基因芯片數(shù)據(jù)分析(已修改)
2025-01-06 08:29 本頁(yè)面
【正文】 第七章 基因芯片數(shù)據(jù)分析Microarray Data Analysis 第一節(jié) 第一節(jié) 芯片平臺(tái)及數(shù)據(jù)庫(kù)芯片平臺(tái)及數(shù)據(jù)庫(kù) (General Microarray Platform and Database )一、 cDNA微陣列芯片 寡核苷酸芯片類似于 cDNA芯片，但是在探針的設(shè)計(jì)上優(yōu)于 cDNA芯片，它的探針并不是來(lái)源于 cDNA克隆，而是預(yù)先設(shè)計(jì)并合成的代表每個(gè)基因特異片段的約 50mer左右長(zhǎng)度的序列，然后將其點(diǎn)樣到特定的基質(zhì)上制備成芯片，從而克服了探針序列太長(zhǎng)導(dǎo)致的非特異性交叉雜交和由于探針雜交條件變化巨大導(dǎo)致的數(shù)據(jù)結(jié)果的不可靠。 二、寡核苷酸芯片 五、基因表達(dá)倉(cāng)庫(kù) Gene Expression Omnibus， GEO六、斯坦福微陣列數(shù)據(jù)庫(kù) The Stanford Microarray Database， SMD 第二節(jié) 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理(General Microarray Data Type and Database )一、基因芯片數(shù)據(jù)提取與過(guò)濾(一 ) cDNA微陣列芯片(二 ) Affymetrix公司的原位合成芯片定性信息提?。?P/A/M(Present/Absent/Marginal） 定量信息提取：基于探針集匯總后的基因水平的熒光信號(hào)強(qiáng)度值 數(shù)據(jù)過(guò)濾 數(shù)據(jù)過(guò)濾的目的是去除表達(dá)水平是負(fù)值或很小的數(shù)據(jù)、或者明顯的噪聲數(shù)據(jù)。n 過(guò)閃耀現(xiàn)象 n 物理因素導(dǎo)致的信號(hào)污染 n 雜交效能低n 點(diǎn)樣問(wèn)題n 其它二、數(shù)據(jù)補(bǔ)缺(一 )數(shù)據(jù)缺失類型n 非隨機(jī)缺失 基因表達(dá)豐度過(guò)高或過(guò)低n 隨機(jī)缺失 與基因表達(dá)豐度無(wú)關(guān)，數(shù)據(jù) 補(bǔ)缺主要針對(duì)隨機(jī)缺失情況(二 )數(shù)據(jù)補(bǔ)缺方法簡(jiǎn)單補(bǔ)缺法nmissing values = 0 expressionnmissing values = 1 expression (arbitrary signal)nmissing values = row (gene) averagenmissin
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