【正文】 互校正獲得基因組圖二、作圖標(biāo)記DNA標(biāo)記：①限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性（RFLP）：由于同源染色體同一區(qū)段DNA序列的差異，用限制酶處理，可產(chǎn)生長(zhǎng)度不同的限制性片段。②簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度多態(tài)性（SSLP）：同一位點(diǎn)重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)不同，包括：小衛(wèi)星序列（可變串聯(lián)重復(fù)）；微衛(wèi)星序列（SSR）。③單核苷酸多態(tài)性（SNP）三、做圖方法連鎖分析：采用一組分子標(biāo)記構(gòu)建遺傳圖的方法主要依賴于連鎖分析。重組熱點(diǎn)：染色體的各個(gè)區(qū)段交換頻率有差別，近端粒區(qū)和遠(yuǎn)著絲粒區(qū)有較高重組率。不同模式生物連鎖分析：有性雜交實(shí)驗(yàn)：根據(jù)需要有計(jì)劃的實(shí)施雜交方案進(jìn)行分析；系譜分析不能有計(jì)劃的進(jìn)行試驗(yàn)，只能收集家系成員的相關(guān)資料；DNA轉(zhuǎn)移：不發(fā)生減數(shù)分裂的生物。應(yīng)采用部分二倍體技術(shù)方法：⑴接合：2細(xì)菌接觸，供體轉(zhuǎn)移DNA到受體⑵轉(zhuǎn)化：供體細(xì)胞釋放DNA，受體攝取整合⑶轉(zhuǎn)導(dǎo)：以噬菌體為媒介共分離：基因附近如果有一個(gè)緊密連鎖的分子標(biāo)記，在細(xì)胞減數(shù)分裂時(shí)分子標(biāo)記與基因之間由于相距太近很少有機(jī)會(huì)交換。四、人類遺傳圖繪制：1987第一份RFLP連鎖圖，400個(gè)標(biāo)記，來(lái)自21個(gè)家庭；1994第二份5800標(biāo)記。3．二者異同：位點(diǎn)都有，排列順序相同（個(gè)別有差錯(cuò)）；位點(diǎn)相對(duì)位置不同。限制：⑴無(wú)法區(qū)分大小相同片段⑵限制點(diǎn)多時(shí)大量片段無(wú)法排序。注：⑴識(shí)別堿基越長(zhǎng)，片段越大，但受非特異順序干擾⑵大小受識(shí)別位點(diǎn)堿基大小干擾⑶有些識(shí)別位點(diǎn)較長(zhǎng)⑷受DNA甲基化狀態(tài)影響 大分子片段的分離：脈沖凝膠電泳：用方向不斷變化的電場(chǎng)，分離運(yùn)動(dòng)受阻的分子。源于大腸桿菌F質(zhì)粒，特點(diǎn)⑴單拷貝復(fù)制，不發(fā)生嵌合⑵分子質(zhì)量大，有較大克隆容量。缺點(diǎn)：步移緩慢，僅適合小基因組。分類：⑴限制帶型指紋⑵重復(fù)序列DNA指紋⑶重復(fù)序列DNA PCR ⑷STS作圖：根據(jù)選定的某個(gè)STS序列設(shè)計(jì)專一性引物，可對(duì)大量單個(gè)克隆進(jìn)行PCR檢測(cè)，凡是能擴(kuò)增出挑帶的克隆均含有序列重疊的插入子。尋找SST方法：⑴表達(dá)序列標(biāo)簽EST⑵SSLP⑶隨機(jī)基因組序列。原理:人體細(xì)胞暴露在X射線中可隨機(jī)斷裂，輻射越大片段越小。作圖方法：兩個(gè)標(biāo)記原本越遠(yuǎn)，發(fā)生斷裂的可能性越高，隨機(jī)整合后再同一雜種細(xì)胞中比例和連鎖關(guān)系成正比。③熒光位點(diǎn)原位雜交：用熒光標(biāo)記的探針雜交。靶子是完整染色體。④序列標(biāo)簽位點(diǎn)：PCR或分子雜交將小段DNA定位。⑵新鏈中帶有標(biāo)記，可制備末端帶有標(biāo)記的DNA單鏈。合成的互補(bǔ)單鏈可在任一位置終止。但其核糖基3’c上連接的是H而不是OH，因此不能繼續(xù)脫水縮合而終止新鏈合成。電泳后最前沿DNA表示最小DNA鏈，是第一個(gè)ddNTP摻入位置。由下往上依次閱讀。使得在終止合成前酶不會(huì)脫離模板。⑶無(wú)3’→5’外切活性。③要求單鏈為模板。⑵以M13載體克隆單鏈；⑶以噬粒載體克隆；⑷PCR。缺點(diǎn)：需終止單鏈合成而不能連續(xù)測(cè)序；測(cè)序長(zhǎng)度有限，因需電泳分離DNA單鏈，分子量越大越難。：①克隆依次測(cè)序（作圖測(cè)序）和 全基因組鳥(niǎo)槍法測(cè)序②序列間隙：測(cè)序時(shí)遺漏的序列，仍然保留在尚未挑選到的客隆中。③兩段測(cè)序：自動(dòng)化測(cè)序的同一個(gè)載體只有兩個(gè)引物，他們根DNA插入位點(diǎn)兩側(cè)序列設(shè)計(jì)，分別從兩頭測(cè)序。②鳥(niǎo)槍法：步驟：⑴從2kb隨機(jī)插入片段的全基因組文庫(kù)兩段測(cè)序，比對(duì)讀序，構(gòu)建重疊群。⑶以40kb重復(fù)。用不同長(zhǎng)度文庫(kù)原因：⑴保留文庫(kù)中可能丟失的克隆片段。⑵擴(kuò)大覆蓋面。優(yōu)點(diǎn)：⑴測(cè)序速度快，無(wú)需提供相關(guān)遺傳圖物理圖⑵覆蓋面較大缺點(diǎn)：⑴基因組太大，結(jié)構(gòu)復(fù)雜，會(huì)使組裝的起始工作量大。⑶可能存在大量無(wú)法填補(bǔ)的間隙。優(yōu)點(diǎn)：⑴容易構(gòu)建文庫(kù)⑵只需一次cDNA測(cè)序即可獲得EST序列⑶準(zhǔn)確性高：物理圖+鳥(niǎo)槍，2個(gè)路線：全基因組組裝、區(qū)間化組裝。意義：搜尋及讀框找出序列，根據(jù)已知規(guī)則來(lái)推測(cè)可能基因。影響讀碼：⑴密碼子偏愛(ài)：編碼同一氨基酸的密碼子在不同種屬間使用頻率有差異。⑶上游控制序列：上游調(diào)控序列可與DNA結(jié)合蛋白作用控制基因表達(dá)。：利用數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因序列與待查的進(jìn)行比較，找出可匹配的堿基蛋白質(zhì)序列來(lái)識(shí)別基因。孤獨(dú)基因：缺少同源序列的ORF。氨基酸一致性或相似性25%以上則為同源基因。百分比表示。百分比表示。Northern印跡法：分子雜交時(shí)從樣品中純化的RNA經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳分離，然后轉(zhuǎn)移到雜交膜上，再將待測(cè)DNA標(biāo)記后與RNA雜交，如果RNA中含有DNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，則會(huì)有信號(hào)。如用擬Northern分析法。②EST和cDNA指認(rèn)基因：可以發(fā)現(xiàn)漏注基因，還可以找內(nèi)含子外顯子邊界。解決：將文庫(kù)分為若干亞群，進(jìn)行初篩。⑵mRNA分子有時(shí)會(huì)產(chǎn)生二級(jí)結(jié)構(gòu)，逆轉(zhuǎn)錄酶遇到二級(jí)結(jié)構(gòu)就終止，從而產(chǎn)生殘缺cDNA。③全長(zhǎng)cDNA邊界序列文庫(kù)構(gòu)建=基因鑒別信號(hào)GIS：以SAGE技術(shù)為基礎(chǔ)，結(jié)合全長(zhǎng)cDNA克隆，專門(mén)分離其5端3端各20個(gè)堿基序列，建立所有末端多連體CIS文庫(kù)。④基因命名：座位：不是基因的同義詞，而由遺傳標(biāo)記指定的染色體連鎖圖上的某位置。同源包括：直系同源基因：不同物種間同源基因。倍增基因：基因組加倍產(chǎn)生。后者正向遺傳學(xué)，從表型到基因。但表型效應(yīng)有時(shí)不易觀察。原理：在無(wú)關(guān)片段兩側(cè)連接與代換基因兩端相同序列，導(dǎo)入目的細(xì)胞，同源重組后整合到了目標(biāo)染色體上。依據(jù)：⑴植物細(xì)胞全能型，外源基因可表達(dá)⑵轉(zhuǎn)座子的隨機(jī)插入可獲得大量突變，根據(jù)插入來(lái)合成探針，可分離被破壞位點(diǎn)來(lái)分析組成⑶可發(fā)生回復(fù)突變。：互作的兩個(gè)蛋白，一個(gè)已鑒定，則可分離分析另一蛋白。酵母雙雜交系統(tǒng)。分為三方面，細(xì)胞組分，生物學(xué)過(guò)程，分子功能，其編排是以樹(shù)形圖方式展開(kāi)來(lái)對(duì)基因和基因功能進(jìn)行描述的。異染色質(zhì)：組成型：不含任何基因，持久保持致密，例如著絲粒和端粒。異常染色體：小染色體：體積小，但富含基因。DNA環(huán)：中期染色體除去結(jié)合蛋白剩下的從致密蛋白骨架向外伸展的DNA環(huán)。CpG島：指基因組中富含雙堿基CpG的序列，GC含量60%70%。特點(diǎn)：分布、CpG島中CpG雙堿基均為甲基化。遺傳圖和物理圖比較啟示：⑴重組率隨染色體長(zhǎng)度增加而遞減⑵近著絲粒區(qū)重組受影響⑶染色體連鎖不平衡區(qū)的堿基組成和基因組成有明顯特征，表明其受到自然選擇的影響。細(xì)胞器基因組：半自主性細(xì)胞器，⑴基因組為多拷貝⑵大小與生物復(fù)雜性無(wú)關(guān)⑶具有編碼rRNA基因，呼吸鏈基因，部分含tRNA基因 線粒體基因組和葉綠體基因組比較：⑴線粒體：結(jié)構(gòu)非均一；不同種屬間大