blast簡介及其應(yīng)用(存儲版)
【正文】 ? 網(wǎng)絡(luò)版本 包括 NCBI在內(nèi)的很多網(wǎng)站都提供了在線的 BLAST服務(wù)，這也是我們最經(jīng)常用到的 BLAST服務(wù)。 BLAST的使用 ? BLAST 具有非常廣泛的應(yīng)用： ? 研究可能存在多種剪切方式的表達(dá)序列標(biāo)簽。 ? 進(jìn)入 Blast界面選擇一種自己所需的功能進(jìn)行搜索比對。然后此程序就會將翻譯的 6個蛋白質(zhì)序列逐一與蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中的各個成員進(jìn)行比較。如下圖： 分析過程 40 41 在網(wǎng)頁的 Enter accession FASTA sequence對話框中輸入待查詢序列，下面 Choose search set→ database項中選Swissprot庫（ nr： NCBI所有翻譯庫，Refseq：專家參照庫， Swissprot：歐洲蛋白質(zhì)專家?guī)欤?pat：專利庫， pdb：蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)庫），單擊 BLAST運行程序。 33 34 填入查詢（ query）的序列 序列范圍 （默認(rèn)全部） 選擇搜索數(shù)據(jù)庫 如果接受其他參數(shù)默認(rèn)設(shè)置，點擊開始搜索 35 36 具體例子 以下列蛋白序列為例，進(jìn)行 BLAST搜素： MSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADSTQA 37 NCBI的 BLAST主頁 界面如圖所示： 分析過程 38 登陸 BLA
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