【正文】 上的合理性；3． 使用TS Search搜索可能反應路徑中的過渡態(tài)結構，此時需要計算頻率，通過振動方式來判斷該過渡態(tài)是否真正一階鞍點，是否連接反應物與產物；4． 通過TS Conformation來判斷反應路徑上是否有其他中間體與過渡態(tài)，如果有，那么需要對新的中間體進行優(yōu)化，并重復使用24的過程進一步進行搜索，以判斷體系的真正反應路徑。Q35：我使用的是Standalone方式進行Castep和DMol3計算，完成后怎么才能看到最終結構和軌跡呢？A35：可以按照以下方式處理此類問題： 1. 建立模型，并在設置計算參數； 2. 保存文件，會生成一個新的目錄（該目錄不能夠刪除，否則會影響以后的計算）； 3. 以standalone方式進行運算，完成后將所有生成文件拷貝并覆蓋原有文件夾中的文件； 4. 在Project Explorer上選擇Refresh，并雙擊激活原有的xsd文件； 5. 打開Analysis對話框，選擇Structure，按下Update按鈕可以更新結構文件，按下Create按鈕可以產生軌跡文件。也就是說，對較空的晶體可以采用Real Space來計算，而其他的體系最好還是用Reciprocal space來處理。Q33：在Castep模塊中，Electronic中的Pseudopotential representation，有Real Space和Reciprocal space，如何取舍？A33：Real Space對于大體系計算，性能提升比較大。 內存/原子數平方硬盤/原子數平方計算量/原子數立方Q31：為什么當DMol3在我機器上運行過的時候，總是出現以下錯誤：floatingpoint assist fault？A31：在IA64機器上，會出現此類錯誤，需要在安裝軟件的用戶登錄腳本(.profile, .bash_profile, .login)中，加入以下語句： prctl fpemu=silent這樣在運行作業(yè)的時候，就不會出現上述錯誤了。備注：對于CASTEP程序而言，除了和原子的數量有關外，還和空體積數有關。所需要的內存、硬盤以及CPU計算時間如下表所示：層數原子數計算時間(S)迭代次數單SCF計算時間(S)總內存(MB)硬盤空間(MB)242148226122381623163227 相應的計算時間、內存、硬盤與原子數目關系如下圖所示：注意：由于DFT理論方法受計算資源的限制非常明顯，在計算大作業(yè)之前，最好能夠初步判斷一下所需要的內存和CPU時間，并盡可能調整計算參數和模型。體系所需要的內存和硬盤與體系的電子密度的平方倍成正比，如果是同一體系，簡單來講計算量和原子數目的平方成正比。Q30：DFT方法對計算量和內存的要求是什么樣的？A30：使用DFT理論計算時，使用的Ψ與電子密度成正比，也就是說，在求解薛定諤方程時，計算量和電子數目的立方成正比。此時，應該已經達到了GFA在1G內存機器上處理體系的上限值。如果使用10個參數做一個簡單的計算就可以發(fā)現：參數數目操作公式none10無操作nBinary Interaction55A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+Simple Quadratic20A, B, C, A^2, B^2, and C^2 2nFull Quadratic65A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, and A*C2n+Simple Cubic20A, B, C, A^3, B^3, and C^32nFull Cubic285A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, A*C, A^3, B^3, C^3, A^2*B, A^2*C, B^2*A, B^2*C, C^2*A, C^2*B, and A*B*C3n+3+隨著復雜性的增加，參數數目的增長呈級數增長，這就導致了隨著參數增大的時候，所需要的內存數目迅速增加。(null)39。如果還是不行，那么還可以在安裝License文件后使用以下命令來檢查license文件的合法性，為(License )： source ~msi/License_Pack/msi_lic_cshrc lmstat （查看當前l(fā)icense文件是否能夠正常運行） license_verifier (查看當前License文件的合法性，如果有問題，會有提示)注意上述兩個命令使用后所出現的結果，并詳細檢查License文件格式。MAC地址可以通過ifconfig –a (windows下使用ipconfig /all)來查找，如果發(fā)現License文件出錯，則可使用~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe下使用mshostid來查看MAC地址，如果不符合，那么可能需要重新申請。方法如下：~msi/ms/share/lib下，修改該文件權限為755，完成后即可。進入~msi/ms/share/bin下，找到 mpiroot=/opt/hpmpimpimand=/opt/hpmpi/bin/mpirun np ，并改為mpiroot=/usr/bin/mpimand=/usr/bin/mpirun np 重新啟動gateway，并在Windows的server console中對mpi路徑作相關修改，修改完成后即可順利運行。如果不打補丁，那么請修改~msi/ms/share/bin/，將globmemory 8000000改大即可。Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補丁加速運算速度？A26：首先，這時候，一定要確保CASTEP和DMol可以正常進行并行計算。這時候就要注意振動的模式了，如果只是某些鍵的扭轉，或者一些不大的平動，那么基本上就可以忽略過去了。在MS中，CASTEP程序是使用GK也就是綜合考慮兩者的比例來確定并行數的，所以，在分配CPU前一定要認真考慮。Q24：怎么樣能讓CASTEP在并行計算時更有效？A24：CASTEP是按照兩種方式來并行計算的，分別為G Vectors和K Points并行。Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？A22：，能看到一個三維矩陣，該矩陣定義了mask的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現各種mask結構，該文件的格式為：X1 {Y Z}X2 {Y Z}…………Q23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？A23：可以，首先使用MS做出Band Structure和DOS圖，并在圖上單擊右鍵選擇Copy，打開Excel就可以將數據粘貼到單元格。此外，在計算密度時會用到NPT系綜，可以選擇各向同性的Andersen方法。對于陰離子計算特別重要。COSMO_RadCorr_Incr （用來構造外部孔穴，以進行遠離中心的電荷校正）注意，該參數用于構造Cosmo孔穴，不應該改變，特別在執(zhí)行COSMO_RS關鍵詞時更是如此。在更短距離內的格點計算方法將提供更高的精確度。）表面上電荷之間的靜電相互作用不僅決定于片斷而且也和格點有關系，這依賴于該參數設置的距離大小。COSMO_Solvent_Radius （指定溶劑探針的半徑，）注意，該參數用于構造Cosmo孔穴，不應該改變，特別在執(zhí)行COSMO_RS關鍵詞時更是如此。）程序將格點分配給不同的片斷，并在不同的片斷上加屏蔽電荷，電荷個數等于片段數。）COSMO_Segments 92 （指定了每個原子表面的最大片段數。）COSMO表面是環(huán)繞著溶質分子，以不同原子為中心的球體表面重疊而成的。表示導體，）COSMO_Grid_Size 1082 （程序對每個原子考慮選取多少個格點來進行計算。溶質的電荷分布會使電介質發(fā)生發(fā)生極化，而電介質的響應則用孔穴表面所產生的屏蔽（或者極化）電荷來描述。Q19：如何在DMol中考慮溶劑化效應？A19：建立好模型后不要急著計算，請選擇Save Files，然后在input文件中加入相關語句。使用Lattice Parameter將相應的Alpha、Beta和Sigma調整至合適角度。Number of atomsTitleCoordinate （A1 X1 Y1 Z1A2 X2 Y2 Z2），會顯示出相關的原子來。首先，將晶體的分數坐標拷貝到Word中，使用“表格 | 轉換 | 文本轉換為表格”，將文本轉換為表格形式。Q18：如何使用XRD數據快速建立相關的晶體結構。另外，如果為了轉換晶胞(如三斜轉換為正交，在Cleave Surface的時候需要對Depth特別注意，一定要讓上層原子和下層原子完全重合，然后再加0A的真空層。小技巧：可以先剪切平面，選擇要重新定義u、v軸所對應的原子，然后到原來的晶體中去找該原子的分數坐標，直接輸入mesh即可。用已經部分優(yōu)化了的幾何構型重新交作業(yè)；使用的是最后一楨優(yōu)化過的結構，能夠接著上面的工作繼續(xù)開始優(yōu)化，但是第一次SCF計算過程會比較長一些，因為要估算受力情況，接下來就進入了正常計算部分。注意：，如果工作計算失敗，那么只能使用第一種方法開始重新計算。在這里可以對相關設置進行修改已開始其他的計算工作。Q15：如果CASTEP計算過程中斷電，怎么能夠重新開始計算呢？在Keywords中有兩個關鍵詞Reuse和Continuation，它們有什么差異呢？A15： 這兩個關鍵詞都是為了在上一步成功計算的基礎上，使用最終結構和輸入參數進行更進一步的計算的，無法在斷電未生成check文件時重新開始計算。打開Input文件，找到下面一行文件： Cartesian constraintsOpt_fixed1 XYZ其中，XYZ表示對XYZ坐標都進行限制，如果只沿著Z方向進行優(yōu)化，那么要將這一行改為1 XY，保存文件，并Run Files就可以了。通過文本編輯器，可以打開相關的文件，從中可以看到相關的描述說明。下面是加了電場和沒加電場得到的數據對比：water No EF EF(Z) EF(X)Energy Dipole O Charge H Charge HOMO C nanocube No EF EFEnergy Homo Q12，如何以Standalone方式運行Discover作業(yè)？A12，在MS中完成DMol設置后，保存Files，對于MM和MD有不同的處理方式，對MM，再使用Discover安裝目錄/bin/ seedname來運行MM計算；對MD計算，、.，再使用Discover安裝目錄/bin/ seedname來運行MD計算。上傳時請采用ftp工具，不要使用MS自帶FTP工具。Q9，如何使用Standalone方式運行DMol程序？A9：在MS中完成DMol設置后，保存Files。需要注意的有兩點：1. 水分子必須是單獨的結構，不要一堆水分子放在一起分不清楚（單個分子以end結束）；2. ，建議將原來的目錄完全刪除。完成后另存到其它目錄。其中，關于水分子的部分按照如下方式進行修改：H1 WTR 1 h* H O1 WTR 1 o* O H2 WTR 1 h* H end注意紅色顯示部分。完成后運行即可。Q6：如何使用D