blast簡介及其應(yīng)用(完整版)
【正文】 結(jié)果時(shí)需要看這兩個(gè)指標(biāo)。就是說 A和 B的關(guān)系上，只有是同源序列，或者非同源序列兩種關(guān)系。這是個(gè)量化的關(guān)系。 6 Blast程序評價(jià)序列相似性的兩個(gè)數(shù)據(jù) Score： 使用打分矩陣對匹配的片段進(jìn)行打分，這是對各對氨基酸殘基（或堿基）打分求和的結(jié)果，一般來說，匹配片段越長、 相似性越高則 Score值越大。但是缺點(diǎn)是不利于操作大批量的數(shù)據(jù)，同時(shí)也不能自己定義搜索的數(shù)據(jù)庫。 ?確定 特定的蛋白質(zhì)或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列。 ? Blast（比對） 網(wǎng)頁版 具體步驟 blast主頁 ，選擇合適的程序 blast主頁BLAST/ 組裝的基因組序列庫 基本 blast 特定的 BLAST 所有的 BLAST基 因數(shù)據(jù)庫 18 19 20 核酸數(shù)據(jù)庫中 比對核酸序列 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中 比對蛋白質(zhì)序列 BLASTN BLASTP 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中 比對核酸序列 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中 比對核酸序列 核酸數(shù)據(jù)庫中 比對蛋白質(zhì)序列 21 標(biāo)準(zhǔn)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 組裝的基因序列庫 快速搜索 基本操作 特定的 BLAST 所有的 BLAST基 因數(shù)據(jù)庫 23 特定的 BLAST 24 ，選擇合適的程序 ，選擇合適的程序 ?blastn (nucleotide BLAST)： 將一個(gè)核酸的查詢序列與一個(gè)核酸序列數(shù)據(jù)庫相比較。該程序不能使用BLAST網(wǎng)頁上提供的主要的去冗余 (nr)數(shù)據(jù)庫，因這一操作很消耗計(jì)算機(jī)資源。 分析過程 45 46 ，進(jìn)入 Formatting Blast界面，如圖： 分析過程 48 ，進(jìn)入 Conserved Domains（保守結(jié)構(gòu)）分析界面，可以看到序列的保守性利用不同的算法，得出不同的結(jié)果，如圖： 分析過程 50 ，系統(tǒng)將自動(dòng)更新，不久將獲得 BLAST比對得到大量相似序列；再經(jīng)過幾分鐘后， BLAST界面自動(dòng)刷新，列出分析結(jié)果 分析過程 52 53 基因名 來源物種 一致程度， 登錄號(hào) 54 55 56 所選序列 下載序列 。這些數(shù)據(jù)庫中經(jīng)常包含有
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