【正文】 最后，在界面上單擊右鍵，選擇Display Style，在Isosurface中的Mapped Field改為DMol3 HOMO，給等密度面賦值。對于非線性限制，如距離、角度、扭轉(zhuǎn)角，則需要先定義，然后在Modify中選擇Fix。Q45：CASTEP中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細程度？A45：在Castep中，通過在Electronic中設置Kpoints參數(shù)，對整個體系的BZ采樣進行控制，設置的K點數(shù)目越多，SCF計算的結(jié)果越準確。由此可知，方程HΨ=EΨ中的本征值E的本征函數(shù)u必定是該晶體所屬空間群的不可約表示的基函數(shù)。然而，此方法放也可以用于無定形固體和溶液體系。這就不是忽略了相對較小的偶極偶極相互作用，而是人為引入了作用較大的單極單極相互作用。甚至在電中性的物種中也存在點電荷，例如水分子。 注意，在計算IR的時候，但在實際計算的時候發(fā)現(xiàn)，才能夠順利開始計算體系的IR值。對各個軌道上電子的加合即為該軌道上的電子總數(shù)，例如對O的1S軌道進行加合。如果要驗證，有一個很簡單的方法，即將所有格點的電荷相加，再除以所取格點的總數(shù)，這樣得到的數(shù)目和體系的總價電子數(shù)目相等。TS Optimization一般是對過渡態(tài)結(jié)構(gòu)進行精修時使用，不過由于此方法并不能判斷過渡態(tài)是否連接反應物與產(chǎn)物，只能作為輔助手段。Q32：在使用DMol3算頻率的時候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？A32：在input文件中使用Vibration_Restart關鍵詞，就可以重新開始頻率計算了，文件的格式為：on 重新開始頻率計算， off 不重新開始頻率計算 file 重新開始頻率計算，需要從下一行讀入數(shù)據(jù)。如果是同一體系，簡單來講計算量和原子數(shù)目的立方成正比。在License ，以上的命令改為： 進入MS安裝目錄/bin/下，運行l(wèi)p_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license文件位置 (安裝license文件) lp_server c porthostname (配置license server) lp_server –s (啟動license server) lp_server x (關閉license server) lp_tester (檢測license是否合法)Q28：在使用SGI Altix350， –np n seedname的時候，出現(xiàn)錯誤：MPI：asgetnetinfo_array(39。正常安裝MS后，請按照以下流程打補丁：1．root登錄，運行rpm –qa glibc，察看glibc版本，并選擇相對應的CASTEP和DMol補丁，；2．~msi/ms/CASTEP/bin/ ；~msi/ms/DMol3/bin/；3．msi登錄，運行which mpirun，并記錄相關目錄。GVectors表示FFT格點，K Points表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。是一個非常重要的校正，用于解決耗散到孔穴邊界外部的電子密度。這是Cosmo方法中的主要參數(shù)，它決定了COSMO方法的主要性能。詳細的機理如下圖所示：極化作用溶質(zhì)電荷分布電解質(zhì)屏蔽電荷 COSMO_Dielectric XX （介電常數(shù)值，用來表示不同溶劑。將數(shù)據(jù)拷貝到Excel中，并使用晶胞參數(shù)將分數(shù)坐標轉(zhuǎn)換為笛卡兒坐標（注意，這里不用管Alpha、Beta和Sigma的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標，并將其拷貝到任意文本中。Q16：如果我在Cleave一個平面的時候，選擇的是(111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？A16：首先Cleave所需要的米勒面，例如(111)面，然后使用Lattice工具將此表面放大，找出垂直于U或者V軸的某個垂線上的原子X，將該原子X作為新的V軸或者U軸的末端點，并找到相應的分數(shù)坐標，然后在Cleave工具的Surface Mesh中定義U、V取向即可。如果2代表的原子不清楚，那么請打開mdf文件去查詢。完成后， –np n seedname來運行即可。Q8：如何使用rattle關鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？A8：首先打開所需要進行限制的分子結(jié)構(gòu)，在Dynamics選項下保存文件，打開此文件進行編輯。按照正常流程啟動License Server即可。采用常規(guī)方式無法限制原子的移動方向，需要手動修改CASTEP的Cell文件，具體方式如下，在%BLOCK POSITIONS_FRAC Al Al Al Al %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC中包括每個原子的分數(shù)坐標，請留意每個原子的編號，在下面的計算中會有所幫助。對于晶體計算來說，此方法應該更加合理。 9Q19：如何在DMol中考慮溶劑化效應？ 10Q20：如何使用MS軟件計算高分子的玻璃化溫度？ 11Q21：在使用MS進行計算的時候，中間的xcd文件無法及時更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ 12Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？ 12Q23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ 12Q24：怎么樣能讓CASTEP在并行計算時更有效？ 12Q25：在使用DMol計算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時，經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個虛頻，怎么回事？ 13Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補丁加速運算速度？ 13Q27：為什么我在Linux下安裝license的時候，總是報錯呢？ 13Q28：在使用SGI Altix350， –np n seedname的時候，出現(xiàn)錯誤：MPI：asgetnetinfo_array(39。然后進行計算即可。Q4：在安裝新的MS時，事先沒有停掉License Server，在卸載、安裝MS后，發(fā)現(xiàn)MS的License Server無法正常啟動。Q6：如何使用DMol3進行動力學計算？A6：需要使用命令行的方式進行提交，幾個關鍵詞是：MD_Time_Step, MD_Velocity, and MD_SimAnn_Panel，詳細地設置請參看：，user：science，passwd：faster。需要注意的有兩點：1. 水分子必須是單獨的結(jié)構(gòu)，不要一堆水分子放在一起分不清楚（單個分子以end結(jié)束）；2. ，建議將原來的目錄完全刪除。通過文本編輯器，可以打開相關的文件，從中可以看到相關的描述說明。注意：，如果工作計算失敗，那么只能使用第一種方法開始重新計算。Q18：如何使用XRD數(shù)據(jù)快速建立相關的晶體結(jié)構(gòu)。Q19：如何在DMol中考慮溶劑化效應？A19：建立好模型后不要急著計算，請選擇Save Files，然后在input文件中加入相關語句。）COSMO_Segments 92 （指定了每個原子表面的最大片段數(shù)。在更短距離內(nèi)的格點計算方法將提供更高的精確度。Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？A22：，能看到一個三維矩陣，該矩陣定義了mask的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現(xiàn)各種mask結(jié)構(gòu)，該文件的格式為：X1 {Y Z}X2 {Y Z}…………Q23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？A23：可以，首先使用MS做出Band Structure和DOS圖，并在圖上單擊右鍵選擇Copy，打開Excel就可以將數(shù)據(jù)粘貼到單元格。Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補丁加速運算速度？A26：首先，這時候，一定要確保CASTEP和DMol可以正常進行并行計算。MAC地址可以通過ifconfig –a (windows下使用ipconfig /all)來查找，如果發(fā)現(xiàn)License文件出錯，則可使用~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe下使用mshostid來查看MAC地址，如果不符合，那么可能需要重新申請。此時，應該已經(jīng)達到了GFA在1G內(nèi)存機器上處理體系的上限值。備注：對于CASTEP程序而言，除了和原子的數(shù)量有關外，還和空體積數(shù)有關。Q35：我使用的是Standalone方式進行Castep和DMol3計算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？A35：可以按照以下方式處理此類問題： 1. 建立模型，并在設置計算參數(shù)； 2. 保存文件，會生成一個新的目錄（該目錄不能夠刪除，否則會影響以后的計算）； 3. 以standalone方式進行運算，完成后將所有生成文件拷貝并覆蓋原有文件夾中的文件； 4. 在Project Explorer上選擇Refresh，并雙擊激活原有的xsd文件； 5. 打開Analysis對話框，選擇Structure，按下Update按鈕可以更新結(jié)構(gòu)文件，按下Create按鈕可以產(chǎn)生軌跡文件。Q38：在Castep中，怎樣輸出電荷密度？相關數(shù)據(jù)的單位是什么？A38：Castep的Check文件是一個二進制文件，打開也是亂碼文件了。在“電子重疊矩陣”部分，所有數(shù)據(jù)反映各軌道上的電子數(shù)目，其數(shù)據(jù)為真實值乘以1000，在處理時需要注意一下。根據(jù)以上規(guī)則，我們可以得到O、H之間的電子密度值。當原子對間距離在Cut Off半徑附近變化時，由于前一步考慮了原子對之間的相互作用，而后一步不考慮，由此會導致能量發(fā)生跳躍。很明顯，忽略單極單極相互作用會導致錯誤的結(jié)果，而忽略偶極偶極相互作用則是適度的近似。Ewald Summation Ewald是在周期性系統(tǒng)內(nèi)計算Nonbond的一種技術(shù)。所采用的系綜均為 NVT，Andersen控溫，模擬時間為5ps。而Band Structure中的Empty Band則使用SCF中計算得到的Hamilton數(shù)據(jù)對能帶進行填充。黃色部分為權(quán)重因子，需要根據(jù)采樣結(jié)果進行取值。 下面，打開xsd文件，單擊右鍵選擇Copy，再次打開*，選擇Paste，將相關的原子模型粘貼到軌道文件中，這樣就可以將原子和軌道形狀聯(lián)系到一起了。（用戶通訊已經(jīng)使用的問題：1120，9，25，29，40）。如果要分析大于此數(shù)目的軌道，則需要用到以下方法： 首先，從Windows文件管理器中到相關目錄下找到**，去掉它們的隱藏屬性。該數(shù)據(jù)的含義是：X　00Div：4　　　　　R　　　　　　R　Div：3　　　M　0　　　　　M　0Div：4　0　　0　　0G　000　　　　　G　000Div：5　　　　　　　R　在上表中，X、R、M、G都是相關的K點路徑，Div表明在該路徑上所取的點數(shù)，對應于Castep的Band Structure中的KPoints Path：如果要改變K點的采樣間隔，只需要對該Cell文件進行相關修改就可以了。如果電子多于2N3個，則還需要往上面的能帶填充。一般情況下，基于Atom適合于孤立體系，對于周期性體系計算量較小，但是準確性較差；基于Group適合于周期性和非周期性體系，計算的準確性好一些，計算量最小；Ewald適合于周期性能體系，計算最為準確，但計算量最大。在實際應用中，Charge Group一般是常見的化學官能團，例如羰基、甲基或者羧酸基團的凈電荷接近于中性Charge Group。當評價點電荷時，一定要小心不要在使用Cutoff技術(shù)時引入錯誤的單極項。Q43：Discover的Nonbond中Summation的三種方法有什么區(qū)別？A43：三種方法Atom Based、Group Based和Ewald Sum