【正文】 單倍型：為了減少因重組帶來的分析干擾，種內(nèi)個體變異分析常挑選在基因組中僅有單拷貝或不發(fā)生交換重組的遺傳成分。分子鐘：單位時間內(nèi)同源蛋白質(zhì)氨基酸順序或DNA核苷酸序列取代的比率。同線性難進行跨種的基因分離：因為近源物種基因組在很多區(qū)段顯示了很好的宏觀同線性，但微觀同線性并不完美，往往被局部插入、倒位、缺失打亂基因島：區(qū)段基因密度比全基因組平均密度高得多。內(nèi)含子起源：I/II/III型起源于RNA，爭論圍繞在GUAG內(nèi)含子內(nèi)含子早起源假說：在生命起源早期就存在，隨進化丟失。功能域加倍：編碼結(jié)構(gòu)域的基因區(qū)段可因不等交換或DNA加倍使拷貝增加，進而發(fā)生突變?；蚣颖叮翰坏冉粨Q：位于同源染色體上不同位置的相似核苷酸序列之間發(fā)生的重組事件，結(jié)果是在重組區(qū)段產(chǎn)生重復(fù)DNA。新基因產(chǎn)生方式：⑴基因加倍后趨異⑵外顯子或結(jié)構(gòu)域洗牌⑶逆轉(zhuǎn)錄及其后的趨異或重排⑷外源基因水平轉(zhuǎn)移⑸基因裂變和融合⑹非編碼序列轉(zhuǎn)變?yōu)榫幋a序列。核酶：⑴自我剪接⑵催化切斷其他RNA⑶催化肽鍵形成⑷催化核苷酸合成類膜結(jié)構(gòu)：⑴使生化反應(yīng)更集中⑵為過濾和選擇周圍環(huán)境的化學(xué)分子提供了可能⑶催化功能的蛋白質(zhì)出現(xiàn)后，定位在脂膜上的蛋白質(zhì)可以組成有序的反應(yīng)鏈，為建立細(xì)胞結(jié)構(gòu)奠定基礎(chǔ)。轉(zhuǎn)錄時核小體移位：RNA酶接近核小體時停止移動，熱力學(xué)校應(yīng)使其繼續(xù)位移，聚合酶侵入纏繞在核小體上的DNA內(nèi)部，并使其暫離核小體，轉(zhuǎn)錄后復(fù)位結(jié)合，重復(fù)發(fā)生DNA依次環(huán)突直到轉(zhuǎn)錄完成。定向控制：絕緣子效應(yīng)具方向性。第十章 表觀遺傳一、表觀遺傳：與DNA序列組成，基因空間位置，染色質(zhì)構(gòu)型變化，DNA堿基修飾有關(guān)定義：染色體區(qū)域的一種適應(yīng)性結(jié)構(gòu)，可使改變的活性狀態(tài)注冊、傳導(dǎo)或持續(xù)。 細(xì)胞器基因組起源：內(nèi)共生學(xué)說：曾是游離細(xì)菌，與遠(yuǎn)古真核細(xì)胞結(jié)合，并最終定居。CpG島：指基因組中富含雙堿基CpG的序列，GC含量60%70%。分為三方面，細(xì)胞組分，生物學(xué)過程，分子功能，其編排是以樹形圖方式展開來對基因和基因功能進行描述的。原理：在無關(guān)片段兩側(cè)連接與代換基因兩端相同序列，導(dǎo)入目的細(xì)胞，同源重組后整合到了目標(biāo)染色體上。同源包括：直系同源基因：不同物種間同源基因。解決：將文庫分為若干亞群，進行初篩。百分比表示。：利用數(shù)據(jù)庫中的基因序列與待查的進行比較，找出可匹配的堿基蛋白質(zhì)序列來識別基因。優(yōu)點：⑴容易構(gòu)建文庫⑵只需一次cDNA測序即可獲得EST序列⑶準(zhǔn)確性高：物理圖+鳥槍，2個路線：全基因組組裝、區(qū)間化組裝。用不同長度文庫原因：⑴保留文庫中可能丟失的克隆片段。：①克隆依次測序（作圖測序）和 全基因組鳥槍法測序②序列間隙：測序時遺漏的序列，仍然保留在尚未挑選到的客隆中。⑶無3’→5’外切活性。但其核糖基3’c上連接的是H而不是OH，因此不能繼續(xù)脫水縮合而終止新鏈合成。靶子是完整染色體。尋找SST方法：⑴表達序列標(biāo)簽EST⑵SSLP⑶隨機基因組序列。注：⑴識別堿基越長，片段越大，但受非特異順序干擾⑵大小受識別位點堿基大小干擾⑶有些識別位點較長⑷受DNA甲基化狀態(tài)影響 大分子片段的分離：脈沖凝膠電泳：用方向不斷變化的電場，分離運動受阻的分子。應(yīng)采用部分二倍體技術(shù)方法：⑴接合：2細(xì)菌接觸，供體轉(zhuǎn)移DNA到受體⑵轉(zhuǎn)化：供體細(xì)胞釋放DNA，受體攝取整合⑶轉(zhuǎn)導(dǎo)：以噬菌體為媒介共分離：基因附近如果有一個緊密連鎖的分子標(biāo)記，在細(xì)胞減數(shù)分裂時分子標(biāo)記與基因之間由于相距太近很少有機會交換。②簡單序列長度多態(tài)性（SSLP）：同一位點重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)不同，包括：小衛(wèi)星序列（可變串聯(lián)重復(fù)）；微衛(wèi)星序列（SSR）。測序方法：①作圖法：繪制高密度分子標(biāo)記遺傳圖和大分子DNA克隆重疊群覆蓋的基因組物理圖，然后根據(jù)分子標(biāo)記所在位置將遺傳圖和物理圖彼此銜接繪制基因組整合圖。類型：⑴單個mRNA可編碼多種蛋白質(zhì)⑵由不同啟動子轉(zhuǎn)錄不同mRNA，各自編碼不同蛋白質(zhì)。證明：DNA驅(qū)動雜交。C值悖理：生物復(fù)雜性與基因組的大小并不完全成比例增加。二級穩(wěn)定性取決于多肽鏈中形成的氫鍵。RNA:rRNA+tRNA80%、mRNA5%，大多數(shù)還含胞質(zhì)內(nèi)小RNA（sc）、核仁小RNA（sno），真核還有核內(nèi)小RNA（sn），小分子干擾miRNA，小干擾siRNA。大小溝：沿著雙螺旋的走向交替分布兩個凹槽，具有特征性的結(jié)構(gòu)信息，在基因表達中重要作用，結(jié)合蛋白的特定功能域可伸入大小溝，通過氨基酸側(cè)鏈和堿基雜環(huán)上的基團互作讀取DNA所包含信息。β折疊：由側(cè)向平行的多肽鏈組成，羰酰O和酰胺H形成氫鍵。激酶域、結(jié)合域 蛋白質(zhì)構(gòu)象變換：在不同構(gòu)象之間的轉(zhuǎn)變。①快速復(fù)性組分、居間復(fù)性組分、緩慢復(fù)性組分②高度重復(fù)序列（衛(wèi)星DNA）：特點：⑴由極其相似的重復(fù)拷貝首尾相連組成⑵在氯化銫介質(zhì)中做密度梯度離心形成特異衛(wèi)星帶⑶集中分布在染色體特定區(qū)域，如著絲粒和端粒；中度重復(fù)序列：長散在、短散在序列；單一序列：原核生物基因組全部都是。超基因家族：指起源于共同祖先，由相似DNA序列組成的許多基因亞家族或相似的基因成員構(gòu)成功能相似的群體。復(fù)制起點：每個復(fù)制子都有一個質(zhì)粒：另一種獨立的遺傳物質(zhì)，含一些非必要基因，是附加的遺傳成分五、基因組核基因組：24條；線粒體基因組：環(huán)狀；原核真核基因組比較：復(fù)雜性較高的生物基因組的結(jié)構(gòu)大多臃腫松弛，具大量重復(fù)序列。單位為厘摩cM②物理作圖：采用分子生物學(xué)技術(shù)直接將DNA分子標(biāo)記、基因或克隆標(biāo)定在基因組的實際位置所構(gòu)建的位置圖。男女之間染色體交換頻率在同一位點也有差異，各有一個性別專一重組熱點連鎖不平衡：群體遺傳學(xué)中有關(guān)兩個或多個座位的等位基因成員出現(xiàn)在個體中的非隨機的關(guān)聯(lián)性，彼此位置靠近的基因座更易表現(xiàn)。：①限制性作圖：用限制性酶切位點標(biāo)定?？寺≈讣y排序：指紋：克隆的DNA序列具有的特定的DNA片段組成。圖距確定：厘鐳，DNA分子暴露在NradX射線劑量下兩個分子標(biāo)記間發(fā)生1%斷裂的頻率。鏈終止法：通過合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈來讀取待測DNA分子的序列。②DNA聚合酶要求：⑴高酶活性。④引物的序列決定了DNA測序起點。⑵在重疊群基礎(chǔ)上以10kb隨機克隆的兩端成對讀序為邊界，歸并屬于該克隆范圍的重疊群。⑵短重復(fù)序列及數(shù)量分布在基因組中使組裝可能出現(xiàn)錯誤。⑵外顯子內(nèi)含子邊界常有例外：內(nèi)含子5’端稱供體位，3端受體位。一致性：