【正文】 Mol3進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？A6：需要使用命令行的方式進(jìn)行提交，幾個(gè)關(guān)鍵詞是：MD_Time_Step, MD_Velocity, and MD_SimAnn_Panel，詳細(xì)地設(shè)置請(qǐng)參看：，user：science，passwd：faster。 the default port to use (程序默認(rèn)使用的端口號(hào))將18888改為任意端口1XXXX，保存并退出。Q5：如何修改Windows或者Linux下的端口號(hào)：A5：在License文件中，第一行能夠看到以下信息：SERVER Itanium 00306EF38B48 1715其中，Itanium是機(jī)器的主機(jī)名稱(chēng)(Hostname)，00306EF38B48是機(jī)器網(wǎng)卡的物理地址(MAC地址)，而1715表示的是License Server的端口號(hào)，可以在這里將端口號(hào)改為任意端口XXXX(大于1000)，按照標(biāo)準(zhǔn)方式安裝License文件，此時(shí)，開(kāi)放的端口就是所指定的端口XXXX了。重新啟動(dòng)機(jī)器。Q4：在安裝新的MS時(shí)，事先沒(méi)有停掉License Server，在卸載、安裝MS后，發(fā)現(xiàn)MS的License Server無(wú)法正常啟動(dòng)。此外，在%BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS中可以限制晶胞向量的變化，第一行分別表示三個(gè)晶胞參數(shù)a、b、c， 第二行表示晶胞角度α、β、γ。在Cell文件中，關(guān)于原子坐標(biāo)限制的部分如下：FIX_COM : false%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 3 5 Al 3 6 Al 3 7 Al 4 8 Al 4 9 Al 4 %ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS其中包括每行編號(hào)（紫色），原子類(lèi)型（紅色），原子編號(hào)（綠色）和需要限制的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)（黑色）。 Q3：如何在CASTEP計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？A3：CASTEP計(jì)算中只支持Fraction坐標(biāo)，不支持Coordinate坐標(biāo)。然后進(jìn)行計(jì)算即可。Q2：如何在Discover計(jì)算中分別對(duì)相同環(huán)境原子分配不同力場(chǎng)類(lèi)型？A2：在Discover中，使用Assign按鈕為原子分配不同的力場(chǎng)類(lèi)型。而Andersen方法則只改變晶胞大小，不改變晶胞形狀，此時(shí)使用Pressure來(lái)作為判斷標(biāo)準(zhǔn)。) failed : array services not available，怎么解決？ 14Q29：MS的GFA是怎么對(duì)參數(shù)進(jìn)行雜交的？參數(shù)多少與內(nèi)存有無(wú)關(guān)系？ 14Q30：DFT方法對(duì)計(jì)算量和內(nèi)存的要求是什么樣的？ 15Q31：為什么當(dāng)DMol3在我機(jī)器上運(yùn)行過(guò)的時(shí)候，總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤：floatingpoint assist fault？ 16Q32：在使用DMol3算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？ 16Q33：在Castep模塊中，Electronic中的Pseudopotential representation，有Real Space和Reciprocal space，如何取舍？ 17Q34：如何從Discover的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？ 17Q35：我使用的是Standalone方式進(jìn)行Castep和DMol3計(jì)算，完成后怎么才能看到最終結(jié)構(gòu)和軌跡呢？ 17Q36：DMol中有TS Conformation也有TS Optimization，應(yīng)該選取哪一個(gè)來(lái)搜索過(guò)渡態(tài)？ 17Q37：在使用CASTEP進(jìn)行過(guò)渡態(tài)（TS）搜索時(shí)，當(dāng)用reaction preview產(chǎn)生一個(gè)軌跡文件之后，對(duì)該軌跡文件進(jìn)行TS search 運(yùn)算時(shí)，在本機(jī)直接計(jì)算可以進(jìn)行，但是進(jìn)行save files時(shí)，卻無(wú)法完成提示Unable to set UserID. Trajectory file will be invalid. 18Q38：在Castep中，怎樣輸出電荷密度？相關(guān)數(shù)據(jù)的單位是什么？ 18Q39：如何在Discover中使用BTCL語(yǔ)言進(jìn)行多步MD計(jì)算？ 18Q40：如何用Dmol3計(jì)算Overlay Matrix，并進(jìn)一步分析？ 21Q41：如何使用Castep程序計(jì)算IR振動(dòng)，為什么計(jì)算老是說(shuō)不收斂？ 22Q42：為什么我在手工使用Castep計(jì)算能帶結(jié)構(gòu)、態(tài)密度或者聲子譜的時(shí)候，程序始終提示沒(méi)有Check文件？ 22Q43：Discover的Nonbond中Summation的三種方法有什么區(qū)別？ 22Q44：Castep中的Empty Band有何用處？怎么設(shè)置？ 24Q45：CASTEP中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？ 24Q46：如何在MS中加入非限制性約束條件，例如約束兩個(gè)原子間距離？ 26Q47：如何在DMol3中顯示大于999號(hào)軌道的Homo和Lumo軌道？ 26Q1：為什么使用Discover進(jìn)行Dynamics計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn)Pressure等于0，而Stress的XX、YY、ZZ方向?yàn)?GPa的情況？A1：這是由于在進(jìn)行Dynamics計(jì)算時(shí)，選用的Ensemble不相同，如果選用了Parrinello方法，將使用Stress來(lái)進(jìn)行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發(fā)生變化，已形成剪切，從而使內(nèi)部的Stress與外部Pressure相等。 9Q19：如何在DMol中考慮溶劑化效應(yīng)？ 10Q20：如何使用MS軟件計(jì)算高分子的玻璃化溫度？ 11Q21：在使用MS進(jìn)行計(jì)算的時(shí)候，中間的xcd文件無(wú)法及時(shí)更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ 12Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？ 12Q23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來(lái)做圖？ 12Q24：怎么樣能讓CASTEP在并行計(jì)算時(shí)更有效？ 12Q25：在使用DMol計(jì)算過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)時(shí)，經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)不止一個(gè)虛頻，怎么回事？ 13Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補(bǔ)丁加速運(yùn)算速度？ 13Q27：為什么我在Linux下安裝license的時(shí)候，總是報(bào)錯(cuò)呢？ 13Q28：在使用SGI Altix350， –np n seedname的時(shí)候，出現(xiàn)錯(cuò)誤：MPI：asgetnetinfo_array(39。目 錄Q1：為什么使用Discover進(jìn)行Dynamics計(jì)算時(shí)，如果設(shè)定了Pressure=1GPa，在計(jì)算結(jié)果中會(huì)出現(xiàn)Pressure等于0，而Stress的XX、YY、ZZ方向?yàn)?GPa的情況？ 4Q2：如何在Discover計(jì)算中分別對(duì)相同環(huán)境原子分配不同力場(chǎng)類(lèi)型？ 4Q3：如何在CASTEP計(jì)算中限制某個(gè)原子的移動(dòng)方向？ 4Q4：在安裝新的MS時(shí)，事先沒(méi)有停掉License Server，在卸載、安裝MS后，發(fā)現(xiàn)MS的License Server無(wú)法正常啟動(dòng)。 5Q5：如何修改Windows或者Linux下的端口號(hào)： 5Q6：如何使用DMol3進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算？ 6Q7：？ 7Q8：如何使用rattle關(guān)鍵詞來(lái)限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？ 7Q9，如何使用Standalone方式運(yùn)行DMol程序？ 7Q10：如何在DMol中加入外界電場(chǎng)？ 7Q12，如何以Standalone方式運(yùn)行Discover作業(yè)？ 8Q13：為什么我在QSAR模塊中無(wú)法找到新加入的Jurs和DMol3描述符？ 8Q14：如何在DMol模塊中，對(duì)某一分子只允許其沿著Z方向進(jìn)行優(yōu)化，而XY方向則不變？ 8Q15：如果CASTEP計(jì)算過(guò)程中斷電，怎么能夠重新開(kāi)始計(jì)算呢？在Keywords中有兩個(gè)關(guān)鍵詞Reuse和Continuation，它們有什么差異呢？ 8Q16：如果我在Cleave一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是(111)面，或者該晶體原來(lái)就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長(zhǎng)方形的表面來(lái)呢？ 9Q17：在使用DMol進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候失敗，通過(guò)對(duì)軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ 9Q18：如何使用XRD數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。(null)39。對(duì)于晶體計(jì)算來(lái)說(shuō)，此方法應(yīng)該更加合理。因此，計(jì)算后的Pressure值和設(shè)定值相同。在Setup選項(xiàng)中，將Automation中的FF和Partial Charge設(shè)置為No。注意：在具有周期邊界條件的體系中，在Nobond中，選擇Summation方式為Ewald（考慮分子間長(zhǎng)程作用）然后進(jìn)行計(jì)算才能正確生成能量表達(dá)式，其他方式計(jì)算可能會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤發(fā)生（分母為零）。采用常規(guī)方式無(wú)法限制原子的移動(dòng)方向，需要手動(dòng)修改CASTEP的Cell文件，具體方式如下，在%BLOCK POSITIONS_FRAC Al Al Al Al %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC中包括每個(gè)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，請(qǐng)留意每個(gè)原子的編號(hào)，在下面的計(jì)算中會(huì)有所幫助。如果要限制第二個(gè)Al原子不能沿著X方向移動(dòng)，那么在該部分的設(shè)置如下： 1 Al 1 2 Al 1 3 Al 1 4 Al 2 5 Al 2 6 Al 3 7 Al 3 8 Al 3 9 Al 4 10 Al 4 11 Al 4 注意，編號(hào)要順次后移，否則會(huì)出錯(cuò)，黑色部分分別對(duì)應(yīng)于x、y、z三個(gè)方向，完成后，使用Run Files方式即可進(jìn)行計(jì)算。上述結(jié)構(gòu)表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為0。A4：在“控制面板 | 管理工具 | 服務(wù)”中，可以看到Accelrys License Server啟動(dòng)，首先將此服務(wù)設(shè)置為“禁用”，然后在“開(kāi)始 | 運(yùn)行”中鍵入“Regedit”命令，查找“License Server”，多選項(xiàng)只選擇“項(xiàng)”，然后進(jìn)行查找，將“Server”目錄下的“Accelrys License Server”全部刪除。按照正常流程啟動(dòng)License Server即可。如果要改變Gateway的端口18888，在Linux下請(qǐng)執(zhí)行以下幾個(gè)命令：1．進(jìn)入MS/Gateway2．運(yùn)行./msgateway_control_18888 stop (18888是程序默認(rèn)端口號(hào))3．運(yùn)行./deconfigureall (刪除已有的Gateway信息)4．進(jìn)入MS/Gateway/config/，找到下面這一行：$defs{gw_port} = 18888。5．運(yùn)行./configure gateway (重新生成Gateway信息)6．進(jìn)入上級(jí)目錄，并運(yùn)行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動(dòng)gateway)經(jīng)過(guò)上述步驟后，Gateway的端口號(hào)即被改為1XXXX。一個(gè)簡(jiǎn)單的例子如下所示： Task parametersCalculate Molecular_DynamicsOpt_energy_convergence Opt_gradient_convergen