【文章內(nèi)容簡介】 （用來構(gòu)造外部孔穴，以進(jìn)行遠(yuǎn)離中心的電荷校正）注意，該參數(shù)用于構(gòu)造Cosmo孔穴，不應(yīng)該改變，特別在執(zhí)行COSMO_RS關(guān)鍵詞時(shí)更是如此。是一個(gè)非常重要的校正，用于解決耗散到孔穴邊界外部的電子密度。對(duì)于陰離子計(jì)算特別重要。校正的Cosmo能量公式如下（以水為例）Total energy corrected (au) [TE(corr)]{TE(corr) = TE + DE(corr) DE} = 對(duì)于包括非靜電溶劑化能的校正分析來說，能量表達(dá)式可以表述為：Total energy corrected (au) [TE(corr)]+ Nonelectrostatic Energy = COSMO_RS on （使用此關(guān)鍵詞考慮溶劑的宏觀熱力學(xué)性質(zhì)）Q20：如何使用MS軟件計(jì)算高分子的玻璃化溫度？A20：這需要計(jì)算高分子的密度溫度曲線，在得到了相關(guān)曲線后，就可以得到體系的Tg溫度以及Free Volume，具體圖示如下所示：TemperatureTgFree VolumeVolumeDensity注意：力場對(duì)計(jì)算結(jié)果非常重要，可以使用COMPASS力場來計(jì)算密度值。此外，在計(jì)算密度時(shí)會(huì)用到NPT系綜，可以選擇各向同性的Andersen方法。Q21：在使用MS進(jìn)行計(jì)算的時(shí)候，中間的xcd文件無法及時(shí)更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？A21：如果遇到這種情況，那么請(qǐng)檢查初始的xsd文件中是不是中間有小數(shù)點(diǎn)(.)，如果有小數(shù)點(diǎn)的話，那么可以正常進(jìn)行計(jì)算，但是表格文件無法正常更新，并且只能出現(xiàn)小數(shù)點(diǎn)前的文件名稱。Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？A22：，能看到一個(gè)三維矩陣，該矩陣定義了mask的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現(xiàn)各種mask結(jié)構(gòu)，該文件的格式為：X1 {Y Z}X2 {Y Z}…………Q23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？A23：可以，首先使用MS做出Band Structure和DOS圖，并在圖上單擊右鍵選擇Copy，打開Excel就可以將數(shù)據(jù)粘貼到單元格。DOS可以直接使用Origin做圖，而能帶結(jié)構(gòu)則需要認(rèn)真處理(按照K點(diǎn)采樣來處理的)。Q24：怎么樣能讓CASTEP在并行計(jì)算時(shí)更有效？A24：CASTEP是按照兩種方式來并行計(jì)算的，分別為G Vectors和K Points并行。GVectors表示FFT格點(diǎn)，K Points表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。在MS中，CASTEP程序是使用GK也就是綜合考慮兩者的比例來確定并行數(shù)的，所以，在分配CPU前一定要認(rèn)真考慮。（G Vectors似乎是呈現(xiàn)1/2次冪的方式來增長的，增長速度并不很明顯）Q25：在使用DMol計(jì)算過渡態(tài)結(jié)構(gòu)時(shí)，經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個(gè)虛頻，怎么回事？A25：在DMol計(jì)算過程中，如果始態(tài)與終態(tài)結(jié)構(gòu)優(yōu)化不完全，或者反應(yīng)路徑設(shè)計(jì)不合理的話，很可能在過渡態(tài)中帶來多個(gè)虛頻。這時(shí)候就要注意振動(dòng)的模式了，如果只是某些鍵的扭轉(zhuǎn)，或者一些不大的平動(dòng)，那么基本上就可以忽略過去了。在計(jì)算過渡態(tài)的時(shí)候，最重要的是虛頻最大的振動(dòng)，一定要在始態(tài)和終態(tài)之間振蕩，這樣才能保證過渡態(tài)基本合理，此判據(jù)也用到某些原子必須固定的優(yōu)化計(jì)算中，例如沸石分子篩的催化反應(yīng)等。Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補(bǔ)丁加速運(yùn)算速度？A26：首先，這時(shí)候，一定要確保CASTEP和DMol可以正常進(jìn)行并行計(jì)算。注意：此時(shí)，CASTEP和DMol可能在進(jìn)行超過8CPUs并行計(jì)算時(shí)出錯(cuò)，不用管它，只要能夠在2CPUs以上并行正常就可以打補(bǔ)丁了，打完補(bǔ)丁后，遇到的問題就可以解決了。如果不打補(bǔ)丁，那么請(qǐng)修改~msi/ms/share/bin/，將globmemory 8000000改大即可。正常安裝MS后，請(qǐng)按照以下流程打補(bǔ)丁：1．root登錄，運(yùn)行rpm –qa glibc，察看glibc版本，并選擇相對(duì)應(yīng)的CASTEP和DMol補(bǔ)丁，；2．~msi/ms/CASTEP/bin/ ；~msi/ms/DMol3/bin/；3．msi登錄，運(yùn)行which mpirun，并記錄相關(guān)目錄。進(jìn)入~msi/ms/share/bin下，找到 mpiroot=/opt/hpmpimpimand=/opt/hpmpi/bin/mpirun np ，并改為mpiroot=/usr/bin/mpimand=/usr/bin/mpirun np 重新啟動(dòng)gateway，并在Windows的server console中對(duì)mpi路徑作相關(guān)修改，修改完成后即可順利運(yùn)行。注意，對(duì)于DMol程序還需要注意MKL的版本，將無法正常運(yùn)行DMol，需要重新安裝MKL的補(bǔ)丁。方法如下：~msi/ms/share/lib下，修改該文件權(quán)限為755，完成后即可。Q27：為什么我在Linux下安裝license的時(shí)候，總是報(bào)錯(cuò)呢？A27：License文件的格式如下：SERVER Altix 08006911E33A 1715DAEMON msi /usr/msi/REL/PLATFORM/exe/special/msid其中，Server表示License Server的主機(jī)名稱與網(wǎng)卡的MAC地址，其中主機(jī)名稱可以自行修改，而MAC地址是萬萬動(dòng)不了的，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)。MAC地址可以通過ifconfig –a (windows下使用ipconfig /all)來查找，如果發(fā)現(xiàn)License文件出錯(cuò)，則可使用~msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe下使用mshostid來查看MAC地址，如果不符合，那么可能需要重新申請(qǐng)。DAEMON表示后臺(tái)程序的位置，主要指定的是msid這個(gè)后臺(tái)程序的位置，對(duì)于32位和64位Linux機(jī)器，位置一般為/home/msi/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe/msid。如果還是不行，那么還可以在安裝License文件后使用以下命令來檢查license文件的合法性，為(License )： source ~msi/License_Pack/msi_lic_cshrc lmstat （查看當(dāng)前l(fā)icense文件是否能夠正常運(yùn)行） license_verifier (查看當(dāng)前License文件的合法性，如果有問題，會(huì)有提示)注意上述兩個(gè)命令使用后所出現(xiàn)的結(jié)果，并詳細(xì)檢查License文件格式。在License ，以上的命令改為： 進(jìn)入MS安裝目錄/bin/下，運(yùn)行l(wèi)p_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license文件位置 (安裝license文件) lp_server c port@hostname (配置license server) lp_server –s (啟動(dòng)license server) lp_server x (關(guān)閉license server) lp_tester (檢測license是否合法)Q28：在使用SGI Altix350， –np n seedname的時(shí)候，出現(xiàn)錯(cuò)誤：MPI：asgetnetinfo_array(39。(null)39。) failed : array services not available，怎么解決？A28：這是由于array服務(wù)沒有開啟所造成的，解決方案如下：以root登錄，進(jìn)入/etc/，運(yùn)行： ./array start (開啟array服務(wù)) chkconfig array on (將array加入到啟動(dòng)列表中)Q29：MS的GFA是怎么對(duì)參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無關(guān)系？A29：QSAR模塊中的GFA計(jì)算是需要一定的內(nèi)存的。如果使用10個(gè)參數(shù)做一個(gè)簡單的計(jì)算就可以發(fā)現(xiàn)：參數(shù)數(shù)目操作公式none10無操作nBinary Interaction55A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+Simple Quadratic20A, B, C, A^2, B^2, and C^2 2nFull Quadratic65A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, and A*C2n+Simple Cubic20A, B, C, A^3, B^3, and C^32nFull Cubic285A, B, C, A^2, B^2, C^2, A*B, B*C, A*C, A^3, B^3, C^3, A^2*B, A^2*C, B^2*A, B^2*C, C^2*A, C^2*B, and A*B*C3n+3+隨著復(fù)雜性的增加，參數(shù)數(shù)目的增長呈級(jí)數(shù)增長，這就導(dǎo)致了隨著參數(shù)增大的時(shí)候，所需要的內(nèi)存數(shù)目迅速增加。實(shí)際測試發(fā)現(xiàn)，當(dāng)參數(shù)的數(shù)目增加到160個(gè)的時(shí)候，所需要的內(nèi)存達(dá)到了900M左右，此時(shí)，CPU的使用率保持在99%以上。此時(shí)，應(yīng)該已經(jīng)達(dá)到了GFA在1G內(nèi)存機(jī)器上處理體系的上限值。提示：在實(shí)際進(jìn)行QSAR研究時(shí)，160個(gè)參數(shù)已經(jīng)是非常多的體系了，建議在進(jìn)行處理之前，先使用相關(guān)性矩陣將所有的參數(shù)進(jìn)行排序，剔除出那些相關(guān)性非常高的參數(shù)，這樣，在進(jìn)行GFA分析時(shí)會(huì)大大降低參數(shù)的數(shù)目，同時(shí)，也會(huì)幫助我們對(duì)得到的回歸方程進(jìn)行分析。Q30：DFT方法對(duì)計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？A30：使用DFT理論計(jì)算時(shí)，使用的Ψ與電子密度成正比，也就是說，在求解薛定諤方程時(shí)，計(jì)算量和電子數(shù)目的立方成正比。如果是同一體系，簡單來講計(jì)算量和原子數(shù)目的立方成正比。體系所需要的內(nèi)存和硬盤與體系的電子密度的平方倍成正比，如果是同一體系，簡單來講計(jì)算量和原子數(shù)目的平方成正比。例如，對(duì)于ZnO體系而言，當(dāng)截取(100)表面，且真空層統(tǒng)一定為10A時(shí)，使用CASTEP程序進(jìn)行計(jì)算，在考慮自旋極化的情況下。所需要的內(nèi)存、硬盤以及CPU計(jì)算時(shí)間如下表所示：層數(shù)原子數(shù)計(jì)算時(shí)間(S)迭代次數(shù)單SCF計(jì)算時(shí)間(S)總內(nèi)存(MB)硬盤空間(MB)242148226122381623163227 相應(yīng)的計(jì)算時(shí)間、內(nèi)存、硬盤與原子數(shù)目關(guān)系如下圖所示：注意：由于DFT理論方法受計(jì)算資源的限制非常明顯，在計(jì)算大作業(yè)之前，最好能夠初步判斷一下所需要的內(nèi)存和CPU時(shí)間，并盡可能調(diào)整計(jì)算參數(shù)和模型。這樣，才能比較好的利用計(jì)算資源。備注：對(duì)于CASTEP程序而言，除了和原子的數(shù)量有關(guān)外，還和空體積數(shù)有關(guān)。其關(guān)系為線形增長，即計(jì)算時(shí)間與體積成線形增長，內(nèi)存也與體積成線形。 內(nèi)存/原子數(shù)平方硬盤/原子數(shù)平方計(jì)算量/原子數(shù)立方Q31：為什么當(dāng)DMol3在我機(jī)器上運(yùn)行過的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：floatingpoint assist fault？A31：在IA64機(jī)器上，會(huì)出現(xiàn)此類錯(cuò)誤，需要在安裝軟件的用戶登錄腳本(.profile, .bash_profile, .login)中，加入以下語句： prctl fpemu=silent這樣在運(yùn)行作業(yè)的時(shí)候，就不會(huì)出現(xiàn)上述錯(cuò)誤了。Q32：在使用DMol3算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？A32：在input文件中使用Vibration_Restart關(guān)鍵詞，就可以重新開始頻率計(jì)算了，文件的格式為：on 重新開始頻率計(jì)算， off 不重新開始頻率計(jì)算 file 重新開始頻率計(jì)算，需要從下一行讀入數(shù)據(jù)。Q33：在Castep模塊中，Electronic中的Pseudopotential representation，有Real Space和Reciprocal space，如何取舍？A33：Real Space對(duì)于大體系計(jì)算，性能提升比較大。而對(duì)于那些原子核半徑與晶胞參數(shù)項(xiàng)比較大的小晶胞而言，最好不要使用此方法。也就是說，對(duì)較空的晶體可以采用Real Space來計(jì)算，而其他的體系最好還是用Reciprocal space來處理。Q34：如何從Discover的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？A34：，參