【正文】 ，或者該晶體原來(lái)就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長(zhǎng)方形的表面來(lái)呢？ 9Q17：在使用DMol進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候失敗，通過(guò)對(duì)軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？ 9Q18：如何使用XRD數(shù)據(jù)快速建立相關(guān)的晶體結(jié)構(gòu)。對(duì)于晶體計(jì)算來(lái)說(shuō)，此方法應(yīng)該更加合理。在Setup選項(xiàng)中，將Automation中的FF和Partial Charge設(shè)置為No。采用常規(guī)方式無(wú)法限制原子的移動(dòng)方向，需要手動(dòng)修改CASTEP的Cell文件，具體方式如下，在%BLOCK POSITIONS_FRAC Al Al Al Al %ENDBLOCK POSITIONS_FRAC中包括每個(gè)原子的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，請(qǐng)留意每個(gè)原子的編號(hào)，在下面的計(jì)算中會(huì)有所幫助。上述結(jié)構(gòu)表明參數(shù)可以被優(yōu)化，如果需要加以限制，則需要改為0。按照正常流程啟動(dòng)License Server即可。5．運(yùn)行./configure gateway (重新生成Gateway信息)6．進(jìn)入上級(jí)目錄，并運(yùn)行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動(dòng)gateway)經(jīng)過(guò)上述步驟后，Gateway的端口號(hào)即被改為1XXXX。Q8：如何使用rattle關(guān)鍵詞來(lái)限制水分子的幾何結(jié)構(gòu)？A8：首先打開所需要進(jìn)行限制的分子結(jié)構(gòu)，在Dynamics選項(xiàng)下保存文件，打開此文件進(jìn)行編輯。然后重新打開此文件，在此文件的基礎(chǔ)上進(jìn)行修改，：rattle water waterType SPC tolerance 1e4完成上述操作后，運(yùn)行此文件即可。完成后， –np n seedname來(lái)運(yùn)行即可。Q13：為什么我在QSAR模塊中無(wú)法找到新加入的Jurs和DMol3描述符？A13：使用這兩種描述符需要在QSAR模塊中引入引入新的QSAR模塊，具體方法是：打開QSAR模塊，在右側(cè)工具欄上選擇Import Model，在MS安裝目錄/Data/Resources/QSAR/Model中，、導(dǎo)入即可使用相關(guān)模塊。如果2代表的原子不清楚，那么請(qǐng)打開mdf文件去查詢。2）用continuation也是開始一個(gè)新的計(jì)算工作，會(huì)使用到最終結(jié)構(gòu)，參數(shù)設(shè)置和上次工作的幾乎完全一致。Q16：如果我在Cleave一個(gè)平面的時(shí)候，選擇的是(111)面，或者該晶體原來(lái)就是一個(gè)三斜晶胞，我怎么才能切出一個(gè)長(zhǎng)方形的表面來(lái)呢？A16：首先Cleave所需要的米勒面，例如(111)面，然后使用Lattice工具將此表面放大，找出垂直于U或者V軸的某個(gè)垂線上的原子X，將該原子X作為新的V軸或者U軸的末端點(diǎn)，并找到相應(yīng)的分?jǐn)?shù)坐標(biāo)，然后在Cleave工具的Surface Mesh中定義U、V取向即可。)Q17：在使用DMol進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的時(shí)候失敗，通過(guò)對(duì)軌跡的回放發(fā)現(xiàn)，整個(gè)分子在平面上下進(jìn)行翻轉(zhuǎn)，并由此導(dǎo)致能量振蕩，這種情況應(yīng)當(dāng)如何處理？A17：在使用DMol進(jìn)行優(yōu)化的時(shí)候，可以在Optimization的設(shè)置中，將Max Step Size調(diào)小，從而使計(jì)算收斂。將數(shù)據(jù)拷貝到Excel中，并使用晶胞參數(shù)將分?jǐn)?shù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換為笛卡兒坐標(biāo)（注意，這里不用管Alpha、Beta和Sigma的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標(biāo)，并將其拷貝到任意文本中。最后請(qǐng)使用Find Symmetry工具再次確實(shí)空間群。詳細(xì)的機(jī)理如下圖所示：極化作用溶質(zhì)電荷分布電解質(zhì)屏蔽電荷 COSMO_Dielectric XX （介電常數(shù)值，用來(lái)表示不同溶劑。球體依靠離散點(diǎn)來(lái)描述，所以稱之為Basis Grid。這是Cosmo方法中的主要參數(shù)，它決定了COSMO方法的主要性能。如果兩個(gè)片段間的距離小于設(shè)置的Cutoff值，那么片段間的相互作用就會(huì)使用格點(diǎn)來(lái)進(jìn)行計(jì)算。是一個(gè)非常重要的校正，用于解決耗散到孔穴邊界外部的電子密度。Q21：在使用MS進(jìn)行計(jì)算的時(shí)候，中間的xcd文件無(wú)法及時(shí)更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？A21：如果遇到這種情況，那么請(qǐng)檢查初始的xsd文件中是不是中間有小數(shù)點(diǎn)(.)，如果有小數(shù)點(diǎn)的話，那么可以正常進(jìn)行計(jì)算，但是表格文件無(wú)法正常更新，并且只能出現(xiàn)小數(shù)點(diǎn)前的文件名稱。GVectors表示FFT格點(diǎn)，K Points表示布里淵區(qū)采樣數(shù)目。在計(jì)算過(guò)渡態(tài)的時(shí)候，最重要的是虛頻最大的振動(dòng)，一定要在始態(tài)和終態(tài)之間振蕩，這樣才能保證過(guò)渡態(tài)基本合理，此判據(jù)也用到某些原子必須固定的優(yōu)化計(jì)算中，例如沸石分子篩的催化反應(yīng)等。正常安裝MS后，請(qǐng)按照以下流程打補(bǔ)?。?．root登錄，運(yùn)行rpm –qa glibc，察看glibc版本，并選擇相對(duì)應(yīng)的CASTEP和DMol補(bǔ)丁，；2．~msi/ms/CASTEP/bin/ ；~msi/ms/DMol3/bin/；3．msi登錄，運(yùn)行which mpirun，并記錄相關(guān)目錄。Q27：為什么我在Linux下安裝license的時(shí)候，總是報(bào)錯(cuò)呢？A27：License文件的格式如下：SERVER Altix 08006911E33A 1715DAEMON msi /usr/msi/REL/PLATFORM/exe/special/msid其中，Server表示License Server的主機(jī)名稱與網(wǎng)卡的MAC地址，其中主機(jī)名稱可以自行修改，而MAC地址是萬(wàn)萬(wàn)動(dòng)不了的，否則會(huì)報(bào)錯(cuò)。在License ，以上的命令改為： 進(jìn)入MS安裝目錄/bin/下，運(yùn)行l(wèi)p_admin –console 讀取幫助信息，也可以直接執(zhí)行以下命令： source ~msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install license文件位置 (安裝license文件) lp_server c porthostname (配置license server) lp_server –s (啟動(dòng)license server) lp_server x (關(guān)閉license server) lp_tester (檢測(cè)license是否合法)Q28：在使用SGI Altix350， –np n seedname的時(shí)候，出現(xiàn)錯(cuò)誤：MPI：asgetnetinfo_array(39。實(shí)際測(cè)試發(fā)現(xiàn)，當(dāng)參數(shù)的數(shù)目增加到160個(gè)的時(shí)候，所需要的內(nèi)存達(dá)到了900M左右，此時(shí)，CPU的使用率保持在99%以上。如果是同一體系，簡(jiǎn)單來(lái)講計(jì)算量和原子數(shù)目的立方成正比。這樣，才能比較好的利用計(jì)算資源。Q32：在使用DMol3算頻率的時(shí)候，突然斷電了，怎么才能繼續(xù)算頻率呢？A32：在input文件中使用Vibration_Restart關(guān)鍵詞，就可以重新開始頻率計(jì)算了，文件的格式為：on 重新開始頻率計(jì)算， off 不重新開始頻率計(jì)算 file 重新開始頻率計(jì)算，需要從下一行讀入數(shù)據(jù)。Q34：如何從Discover的輸出文件中查看每楨中原子的坐標(biāo)以及速率等信息？A34：，參看F:\Shiwei\Materials Studio\Bug and Patch\需要執(zhí)行以下命令： （動(dòng)力學(xué)后會(huì)產(chǎn)生一個(gè)隱含的 *.his文件，） 在命令行方式下test（回車） 不需要打后綴 fhis文件為ASCII格式文件，可以直接讀取，文件格式請(qǐng)參看F:\Shiwei\Materials Studio\Info form Accelrys\Common File 。TS Optimization一般是對(duì)過(guò)渡態(tài)結(jié)構(gòu)進(jìn)行精修時(shí)使用，不過(guò)由于此方法并不能判斷過(guò)渡態(tài)是否連接反應(yīng)物與產(chǎn)物，只能作為輔助手段。完成后，用標(biāo)準(zhǔn)命令啟動(dòng)Standalone計(jì)算即可。如果要驗(yàn)證，有一個(gè)很簡(jiǎn)單的方法，即將所有格點(diǎn)的電荷相加，再除以所取格點(diǎn)的總數(shù)，這樣得到的數(shù)目和體系的總價(jià)電子數(shù)目相等。H2O分子使用DMol3模塊，在BLYP/DN基組下計(jì)算得到的Mulliken Analysis結(jié)果：對(duì)于Overlay Matrix，實(shí)際上是一個(gè)下三角矩陣，實(shí)際形狀如下（重疊矩陣上的數(shù)據(jù)要除以1000才能得到最終值）：原子編號(hào)軌道軌道伸展方向電子數(shù)目電子重疊矩陣1111111112233102020212121212121101010100001100110000110022001000000001010120002022000000022152215120000800000013113112110001178000002391800121100002000070001210000001994000000012100000006000000121100000001036018225720121100000000450120210012213239700185432028721000151180002002471310012213000025712287432031000151000020071024總電荷 說(shuō)明：在程序中出現(xiàn)的是下三角矩陣，上圖中將該矩陣復(fù)原。對(duì)各個(gè)軌道上電子的加合即為該軌道上的電子總數(shù)，例如對(duì)O的1S軌道進(jìn)行加合。對(duì)于OH的重疊電子密度，則需要考慮所有O和H軌道有重疊的電子數(shù)目。 注意，在計(jì)算IR的時(shí)候，但在實(shí)際計(jì)算的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，才能夠順利開始計(jì)算體系的IR值。此方法計(jì)算量較小，但是可能導(dǎo)致能量和其導(dǎo)數(shù)的不連續(xù)性。甚至在電中性的物種中也存在點(diǎn)電荷，例如水分子。要了解到這一點(diǎn)，可以參看如下事實(shí)：兩個(gè)單極，在10A的位置上其相互作用大約為33Kcal；而對(duì)于由單位單極分離1A所形成的兩個(gè)偶極。這就不是忽略了相對(duì)較小的偶極偶極相互作用，而是人為引入了作用較大的單極單極相互作用。Charge Group之間的距離為一個(gè)官能團(tuán)中心到另一個(gè)官能團(tuán)中心的距離R，Cutoff設(shè)置與Atom Based相類戲。然而，此方法放也可以用于無(wú)定形固體和溶液體系。例如對(duì)于聚硅氧烷無(wú)定性體系，在邊長(zhǎng)為29X29X29，密度為1的盒子中有20個(gè)聚硅氧烷分子，使用Discover進(jìn)行Dynamics計(jì)算。由此可知，方程HΨ=EΨ中的本征值E的本征函數(shù)u必定是該晶體所屬空間群的不可約表示的基函數(shù)。這也就是SCF設(shè)置中Empty Band的來(lái)源，該項(xiàng)設(shè)置將直接影響到SCF計(jì)算的速度和準(zhǔn)確性，并影響得到的Hamilton矩陣。Q45：CASTEP中如何控制能帶結(jié)構(gòu)的精細(xì)程度？A45：在Castep中，通過(guò)在Electronic中設(shè)置Kpoints參數(shù)，對(duì)整個(gè)體系的BZ采樣進(jìn)行控制，設(shè)置的K點(diǎn)數(shù)目越多，SCF計(jì)算的結(jié)果越準(zhǔn)確。注意，精確到小數(shù)點(diǎn)后15位。對(duì)于非線性限制，如距離、角度、扭轉(zhuǎn)角，則需要先定義，然后在Modify中選擇Fix。 然后，在Materials Studio軟件左側(cè)的Projects Explorer中，單擊右鍵選擇Refresh，會(huì)出現(xiàn)剛才我們看到的兩個(gè)文件。 最后，在界面上單擊右鍵，選擇Display Style，在Isosurface中的Mapped Field改為DMol3 HOMO，給等密度