【正文】 ce AOpt_displacement_convergence AOpt_iterations 50Opt_max_displacement ASymmetry onMD and Simulated Annealing KeywordsMD_Time_Step MD_Velocity Random 0MD_SimAnn_Panel 1 1 100 MD_NVT Electronic parametersSpin_polarization restrictedCharge 0Basis dndPseudopotential noneFunctional gga(p91)Aux_density octupoleIntegration_grid mediumOccupation fermiCutoff_Global angstromScf_density_convergence Scf_charge_mixing Scf_iterations 50Scf_diis 6 pulay Print optionsPrint eigval_last_it Calculated propertiesFrequency_analysis onQ7：？A7：，在文件最后能夠看到{print history}，將其改為{print archive}即可，如果只要輸出坐標(biāo)，那么可以采用 + coordinates關(guān)鍵詞。Q8：如何使用rattle關(guān)鍵詞來限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？A8：首先打開所需要進(jìn)行限制的分子結(jié)構(gòu)，在Dynamics選項下保存文件，打開此文件進(jìn)行編輯。WTR 為水分子的類型，注意WTR后有一個空格，為四字符格式。然后重新打開此文件，在此文件的基礎(chǔ)上進(jìn)行修改，：rattle water waterType SPC tolerance 1e4完成上述操作后，運(yùn)行此文件即可。通過此方法，還可以限制其它分子的幾何結(jié)構(gòu)。完成后， –np n seedname來運(yùn)行即可。Q10：如何在DMol中加入外界電場？A10：在DMol的Input文件中加入以下命令：Keywords: Electric_Field x y z其中xyz為電場的方向，例如要沿著Z方向加電場，則可輸入 ，其單位為標(biāo)準(zhǔn)單位制Hartree/Bohr，或者意味著52V/A（非常大的數(shù)量級，需要和實際體系聯(lián)系起來使用，公式為E=U/l）。Q13：為什么我在QSAR模塊中無法找到新加入的Jurs和DMol3描述符？A13：使用這兩種描述符需要在QSAR模塊中引入引入新的QSAR模塊，具體方法是：打開QSAR模塊，在右側(cè)工具欄上選擇Import Model，在MS安裝目錄/Data/Resources/QSAR/Model中，、導(dǎo)入即可使用相關(guān)模塊。Q14：如何在DMol模塊中，對某一分子只允許其沿著Z方向進(jìn)行優(yōu)化，而XY方向則不變？A14：首先選擇要優(yōu)化的原子，在Modify菜單的Constrains中，固定其XYZ坐標(biāo)，然后在DMol的Calculation對話框中進(jìn)行相關(guān)設(shè)置，完成后Save Files。如果2代表的原子不清楚，那么請打開mdf文件去查詢。1）用reusereruse是開始一個全新的計算，使用最終結(jié)構(gòu)以及其他的相關(guān)信息。2）用continuation也是開始一個新的計算工作，會使用到最終結(jié)構(gòu)，參數(shù)設(shè)置和上次工作的幾乎完全一致。如果要在斷電后重新計算，那么可以采用以下方法。Q16：如果我在Cleave一個平面的時候，選擇的是(111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？A16：首先Cleave所需要的米勒面，例如(111)面，然后使用Lattice工具將此表面放大，找出垂直于U或者V軸的某個垂線上的原子X，將該原子X作為新的V軸或者U軸的末端點，并找到相應(yīng)的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，然后在Cleave工具的Surface Mesh中定義U、V取向即可。 注意：查找原子的XYZ坐標(biāo)的目的是為了找到原來原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，如果能夠通過數(shù)學(xué)變化來的得到的話，也可以直接進(jìn)行數(shù)學(xué)變化。)Q17：在使用DMol進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時候失敗，通過對軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？A17：在使用DMol進(jìn)行優(yōu)化的時候，可以在Optimization的設(shè)置中，將Max Step Size調(diào)小，從而使計算收斂。A18：在這里需要Word和Excel程序聯(lián)用了。將數(shù)據(jù)拷貝到Excel中，并使用晶胞參數(shù)將分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為笛卡兒坐標(biāo)（注意，這里不用管Alpha、Beta和Sigma的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標(biāo)，并將其拷貝到任意文本中?，F(xiàn)在請使用Build Crystal工具搭建晶體結(jié)構(gòu)，請使用相關(guān)的分子點群和晶胞參數(shù)（Alpha=Beta=Sigma=90）。最后請使用Find Symmetry工具再次確實空間群。COSMO on （使用COSMO方法考慮溶劑化效應(yīng)）COnductorlike Screening Model是連續(xù)介質(zhì)模型，用介電常數(shù)的連續(xù)介質(zhì)來反映溶液，而溶質(zhì)分子會形成孔穴。詳細(xì)的機(jī)理如下圖所示：極化作用溶質(zhì)電荷分布電解質(zhì)屏蔽電荷 COSMO_Dielectric XX （介電常數(shù)值，用來表示不同溶劑。 允許的值為：12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。球體依靠離散點來描述，所以稱之為Basis Grid。允許的值為12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。這是Cosmo方法中的主要參數(shù)，它決定了COSMO方法的主要性能。COSMO_AMatrix_Cutoff （決定了COSMO表面靜電相互作用的精確性。如果兩個片段間的距離小于設(shè)置的Cutoff值，那么片段間的相互作用就會使用格點來進(jìn)行計算。COSMO_Radius_Incr （指定構(gòu)造Cosmo孔穴時原子半徑的增量）注意，該參數(shù)用于構(gòu)造Cosmo孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行COSMO_RS關(guān)鍵詞時更是如此。是一個非常重要的校正，用于解決耗散到孔穴邊界外部的電子密度。校正的Cosmo能量公式如下（以水為例）Total energy corrected (au) [TE(corr)]{TE(corr) = TE + DE(corr) DE} = 對于包括非靜電溶劑化能的校正分析來說，能量表達(dá)式可以表述為：Total energy corrected (au) [TE(corr)]+ Nonelectrostatic Energy = COSMO_RS on （使用此關(guān)鍵詞考慮溶劑的宏觀熱力學(xué)性質(zhì)）Q20：如何使用MS軟件計算高分子的玻璃化溫度？A20：這需要計算高分子的密度溫度曲線，在得到了相關(guān)曲線后，就可以得到體系的Tg溫度以及Free Volume，具體圖示如下所示：TemperatureTgFree VolumeVolumeDensity注意：力場對計算結(jié)果非常重要，可以使用COMPASS力場來計算密度值。Q21：在使用MS進(jìn)行計算的時候，中間的xcd文件無法及時更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？A21：如果遇到這種情況，那么請檢查初始的xsd文件中是不是中間有小數(shù)點(.)，如果有小數(shù)點的話，那么可以正常進(jìn)行計算，但是表格文件無法正常更新，并且只能出現(xiàn)小數(shù)點前的文件名稱。DOS可以直接使用Origin做圖，而能帶結(jié)構(gòu)則需要認(rèn)真處理(按照K點采樣來處理的)。GVectors表示FFT格點，K Points表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。（G Vectors似乎是呈現(xiàn)1/2次冪的方式來增長的，增長速度并不很明顯）Q25：在使用DMol計算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時，經(jīng)常會發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個虛頻，怎么回事？A25：在DMol計算過程中，如果始態(tài)與終態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化不完全，或者反應(yīng)路徑設(shè)計不合理的話，很可能在過渡態(tài)中帶來多個虛頻。在計算過渡態(tài)的時候，最重要的是虛頻最大的振動，一定要在始態(tài)和終態(tài)之間振蕩，這樣才能保證過渡態(tài)基本合理，此判據(jù)也用到某些原子必須固定的優(yōu)化計算中，例如沸石分子篩的催化反應(yīng)等。注意：此時，CASTEP和DMol可能在進(jìn)行超過8CPUs并行計算時出錯，不用管它，只要能夠在2CPUs以上并行正常就可以打補(bǔ)丁了，打完補(bǔ)丁后，遇到的問題就可以解決了。正常安裝MS后，請按照以下流程打補(bǔ)?。?．root登錄，運(yùn)行rpm –qa glibc，察看glibc版本，并選擇相對應(yīng)的CASTEP和DMol補(bǔ)丁，；2．~msi/ms/CASTEP/bin/ ；~msi/ms/DMol3/bin/；3．msi登錄，運(yùn)行which mpirun，并記錄相關(guān)目錄。注意，對于DMol程序還需要注意MKL的版本，將無法正常運(yùn)行DMol，需要重新安裝MKL的補(bǔ)丁。Q27：為什么我在Linux下安裝license的時候，總是報錯呢？A27：License文件的格式如下：SERVER Altix 08006911E33A 1715DAEMON msi /usr/msi/REL/PLATFORM/exe/special/msid其中，Server表示License Server的主機(jī)名稱與網(wǎng)卡的MAC地址，其中主機(jī)名稱可以自行修改，而MAC地址是萬萬動不了的，否則會報錯。DAEMON表示后臺程序的位置，主要指定的是msid這個后臺程序的位置，對于32位和64位Linux機(jī)器，位置一般為/home/msi/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe/msid。在License ，以上的命令改為： 進(jìn)入MS安裝目錄/bin/下，運(yùn)行l(wèi)p_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license文件位置 (安裝license文件) lp_server c porthostname (配置license server) lp_server –s (啟動license server) lp_server x (關(guān)閉license server) lp_tester (檢測license是否合法)Q28：在使用SGI Altix350， –np n seedname的時候，出現(xiàn)錯誤：MPI：asgetnetinfo_array(39。) failed : array services not available，怎么解決？A28：這是由于array服務(wù)沒有開啟所造成的，解決方案如下：以root登錄，進(jìn)入/etc/，運(yùn)行： ./array start (開啟array服務(wù)) chkconfig array on (將array加入到啟動列表中)Q29：MS的GFA是怎么對參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān)系？A29：QSAR模塊中的GFA計算是需要一定的內(nèi)存的。實際測試發(fā)現(xiàn)，當(dāng)參數(shù)的數(shù)目增加到160個的時候，所需要的內(nèi)存達(dá)到了900M左右，此時，CPU的使用率保持在99%以上。提示：在實際進(jìn)