blast簡介及其應用-wenkub.com
2025-05-04 18:03 本頁面
【正文】 分析過程 43 如不單擊 BLAST，而單擊 BLAST下面的Algorithm Parameters，可以進行 BLAST的高級設置選項。 nr數(shù)據(jù)庫是在要搜索現(xiàn)有的絕大多數(shù)序列時典型和常用的數(shù)據(jù)庫。 ，選擇合適的程序 ?tblastx (translated BLAST)： 將一個核酸查詢序列的 6種框架的翻譯結果與一個核酸序列數(shù)據(jù)庫的 6種框架翻譯產(chǎn)物進行比較。 ，選擇合適的程序 ?blastx (translated BLAST)： 將一個核酸的查詢序列按所有可能的閱讀框翻譯后的序列與一個蛋白質序列數(shù)據(jù)庫進行比較。 ? 將需要查詢序列鍵入框中選擇數(shù)據(jù)庫和確定比對參數(shù)。 ?發(fā)現(xiàn)新基因 ?確定 一個特定基因或蛋白質有哪些已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了的變種。 ? 尋找對于一個蛋白質的功能和 /或結構起關鍵作用的氨基酸殘基。單機版的優(yōu)點是可以處理大批的數(shù)據(jù)，可以自己定義數(shù)據(jù)庫，但是需要耗費本地機的大量資源，此外操作也沒有網(wǎng)絡版直觀、方便，需要一定的計算機操作水平。網(wǎng)絡版本的 BLAST服務就有方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫同步更新等優(yōu)點。 我們在獲得一個 Blast結果時需要看這兩個指標。所以有出現(xiàn) A序列和 B序列的同源性為 80％一說。就是說 A和 B的關系上，只有是同源序列，或者非同源序列兩種關系。比如說， A序列和 B序列的相似性是 80％，或者 4/5。這是個量化的關系。而說 A和 B的同源性為 80％都是不科學的。 6 Blast程序評價序列相似性的兩個數(shù)據(jù) Score： 使用打分矩陣對匹配的片段進行打分，這是對各對氨基酸殘基（或堿基）打分求和的結果，一般來說，匹配片段越長、 相似性越高則 Score值越大。 如果 Blast獲得的目標序列的 Score值越高并且 Evalue越低表明結果越可信，反之越不可信 . 7 BLAST簡介 BLAST既是一種算法也是一種基于該算法設計出的 搜索工具 ，是由美國國家生物信息中心（ NCBI）研發(fā)的一個生物信息數(shù)據(jù)庫搜索工具系統(tǒng)，該系統(tǒng)對于生物基因序列數(shù)據(jù)在計算機中的表達和處理作了許多的研究，提供了一個快速的基于堿基數(shù)據(jù)的搜索引擎。但是缺點是不利于操作大批量的數(shù)據(jù)，同時也不能自己定義搜索的數(shù)據(jù)庫。 兩種版本的 BLAST比較（二）
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