【正文】 ...................................................................................................................................... 22 Q43： Discover 的 Nonbond 中 Summation 的三種方法有什么區(qū)別？ ................................................. 22 Q44： Castep 中的 Empty Band 有何用處？怎么設(shè)置？ ......................................................................... 25 Q45： CASTEP 中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ ............................................................................... 25 Q46：如何在 MS 中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？ ....................................... 26 Q47：如何在 DMol3 中顯示大于 999 號(hào)軌道的 Homo 和 Lumo 軌道？ .............................................. 27 Q1：為什么使用 Discover 進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了 Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn) Pressure 等于 0，而 Stress 的 XX、 YY、 ZZ 方向?yàn)?1GPa 的情況？ A1： 這是由于在進(jìn)行 Dynamics 計(jì)算時(shí)，選用的 Ensemble 不相同，如果選用了 Parrinello 方法，將使用 Stress 來進(jìn)行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的 Stress與外部 Pressure 相等。 Q3：如何在 CASTEP 計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ A3： CASTEP 計(jì)算中只支持 Fraction 坐標(biāo)，不支持 Coordinate 坐標(biāo)。 重新啟動(dòng)機(jī)器。完成后運(yùn)行即可。 Q9，如何使用 Standalone 方式運(yùn)行 DMol 程序？ A9： 在 MS 中完成 DMol 設(shè)置后，保存 Files，然后將 .car 和 .input 文件上傳到 Linux 服務(wù)器上。 Q14：如何在 DMol 模塊中，對(duì)某一分子只允許其沿著 Z 方向進(jìn)行優(yōu)化，而 XY 方向則不變？ A14： 首先選擇要優(yōu)化的原子，在 Modify 菜單的 Constrains 中，固定其 XYZ 坐標(biāo)，然后在 DMol的 Calculation 對(duì)話框中進(jìn)行相關(guān)設(shè)置，完成后 Save Files。 如果要在斷電后重新計(jì)算，那么可以采用以下方法。 A18： 在這里需要 Word 和 Excel 程序聯(lián)用了。 COSMO on （使用 COSMO 方法考慮溶劑化效應(yīng)） COnductorlike Screening Model 是連續(xù)介質(zhì)模型，用介電常數(shù)的連續(xù)介質(zhì)來反映溶液，而溶質(zhì)分子會(huì)形成孔穴。允許的值為極化作用 溶質(zhì)電荷分布 電解質(zhì) 屏蔽電荷 12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。 COSMO_Radius_Incr （ 指定構(gòu)造 Cosmo 孔穴時(shí)原子半徑的增量） 注意，該參數(shù)用于構(gòu)造 Cosmo 孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行 COSMO_RS 關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。 DOS 可以直接使用 Origin 做圖，而能帶結(jié)構(gòu)則需要認(rèn)真處理 (按照 K 點(diǎn)采樣來處理的 )。 注意 ：此時(shí)， CASTEP 和 DMol 可能在進(jìn)行超過 8CPUs 并行計(jì)算時(shí)出錯(cuò)，不用管它，只要能夠在 2CPUs 以上并行正常就可以打補(bǔ)丁了，打完補(bǔ)丁后，遇到的問題就可以解決了。 DAEMON 表示后臺(tái)程序的位置，主要指定的是 msid 這個(gè)后臺(tái)程序的位置，對(duì)于 32 位和 64 位Linux 機(jī)器，位置一般為 /home/msi/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe/msid。 提示： 在實(shí)際進(jìn)行 QSAR 研究時(shí)， 160 個(gè)參數(shù)已經(jīng)是非常多的體系了，建議在進(jìn)行處理之前，先使用相關(guān)性矩陣將所有的參數(shù)進(jìn)行排序，剔除出那些相關(guān)性非常高的參數(shù)，這樣，在進(jìn)行 GFA分析時(shí)會(huì)大大降低參數(shù)的數(shù)目，同時(shí)，也會(huì)幫助我們對(duì)得到的回歸方程進(jìn)行分析。其關(guān)系為線形增長(zhǎng)，即計(jì)算時(shí)間與體積成線形增長(zhǎng)，內(nèi)存也與體積成線形。 Q36： DMol 中有 TS Conformation 也有 TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來搜索過渡態(tài)？ A36： 在做過渡態(tài)搜索時(shí)候，有幾種方法，一種是使用得 QST2 的方法，即知道了反應(yīng)物和產(chǎn)物，通過搜索反應(yīng)路徑上的一階鞍點(diǎn)來搜尋過渡態(tài)的方法，在 DMol3 里，即為 TS Search，另一種是直接從單個(gè)分子出發(fā)，搜索可能的過渡態(tài)結(jié)構(gòu)，此方法單純計(jì)算能量的二階導(dǎo)數(shù)，看是否有只有一個(gè)虛頻點(diǎn)，在 DMol 中，即為 TS Optimization。但是， Castep 可以將電子密度輸出為 .charg_frm 文件，該文件是可讀的?！败壍馈币豁?xiàng)表明不同的分子軌道，例如 10 表示 1S 軌道， 21 則表示 2P 軌道。 Full Mulliken population analysis O H H O H H 有了這個(gè)表，就可以對(duì)各個(gè)原子間的鍵級(jí)來進(jìn)行分析了。當(dāng)然，對(duì)于較小的體系，則可以設(shè)置足夠大的 Cutoff半徑來保證所有的相互作用都被考慮進(jìn)來。甚至在電中性的物種中也存在點(diǎn)電荷，例如水分子。 注意 ，在計(jì)算 IR 的時(shí)候， SCF 的收斂誤差雖然給的是 ，但在實(shí)際計(jì)算的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，只有當(dāng)兩次 SCF 之間的差值小于 以后，才能夠順利開始計(jì)算體系的 IR 值。對(duì)各個(gè)軌道上電子的加合即為該軌道上的電子總數(shù)，例如對(duì) O 的 1S 軌道進(jìn)行加合，最終結(jié)果為 個(gè)電子。 如果要驗(yàn)證，有一個(gè)很簡(jiǎn)單的方法，即將所有格點(diǎn)的電荷相加，再除以所取格點(diǎn)的總數(shù)，這樣得到的數(shù)目和體系的總價(jià)電子數(shù)目相等。 TS Optimization 一般是對(duì)過渡態(tài)結(jié)構(gòu)進(jìn)行精修時(shí)使用，不過由于此方法并不能判斷過渡態(tài)是否連接反應(yīng)物與產(chǎn)物，只能作為輔助手段。 Q32：在使用 DMol3 算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ A32：在 input 文件中使用 Vibration_Restart 關(guān)鍵詞， 就可以重新開始頻率計(jì)算了，文件的格式為： on 重新開始頻率計(jì)算，需要 文件 off 不重新開始頻率計(jì)算 file 重新開始頻率計(jì)算，需 要從下一行讀入數(shù)據(jù)。如果是同一體系，簡(jiǎn)單來講計(jì)算量和原子數(shù)目的立方成正比。 在 License 中，以上的命令改為： 進(jìn)入 MS 安裝目錄 /bin/下，運(yùn)行 lp_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license 文件位置 (安裝 license 文件 ) lp_server c porthostname (配置 license server) lp_server –s (啟動(dòng) license server) lp_server x (關(guān)閉 license server) lp_tester (檢測(cè) license 是否合法 ) Q28：在使用 SGI Altix350，打補(bǔ)丁后運(yùn)行 –np n seedname 的時(shí)候，出現(xiàn)錯(cuò)誤： MPI： asgetinfo_array(39。 正常安裝 MS 后，請(qǐng)按照以下流程打補(bǔ)?。? 1． root 登錄，運(yùn)行 rpm –qa glibc，察看 glibc 版本，并選擇相對(duì)應(yīng)的 CASTEP 和 DMol 補(bǔ)丁，如 的選擇 的補(bǔ)丁； 2．使用補(bǔ)丁包中的 文件替換 ~msi/ms/CASTEP/bin/ 文件；同樣的使用 文件替換 ~msi/ms/DMol3/bin/ 文件； 3． msi 登錄，運(yùn)行 which mpirun，并記錄相關(guān)目錄。 GVectors表示 FFT 格點(diǎn)， K Points 表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。 是一個(gè)非常重要的校正，用于解決耗散到 孔穴邊界外部的 電子密度 。這是Cosmo 方法中的主要參數(shù)，它決定了 COSMO 方法的主要性能。詳細(xì)的機(jī)理如下圖所示： COSMO_Dielectric XX （介電常數(shù)值，用來表示不同溶劑。將數(shù)據(jù)拷貝到 Excel 中，并 使用晶胞參數(shù)將分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為笛卡兒坐標(biāo)（注意，這里不用管 Alpha、 Beta 和 Sigma 的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標(biāo)，并將其拷貝到任意文本中，并保存為 .xyz 格式文件。 Q16：如果我在 Cleave 一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是 (111)面，或者該晶體原來就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長(zhǎng)方形的表面來呢？ A16： 首先 Cleave 所需要的米勒面，例如 (111)面，然后使用 Lattice 工具將此表面放大，找出垂直于 U 或者 V 軸的某個(gè)垂線上的原子 X，將該原子 X 作為新的 V 軸或者 U 軸的末端點(diǎn)，并找到相應(yīng)的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)， 然后在 Cleave 工具的 Surface Mesh 中定義 U、 V 取向即可。 如果 2 代表的原子不清楚，那么請(qǐng)打開 mdf 文件去查詢。完成后，使用 –np n seedname 來運(yùn)行即可。其中，關(guān)于水分子的部分按照如下方式進(jìn)行修改： H1 WTR 1 h* H O1 WTR 1 o* O H2 WTR 1 h* H end 注意紅色顯示部分。 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號(hào)： A5： 在 License 文件中，第一行能夠看到以下信息： SERVER Itanium 00306EF38B48 1715 其中， Itanium 是 機(jī)器的主機(jī)名稱 (Hostname)， 00306EF38B48 是機(jī)器網(wǎng)卡的物理地址 (MAC 地址 )，而 1715 表示的是 License Server 的端口號(hào)，可以在這里將端口號(hào)改為任意端口 XXXX(大于1000)，按照標(biāo)準(zhǔn)方式安裝 License 文件，此時(shí)，開放的端口就是所指定的端口 XXXX 了。 在 Cell 文件中，關(guān)于原子坐標(biāo)限制的部分如下： FIX_COM : false %BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 3 5 Al 3 6 Al 3 7 Al 4 8 Al 4 9 Al 4 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS 其中包括每行編號(hào)（紫色），原子類型（紅色），原子編號(hào)（綠色）和需要限制的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)（黑色）。而 Andersen 方法則只改變晶胞大小，不改變晶胞形狀，此時(shí)使用 Pressure 來作為判斷標(biāo)準(zhǔn)。 ............................................................................................................................................ 5 Q5：如何修改 Windows 或者 Linux 下的端口號(hào)： .................................................................................. 5 Q6：如何使用 DMol3 進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？ ................................................................................................. 6 Q7：如何讓 Discover 程序輸出 .ar