【正文】 3 附錄 一 ——Linux 常用命令 瀏覽目錄命令 用戶使用命令行所做的大部分工作是用來定位、列出、創(chuàng)建以及刪除文件和目錄，下面列舉最為常用的。 2． 每個(gè)集群只能打開一個(gè) VNC 會(huì)話 。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。右側(cè)窗口允許同時(shí)打開多個(gè) VNC 會(huì)話的 Tab 頁。 24 VNC 登錄初始頁面 分為兩部分： 1．集群列表樹 位于頁面的左側(cè)，每一個(gè)葉子節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)集群。 24 所示 。 “ VNC 登錄”包含的功能主要是打開一個(gè)到某個(gè)集群管理節(jié)點(diǎn)的 VNC會(huì)話。 注意：如果被刪除的會(huì)話正在被用戶打開使用，刪除之后那些打開的 VNC 窗口會(huì)被關(guān)閉，并且提示網(wǎng)絡(luò)錯(cuò)誤。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 34 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。這時(shí)，界面彈出如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果在已經(jīng)有一個(gè)會(huì)話在“ VNC 打開” Tab 頁中顯示，則再在“ VNC 管理”中選擇一個(gè)會(huì)話打開的話，原有 Tab 頁中只會(huì)顯示最新的會(huì)話窗口。如果選擇多個(gè)打開，則界面會(huì)提示錯(cuò)誤。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 Root 和 Gridview 管理員可以查詢或者打開所有的 VNC 會(huì)話，而普通用戶僅能查詢和打開自身的 VNC 會(huì)話。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 33 位于頁面右側(cè)的表格區(qū)域，顯示 VNC 會(huì)話 信息，包括“ 會(huì)話編號(hào) ”、“集群名稱”、 “ 所有者 ”、“ 會(huì)話大小 ” 、“關(guān)聯(lián)作業(yè)號(hào)” 和“ 創(chuàng)建時(shí)間 ” 等字段。 21 VNC 管理頁面 VNC 管理頁面可以分為如下的幾個(gè)部分： 位于頁面最上方，工具欄上有“打開會(huì)話 ”、“ 刪除會(huì)話 ”、“修改隊(duì)列”和“刪除隊(duì)列”四種操作 。 單擊“作業(yè)調(diào)度” ”VNC 管理 ”菜單項(xiàng)，即可打開“ VNC 管理”頁面，如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 不同的是， root 和Gridview 管理員可以查詢和打開所有用戶的 VNC 會(huì)話，而普通用戶僅能查看和打開自身 VNC 會(huì)話。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 32 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 18 隊(duì)列運(yùn)行作業(yè)數(shù)限額 ? 作業(yè)核心數(shù)限額 本 Dashboard 呈現(xiàn)各個(gè)隊(duì)列的核心數(shù)限額和隊(duì)列的統(tǒng)計(jì)。如果按照隊(duì)列的作業(yè)限額排序。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 16 隊(duì)列作業(yè)統(tǒng)計(jì) ? 用戶作業(yè) 本 Dashboard 按照用戶呈現(xiàn)其作業(yè)狀態(tài)分布情況。如果包含作業(yè)的隊(duì)列數(shù)超過 5 個(gè)，則只顯示作業(yè)數(shù)最多的前 5 個(gè)。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 30 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。見 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。狀態(tài)的含義參考 錯(cuò)誤 !未找到引用源。 13 作業(yè)狀態(tài)統(tǒng)計(jì) ? 節(jié)點(diǎn)狀態(tài) 本 Dashboard 對全體計(jì)算節(jié)點(diǎn)按照狀態(tài)統(tǒng)計(jì)節(jié)點(diǎn)數(shù)。統(tǒng)計(jì)的狀態(tài)包括：“運(yùn)行”、“排隊(duì)”、“保留”、“掛起”，除此之外都?xì)w入“其它”狀態(tài)。 目前提供了 8 個(gè) dashboard 視圖，分別是：“作業(yè)狀態(tài)”、“節(jié)點(diǎn)狀態(tài)”、“當(dāng)前用戶資源限額”、“隊(duì)列作業(yè)”、“用戶作業(yè)”、“隊(duì)列運(yùn)行作業(yè)數(shù)限額”、“隊(duì)列核心數(shù)限額”、“最近 30 天歷史作業(yè)”。目前僅有一條記錄，即“作業(yè)調(diào)度統(tǒng)計(jì)視圖”。 ? 視圖列表 位于“工具欄”下方的左側(cè)部分。 12 作業(yè)調(diào)度統(tǒng)計(jì)視圖 本頁面主要分為如下的幾個(gè)區(qū)域： ? 工具欄 位于本頁面的最上方，工具欄上有“手動(dòng)刷新”、“刷新設(shè)置 ”、“ 自動(dòng)刷新 ” 三個(gè)控件。 12 所示。 “統(tǒng)計(jì)視圖”以 Dashboard 的形式呈現(xiàn)作業(yè)系統(tǒng)的各種統(tǒng)計(jì)信息，讓用戶對于系統(tǒng)的運(yùn)行狀態(tài)一目了然。由于該功能是暴力刪除作業(yè)并且不能恢復(fù)，所以不建議用戶直接應(yīng)用該命令。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 28 刪除作業(yè) 在作業(yè)管理頁面的表格中選擇要?jiǎng)h除的一個(gè)或多個(gè)作業(yè)， 單擊 工具欄中的“刪除作業(yè)”按鈕即可實(shí)現(xiàn)刪除操作。 11 VNC 查看界面 注意： 1． 被喚醒的作業(yè)不計(jì)入作業(yè)總數(shù)中。 6． VNC 查看 當(dāng)單擊 VNC 查看時(shí)將出現(xiàn)如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 4． 恢復(fù)作業(yè) 只能對掛起狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行恢復(fù)操作，操作成功后作業(yè)會(huì)進(jìn)入運(yùn)行狀態(tài)。 3． 掛起作業(yè) 只能對運(yùn)行狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行掛起操作，操作成功后作業(yè)會(huì)進(jìn)入掛起狀態(tài)。 2． 釋放作業(yè) 只能對保留狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行釋放操作，釋放成功后作業(yè)會(huì)進(jìn)入排隊(duì)狀態(tài)。 10 作業(yè)控 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 27 制下拉菜單 目前支持的控制操作包括： 1． 保留作業(yè) 只能對排隊(duì)狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行保留操作，操作成功后作業(yè)會(huì)進(jìn)入保留狀態(tài)。 10 所示的下拉菜單， 單擊 相應(yīng)的控制動(dòng)作，即可完成對作業(yè)指定的操作。 作業(yè)控制 作業(yè)控制包括保留作業(yè)、釋放作業(yè)、掛起作業(yè)、恢復(fù)作業(yè)、 重新運(yùn)行作業(yè) 和 VNC 查看六 種操作。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 26 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果將列屬性名前的復(fù)選框選中，則該列屬性會(huì)出現(xiàn)在表格的表頭中。 查詢到的作業(yè)以表格形式展現(xiàn)在頁面主區(qū)域部分，表格的列是作業(yè)的屬性，默認(rèn)只顯示顯示作業(yè)的部分屬性，可 單擊 任何一列的表頭對顯示進(jìn)行設(shè)置，例如，將鼠標(biāo)挪動(dòng)到“作業(yè)編號(hào)”一列，再 單擊該列上出現(xiàn)的下拉三角形 ，則可看到可設(shè)置的屬性，鼠標(biāo)挪動(dòng)到“列”，則顯示列屬性：作業(yè)編號(hào)、作業(yè)名、集群名稱等等，如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 8 創(chuàng)建時(shí)間選擇輸入框 如果不設(shè)置任何查詢條件，直接 單擊 “開始查詢”按鈕，則查詢出所有的作業(yè)。按創(chuàng)建時(shí)間查詢會(huì)查詢在該創(chuàng)建時(shí)間之后所創(chuàng)建的所有作業(yè)信息。 ? 創(chuàng)建時(shí)間 單擊“創(chuàng)建時(shí)間晚于”輸入框右端的按鈕會(huì)彈出如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 7 所示的狀態(tài)選擇框。 6 查詢作業(yè)工具欄 ? 作業(yè)名 按作業(yè)名查詢?yōu)槟：ヅ洳樵儭Ｓ脩糨斎雴蝹€(gè)或者多個(gè)相應(yīng)的查詢條件后， 單擊 查詢按鈕即可完成對作業(yè)的單一或組合查詢。 查詢作業(yè) 在作業(yè)管理頁面的工具欄中提供了作業(yè)查詢的各種條件（包括作業(yè)名、作業(yè)狀態(tài)、作業(yè)所有者、作業(yè)創(chuàng)建時(shí)間），如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。在文本框中輸入 10300 之間的整數(shù)， 單擊 確定按鈕，則自動(dòng)刷新的時(shí)間間隔將設(shè)置為新輸入的值。單擊工具欄 上的刷新間隔按鈕，會(huì)彈出如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。若取消工具欄上的 復(fù)選框中的“√”，則作業(yè)管理頁面停止自動(dòng)查詢作業(yè)信息。用戶可以設(shè)置查詢條件，然后 單擊 “開始查詢”按鈕進(jìn)行查詢滿足特定條件的作業(yè)； ? 查詢結(jié)果顯示區(qū) 位于頁面中央的表格區(qū)域。 本頁面 主要分為 如下的幾 個(gè)區(qū)域 ： 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 二、 serial portal 配置 serial portal 的 setting 文件為 $HOME/.clusportal/，其標(biāo)準(zhǔn)配置以及配置說明如下所示： run setting prog_default=hostname 設(shè)置默認(rèn)的執(zhí)行程序 /命令為 hostname prog_list=hostname: 設(shè)置可選的程序 /命令列表，需要將前述默認(rèn)值包含，且多個(gè)程序 /命令以冒號(hào)分隔 ? mpi portal 配置 mpi portal的 setting文件為 $HOME/.clusportal/ ，其標(biāo)準(zhǔn)配置以及配置說明如下所示： run setting mpi_default=openmpi 設(shè)置默認(rèn)的 mpi mpi_list=openmpi:intelmpi 設(shè)置可選的 mpi 列表，需要將前述默認(rèn)值包含，且多 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 22 :mvapich2:mpich2:cr_mpi 個(gè) MPI 間以冒號(hào)分隔 runfile setting openmpi_ENVFILE=/public/software/ 設(shè)置 openmpi 的環(huán)境變量配置文件 intelmpi_ENVFILE=/public/software/.sh 設(shè)置 intelmpi 的環(huán)境變量配置文件 mpich2_ENVFILE=/public/software/ 設(shè)置 mpich2 的環(huán)境變量配置文件 mvapich2_ENVFILE=/public/software/ 設(shè)置 mvapich2 的環(huán)境變量配置文件 作業(yè)管理 功能概述 Root、 Gridview 管理員 和 普通用戶均可用。 本 Portal 安裝后提供基本的 MPI 版本 CPI 可進(jìn)行測試，用戶也可瀏覽選擇集群中的其他 MPI 程序。 開啟這兩個(gè)選項(xiàng)通?？梢蕴岣?MPI 程序的運(yùn)行速度。 Commucation 多節(jié)點(diǎn)并行任務(wù)，節(jié)點(diǎn)之間數(shù)據(jù)交換采用何種網(wǎng)絡(luò)。 Remote Shell 多節(jié)點(diǎn)并行任務(wù)， MPI 初始化并行環(huán)境時(shí)，節(jié)點(diǎn)之 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 21 參數(shù)名稱 配置說明 間的訪問模式。 圖 53 MPI 應(yīng)用 portal 頁面 參數(shù)設(shè)置參考 serial portal，以下僅列出不同的參數(shù)。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 20 (二 ) MPI MPI(Message Passing Interface)是并行程序使用最 為廣泛的程序設(shè)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)，可以支持大規(guī)模多節(jié)點(diǎn)并行 。 進(jìn)入“作業(yè)調(diào)度 ?作業(yè)管理”，查看或更改作業(yè)運(yùn)行狀態(tài)，查看計(jì)算結(jié)果。 Post Commands 如果在 mpirun 命令運(yùn)行結(jié)束之后需要做后處理操作，可在此處設(shè)置相關(guān)命令參數(shù)，命令行格式必須遵循bash 腳本規(guī)范。 Pre Commands 如果運(yùn)行 mpirun 命令之前需要做前處理操作，可在此處設(shè)置相關(guān)命令參數(shù)，命令行格式必須遵循 bash腳本規(guī)范。這類參數(shù)的行首必須包含“ PBS”關(guān)鍵字，將被加到 PBS 腳本文件的開始處。 Internal：設(shè)定保存斷點(diǎn)狀態(tài)的時(shí)間間隔； ClusNap默認(rèn)僅保留最新 的兩個(gè)斷點(diǎn)狀態(tài)。 Checkpoint/Restart Parameters ：如果部署了ClusNap 集群容錯(cuò)系統(tǒng)，對于關(guān)鍵任務(wù)可選擇啟用CheckPoint/Restart 模式，將程序的內(nèi)存狀態(tài)定期保存為斷點(diǎn)文件。 Output File 計(jì)算過程中的標(biāo)準(zhǔn)輸出和標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤輸出信息，將被重定向保存為文件。 Arguments 如果應(yīng)用程序運(yùn)行時(shí)需要提供自定義的參數(shù)，請?jiān)诖溯斎搿? Manage Job File 啟動(dòng) WinSCP 程序上傳 /下載計(jì)算任務(wù)的輸入輸出文件。 Queue 本次計(jì)算任務(wù)將使用的工作隊(duì)列，可按照系統(tǒng)管理員提供的隊(duì)列進(jìn)行選擇。因此請合理預(yù)估WallTime 的長短。 Wall Time 本次計(jì)算任務(wù)預(yù)計(jì)將運(yùn)行多長時(shí)間。 Job Schedule Parameters Nnodes 本次計(jì)算任務(wù)需要使用多少個(gè)節(jié)點(diǎn) ， serialportal中只能選 1，其它并行 portal可按照用戶主觀進(jìn)行選擇，數(shù)量不能大于計(jì)算節(jié)點(diǎn)數(shù)量。本次計(jì)算任務(wù)結(jié)束之后，將按照 “CPU 并行數(shù) *實(shí)際運(yùn)行時(shí)間 ”扣除相應(yīng)的機(jī)時(shí)配額。 ClusQuotaCPU Time 如果部署了 ClusQuota 集群資源配額計(jì)費(fèi)系統(tǒng)，將顯示您 目前可 用的機(jī) 時(shí)配額 ，計(jì)量 單位為“CPU*Hours”。 相關(guān)選項(xiàng)、狀態(tài)說明： 表 5 1Serialportal 參數(shù)說明表 參數(shù)名稱 配置說明 Queue Status 顯示 當(dāng)前集群上的工作隊(duì)列及其可用資源。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 16 圖 51 MPI portal 解析結(jié)果示例 詳細(xì) 使用 說明 (一 ) Serial 進(jìn)入“作業(yè)調(diào)度 ?Portal 提交”，將在瀏覽器中打開新的 tab，單擊serial 即可展開 serial portal，如果需要進(jìn)入其他 portal，只需點(diǎn)擊相應(yīng)的 portal 名稱： 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 17 圖 52 Serial 應(yīng)用 portal 頁面 Serial 是 GridviewClusportal 最基本的 portal，可以支持串行程序和 openmp 程序的作業(yè)提交運(yùn)行，并支持 vnc 的圖形作業(yè)， 支持clusnap 的自動(dòng) checkpoint 功能 。 ? porta