【正文】 ................................................................. 4 使用 mpich2 運(yùn)行并行程序 ........................................................................ 5 使用 mvapich2 運(yùn)行并行程序 ..................................................................... 5 使用 intelmpi 運(yùn)行并行程序 ....................................................................... 6 命令 行使用作業(yè)調(diào)度 ........................................................................................... 8 PBS 的基本命令 .......................................................................................... 8 查詢隊(duì)列信息 ............................................................................................ 8 查詢節(jié)點(diǎn)信息 pestat ................................................................................. 9 查詢作業(yè)運(yùn)行狀態(tài) ................................................................................... 10 刪除作業(yè) ................................................................................................. 11 作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)使用舉例 ............................................................................ 11 web 版使用作業(yè)調(diào)度 .......................................................................................... 14 登陸 gridview ........................................................................................... 14 作業(yè) portal 提交 ....................................................................................... 14 作業(yè)管理 ................................................................................................. 22 統(tǒng)計(jì)視圖 ................................................................................................. 27 VNC 管理 .................................................................................................. 31 VNC 登錄 .................................................................................................. 33 3 附錄一 ——Linux 常用命令 ........................................................................................... 35 瀏覽目錄命令 ................................................................................................... 35 瀏覽文件命令 ................................................................................................... 35 目錄操作命令 ................................................................................................... 36 文件操作命令 ................................................................................................... 37 查找類命令 ....................................................................................................... 38 用法幫助命令 ................................................................................................... 39 打包、解包，壓縮、解壓縮命令 ....................................................................... 40 時(shí)間相關(guān)命令 ................................................................................................... 41 系統(tǒng)信息類命令 ................................................................................................ 42 網(wǎng)絡(luò)通訊類命令 .............................................................................................. 43 軟件包管理命令 .............................................................................................. 44 編輯器命令（ vim） ......................................................................................... 45 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（北京）有限公司 4 用戶管理命令 .................................................................................................. 47 用戶組管理命令 .............................................................................................. 47 輸入 /輸出重定向與管道命令 ........................................................................... 48 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 1 1 系統(tǒng) 概況 系統(tǒng)共包含 7 臺 CB60G15（雙路刀片）計(jì)算節(jié)點(diǎn)， 2 臺 A840G10 服務(wù)器，以及一臺I620G10 服務(wù)器作為管理登錄節(jié)點(diǎn)。若 保密級別 為“公開 發(fā)布 ”， 基數(shù)為 100；若 保密級別 為“內(nèi) 部資料 ”， 基數(shù)為 1000；若 保密級別 為“核 心資料 ”， 基數(shù)為 10000. 6. 對 丼報(bào)侵權(quán)行為、提供有價(jià)值證據(jù)的自然人或法人 ， 作者 承諾 獎(jiǎng)勵(lì)案件實(shí)際賠償金的 50%. 7. 作 者丌保證 文檔 內(nèi)容的正確性 。 使用 過程中丌得對本文檔作仸何增減編輯，引用時(shí)需注明出處。 3. 若本 文檔 的 保密級別 為“公開 發(fā)布 ” ，允許學(xué)術(shù) 使 用，未經(jīng)作者書面 授 權(quán)，禁止 商業(yè) 使用 。 2. 本文檔的所有權(quán)利歸作者所有，作者保留所有權(quán)利。 4. 對 本文檔的使用形式包括但丌限于 存 儲、出版、復(fù)制、傳播、展示、引用、編輯。 5. 實(shí)施仸何侵權(quán) 行 為的法人或自然人都必須向作者支付賠償金，賠償金計(jì)算方法為： 賠償金 = 涉案人次 涉案時(shí)長（天） 涉案文檔份數(shù) 受眾人次 基 數(shù) 1元人民幣 ， 涉案人次、涉案時(shí)長、涉案文檔仹數(shù)、受眾人次小于 1 時(shí)，按 1 計(jì)算 。 9. 本文檔所列丼法律條款的最終解釋權(quán)歸作者所有。 2 使用集群進(jìn)行計(jì)算業(yè)務(wù) 系統(tǒng)登陸 登陸 IP 地址 管理登陸節(jié)點(diǎn) login 配置有園區(qū)網(wǎng)絡(luò)地址 和 ， 用戶可以通過多種登錄方式登錄集群系統(tǒng)。 Linux 操作系統(tǒng)直接使用命令 scp filename testip:/home/test 圖形界面登錄 遠(yuǎn)程圖形界面登錄推薦采用 VNC 方式。 編譯、安裝 OpenMPI 示例 以 OpenMPI 為例： $ tar zxvf $ cd $ ./configure prefix=/public/software/mpi/openmpi16intel enablempirunprefixbydefault withoutpsm CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort $ make j 8 amp。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 4 手動運(yùn)行程序 運(yùn)行串行程序 方法一 cd /home/your_account/your_workdir ./your_code 方法二 cd $HOME vi .bashrc 添加 export PATH=/home/your_account/your_workdir:$PATH 執(zhí)行命令 your_code 使用 openmpi 運(yùn)行并行程序 編譯 MPI 程序 OpenMPI 提供了 C/C++， Fortran 等語言的 MPI 編譯器，如下表所示： 語言類型 MPI編譯器 C mpicc C++ mpicxx Fortran77 mpif77 Fortran90 mpif90 MPI 編譯器是對底層編譯器的一層包裝，通過 show 參數(shù)可以查看實(shí)際使用的編譯器。 運(yùn)行 MPI 程序 MVAPICH2 提供了兩種進(jìn)程管理器： mpirun_rsh/mpispawn 方式和 mpiexec/Hydra 方式。 2. Hydra 方式 launcher ssh f hosts n 4 [env ENV value]./program ? launcher ssh/rsh：指定啟動遠(yuǎn)程任務(wù)的方式，默認(rèn) ssh ? f hosts：格式同 MPICH2 相同， node name:proc num ? n 4：指定進(jìn)程數(shù) ? env ENV=value：設(shè)置運(yùn)行環(huán)境變量 使用 intelmpi 運(yùn)行并行程序 編譯 MPI 程序 IntelMPI 提供了非常完整的 MPI 編譯器，如下表所示： MPI編譯器 編譯器說明 mpicc， mpigcc 使用 gcc 編譯 C 語言 mpicxx， mpigxx 使用 g++編譯 C++語言 mpif77 使用 g77 編譯 Fortran77 語言 mpif90 使用 gfortran 編譯 Fortran90 語言 mpifc 使用 gfortran 編譯 Fortran77/90 語言 mpiicc 使用 icc 編譯 C 語言，推薦使用 mpiicpc 使用 icpc 編譯 C++語言，推薦使用 mpiifort 使用 ifort 編譯 Fortran 語言，推薦使用 可通過 mpiicc show 來查看具體的編譯器信息： $ mpiicc show icc ldl I/public/software/intel/impi/L/public/software/intel/impi/enablenewdtags Xlinker rpath Xlinker