【正文】 酸組成，并計(jì)算出氨基酸成分的分子比； ⑤ 分析多肽鏈的 N末端和 C末端 ★ 末端氨基酸的測(cè)定： 多肽鏈端基氨基酸分為兩類， N端氨基酸和 C端氨基酸。根 據(jù) 不同的反應(yīng)時(shí)間測(cè)出酶水解所釋放出的氨基酸種類和數(shù)量，按反應(yīng)時(shí)間和氨基酸殘基釋放量作動(dòng)力學(xué)曲線，從而知道蛋白質(zhì)的 N末端殘基順序。 得到的是以Arg或 Lys為 C末端殘基的肽段 ，肽段數(shù)目等于多肽鏈中 Arg和Lys總數(shù)加 1。 斷裂鍵鄰近的基團(tuán)是堿性的 ， 裂解能力增加；是酸性的 ， 裂解能力將減弱 。 R1=Pro 水解受抑。 梭菌蛋白酶 （ clostripain） 專門裂解 Arg殘基的羧基所形成的肽鍵 。 + + 第二向 第一向 a b Brown和 Hartlay對(duì)角線電泳圖解 圖中 a、 b兩個(gè)斑點(diǎn)是由一個(gè)二硫鍵斷裂產(chǎn)生的肽段 三 . 蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu) 蛋白質(zhì)的二級(jí) (Secondary Structure)結(jié)構(gòu)是 指肽鏈主鏈的折疊產(chǎn)生由氫鍵維系的有規(guī)則的構(gòu)象 。 ①在 ?折疊中， ?碳原子總是處于折疊的角 (線 )上，氨基酸的 R基團(tuán)處于折疊的棱角上并與 折疊片 垂直 。 ? 在纖維狀蛋白質(zhì)的 β折疊中，氫鍵主要是在肽鏈之間形式，而在球狀蛋白質(zhì)中， β折疊既可在不同肽鏈間形成，也可在同一肽鏈的不同部分間形成。 ④ C1α 與 C4α 之間距離小于 ⑤ 多數(shù)由親水氨基酸殘基組成。 ?廣泛分布于脊椎和無脊椎動(dòng)物體內(nèi) ， 占脊椎動(dòng)物體內(nèi)蛋白質(zhì)總量的 50%以上 ， 起支架和保護(hù)作用 。 ?絲心蛋白 (fibroin)：這是蠶絲和蜘蛛絲的一種蛋白質(zhì)。幾種類型的超二級(jí)結(jié)構(gòu)： α α(在纖維狀蛋白和球狀蛋白中異同； 七殘基重復(fù)序列 P220)； ββ；βαβ(大多為 右手交叉 )；βββ． ★ 超二級(jí)結(jié)構(gòu)在結(jié)構(gòu)層次上高于二級(jí)結(jié)構(gòu)，但沒有聚集成具有功能的結(jié)構(gòu)域 ． α α ββ βαβ 一些已知功能的 超二級(jí)結(jié)構(gòu) : 結(jié)構(gòu)域 對(duì)于較大的蛋白質(zhì)分子或亞基，多肽鏈往往由兩個(gè)或兩個(gè)以上相對(duì)獨(dú)立的三維實(shí)體締合而成三級(jí)結(jié)構(gòu)。一般非極性側(cè)鏈埋在分子內(nèi)部，形成疏水核，極性側(cè)鏈在分子表面。 本身具有球狀三級(jí)結(jié)構(gòu) 。（ 亞基締合的驅(qū)動(dòng)力主要是疏水相互作用，亞基締合的專一性則由相互作用的表面上的極性基團(tuán)之間的氫鍵和離子鍵提供 ） a. 鹽鍵（離子鍵 ） b. 氫鍵 c. 疏水作用力 d. 范德華力 e. 二硫鍵 ?氫鍵、范德華力、疏水相互作用力、鹽鍵，均為次級(jí)鍵 ?氫鍵、范德華力雖然鍵能小，但數(shù)量大 ?疏水相互作用力 對(duì)維持三級(jí)結(jié)構(gòu)特別重要 ?鹽鍵數(shù)量小 ?二硫鍵對(duì)穩(wěn)定蛋白質(zhì)構(gòu)象很重要，二硫鍵越多，蛋白質(zhì)分子構(gòu)象越穩(wěn)定 離子鍵 氫鍵 范德華力 疏水相互作用力 。 七、蛋白質(zhì)的四級(jí)結(jié)構(gòu) （ 1）有關(guān)四級(jí)結(jié)構(gòu)的一些概念 四級(jí)結(jié)構(gòu) (quarternary structure)指由相同或不同的稱作亞基 （ subunit） 的亞單位按照一定排布方式締合而成的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 。 ⑤ 在蛋白質(zhì)分子內(nèi)，結(jié)構(gòu)域可作為結(jié)構(gòu)單位進(jìn)行相對(duì)獨(dú)立的運(yùn)動(dòng)，水解出來后仍能維持穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)，甚至保留某些生物活性． ★ 結(jié)構(gòu)域與功能域的關(guān)系： ① 有時(shí)一個(gè)結(jié)構(gòu)域就是蛋白質(zhì)的功能域，但不總是； ② 功能域包含一個(gè)但通常是多個(gè)結(jié)構(gòu)域 六．蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)與球狀蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)的三級(jí)結(jié)構(gòu)是指多肽鏈在二級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上進(jìn)一步盤旋、折疊，從而生成特定的空間結(jié)構(gòu) 。 ?通過 Lys殘基相互交連成網(wǎng)狀結(jié)構(gòu) 。 ?絲心蛋白取片層結(jié)構(gòu) ， 即反平行式 β折疊片以平行的方式堆積成多層結(jié)構(gòu) 。 ?凸起是 ?折疊股中額外插入了一個(gè) AA殘基 （４）無規(guī)卷曲 沒有一定規(guī)律的松散肽鏈結(jié)構(gòu) ，但仍是緊密有序的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)，通過主鏈間及主鏈與側(cè)鏈間氫鍵維持其構(gòu)象．不同的蛋白質(zhì)，無規(guī)卷曲的數(shù)量和形式各不相同． 球狀蛋白中含量較高，對(duì)外界理化因子敏感，與生物活性有關(guān)。 返回折疊。 （ 2） ?折疊 蛋白質(zhì)的 β折迭 反平行 β折疊 平行 β折疊 ? 從能量上看，反平 β折疊比平行的更穩(wěn)定，前者的氫鍵 NHO幾乎在一條直線上，此時(shí)氫鍵最強(qiáng)。 II. 其它類型的螺旋： 310螺旋等 ?折疊是由兩條或多條幾乎完全伸展的肽鏈平行排列，通過 鏈間 的氫鍵交聯(lián)而形成的。 ⑨ 確定原多肽鏈中二硫鍵的位置： 一般采用胃蛋白酶處理含有二硫鍵的多肽鏈 (切點(diǎn)多；酸性環(huán)境下防止二硫鍵發(fā)生交換 )。 葡萄球菌蛋白酶 （ Staphylococcal protease) 當(dāng)裂解在磷酸緩沖液 ()中進(jìn)行的 ， 它能在 Glu殘基和 Asp殘基的羧基側(cè)斷裂肽鍵 。 R1和 R2＝ Phe, Trp, Tyr。 R2=Pro 水解受抑。 ⑥ 多肽鏈斷裂成多個(gè)肽段 : 可采用兩種或多種不同的斷裂方法將多肽樣品斷裂成兩套或多套肽段或肽碎片，并將其分離開來。肼化物能夠與苯甲醛縮合成不溶于水的物質(zhì)而與 C端氨基酸分離 。可在用8mol/L尿素或 6mol/L鹽酸胍 存在下，用過量的 ?巰基乙醇 處理，使二硫鍵還原為巰基，然后用烷基化試劑保護(hù)生成的巰基，以防止它重新被氧化。 NHCOC H 2 N H COC H N H COC H3C HC HO HC H2O HC HH N C N H C H C N H C H 2 CC OC HNHH OC H 2 N HN HC H C HC H 3C H 2 C H 3C OOOOC H 2C H2SOO H鵝 膏 覃 堿 的 化 學(xué) 結(jié) 構(gòu) 谷胱甘肽（ GSH） ：三肽（ GluCysGly），廣泛存在于生物細(xì)胞中，含有自由的巰基，具有很強(qiáng)的還原性，可作為體內(nèi)重要的還原劑，保護(hù)某些蛋白質(zhì)或酶分子中的巰基免遭氧化，使其處于活性狀態(tài)。 小肽的滴定曲線和氨基酸的滴定曲線很相似。 ? 在多肽鏈中，氨基酸殘基按一定的順序排列，這種排列順序稱為氨基酸順序 ? 通常在多肽鏈的一端含有一個(gè)游離的 ?氨基，稱為 氨基端 或 N端；在另一端含有一個(gè)游離的 ?羧基，稱為 羧基端 或 C端。 三級(jí)結(jié)構(gòu) (tertiary structure)： 蛋白質(zhì)的多肽鏈在各種二級(jí)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上再進(jìn)一步盤曲或折迭形成具有一定規(guī)律的三維空間結(jié)構(gòu) 。 非蛋白質(zhì)部分稱為 輔基(pros