)。 APR1990 (DATA UPDATE)。 APR1990 (INFO UPDATE). DE Nglycosylation site. PA N{P}[ST]{P}. CC /TAXORANGE=??E?V。 CC /SITE=1,carbohydrate。CC /SKIPFLAG=TRUE。DO PDOC00001。 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 利用軟件 NRL3D， 進(jìn)行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè) 。 網(wǎng)址： 網(wǎng)址： 利用 BLASTp軟件 ， 對(duì) GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性和同源性蛋白質(zhì)搜索 。 網(wǎng)址： 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 利用 Genscan軟件 ， 對(duì) genomic DNA進(jìn)行 Promoter的預(yù)測(cè) 。 網(wǎng)址： 7 、 利用 RiceHMM等軟件 ， 對(duì)特定的生物種進(jìn)行基因預(yù)測(cè) 網(wǎng)址： 8 、 利用 Compute pI/Mw軟件 ， 對(duì)編碼蛋白質(zhì)進(jìn)行等電點(diǎn)(pI)和分子量 (Mw)的預(yù)測(cè) 。 網(wǎng)址： 利用 Promoter軟件 ， 對(duì) genomic DNA進(jìn)行 Promoter的預(yù)測(cè) 。 網(wǎng) 址 ： bin/seq_tools/ 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 一個(gè)全長(zhǎng)基因特征分析： ① 第 1個(gè)起始密碼子 AUG上游第 3個(gè)核苷酸為鳥嘌呤（ G） 或腺嘌呤 （ A） ， 緊跟在 AUG后面的核苷酸也為鳥嘌呤 （ G） ， 第 1個(gè) AUG起始密碼子前方同一相位出現(xiàn)終止密碼子 UAA或 UAG或 UGA。 AUG起始密碼子前后符合 Kozak規(guī)則： A/GNNAUGG。 ② 在 3′ 端非編碼區(qū) （ untranslated region,UTR） 有Poly(A)1 在轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)附近有 1個(gè)典型的加尾信號(hào) G/AATAA13。 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 二、如何向核酸數(shù)據(jù)庫(kù)提交序列？ 生物信息學(xué) 杭州師范大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院 向太和 序列數(shù)據(jù)提交途徑方式和方式 ? 提交單位 ： 1. The National Center for Biotechnology Information(NCBI)()； 2. The DNA Databank of Japan(DDBJ)()； 3. The Europe Molecular Biology Laboratory(EMBL)/ EBI Nucleotid
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