基因芯片數(shù)據(jù)分析-全文預(yù)覽
【正文】 Marginal） 定量信息提?。夯谔结樇瘏R總后的基因水平的熒光信號(hào)強(qiáng)度值 數(shù)據(jù)過濾 數(shù)據(jù)過濾的目的是去除表達(dá)水平是負(fù)值或很小的數(shù)據(jù)、或者明顯的噪聲數(shù)據(jù)。染色互換實(shí)驗(yàn) (dyeswap experiment ) 的標(biāo)化 實(shí)驗(yàn)組 對(duì)照組 芯片 1 cy5(R) cy3(G’) 芯片 2 cy3(G) cy5(R’)n 前提假設(shè)： c︽ c’n 方法 : 提取定性信號(hào)(1)對(duì)每個(gè)探針對(duì)計(jì)算 R R = (PM MM) / (PM + MM)(2)比較 R與定義的閾值 Tau(小的正值，默認(rèn)值為 ).(3) 單側(cè)的 Wilcoxon’s Signed Rank test產(chǎn)生 p值，根據(jù) p值定義定量信號(hào)值 Present call Marginal call Absent call (四 ) Affymetrix芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化提取定量信號(hào)(1)分析步驟n 獲取探針?biāo)綌?shù)據(jù)n 背景值效正n 標(biāo)準(zhǔn)化處理n 探針特異背景值效正n 探針集信號(hào)的匯總(2)分析方法M = log2R log2GA = (log2R + log2G)/2 前面提及的標(biāo)準(zhǔn)化方法僅效正了數(shù)據(jù)分布的中心，在不同的柵格間logRatios 的方差也不同。n Ⅱ 型錯(cuò)誤（假陰性）即不拒絕實(shí)際上不正確的，即將有差異表達(dá)的基因判斷為無差異表達(dá)。(二 ) 分析步驟n 計(jì)算統(tǒng)計(jì)量n 擾動(dòng)實(shí)驗(yàn)條件，計(jì)算擾動(dòng)后的基因表達(dá)的相對(duì)差異統(tǒng)計(jì)量n 計(jì)算擾動(dòng)后的平均相對(duì)差異統(tǒng)計(jì)量n 確定差異表達(dá)基因閾值：以最小 的正值和最大的負(fù)值作為統(tǒng)計(jì)閾 值，運(yùn)用該閾值，統(tǒng)計(jì)在值中超 過該閾值的假陽性基因個(gè)數(shù)，估 計(jì)假陽性發(fā)現(xiàn)率 FDR值。n 在對(duì)含非單獨(dú)對(duì)象的類進(jìn)行合并或分裂
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