【正文】 ? portal 提交 雙擊某一個可用的應(yīng)用 portal（即樹的葉子節(jié)點）時，頁面右側(cè)區(qū)域會顯示該應(yīng)用 portal的解析 結(jié)果，如 圖 51所示 ，它是 MPI portal解析結(jié)果 的示例， 用戶可填寫或選擇各項描述信息的值，然后 單擊提交按鈕即可提交作業(yè) 。 作業(yè) portal 提交 功能入口 登錄 系統(tǒng) 后， 進入系統(tǒng)主頁面，單擊主菜單中的“ 作業(yè)調(diào)度 ”，即可看到作業(yè)調(diào)度的子菜單，包括“ Portal 提交”、“作業(yè)管理 ” 、“模板提交”、“統(tǒng)計視圖”、“歷史作業(yè)”、“作業(yè)記賬”、“管理功能”和“ VNC集成” 8 個子菜單，其中“管理功能”子菜單中包含了 “隊列管理”、“用戶設(shè)置”、“節(jié)點管理”、“ License 管理”，“模板管理”和“調(diào)度器管理”，“ VNC 集成”子菜單中包含了“ VNC 登錄”和“ VNC 管理” 。1 | tee a echo end time is `date` | tee a web 版使用 作業(yè)調(diào)度 登陸 gridview 作在 WEB 瀏覽器地址欄中輸入以下 URL： IP:6080/gridview_portal 出現(xiàn)登錄界面后，使用你的用戶名賬戶登入，在 Gridview 的“作業(yè)調(diào)度”界面就可以進行相關(guān)查詢和操作。 printf(%d %s\n,core[count],prog)}39。icount。 END {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 count=1。 printf(%d %s\n,core[count],prog)。icount。 $1!=node {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 $1==node {count++。 core[count]=$2。NR==1 {node=$1。\n 39。+/39。{print $3}39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` n $NP launcher ssh f $PBS_NODEFILE cpi 2amp。1 | tee a echo end time is `date` | tee a ? mvapich2 MVAPICH2 示例腳本： PBS N mvapich2 PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` mpirun np $NP hostfile $PBS_NODEFILE mca orte_rsh_agent ssh mca btl self,openib,sm ./program 2amp。 示例 OpenMPI 腳本： PBS N openmpi PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。 PBS q serial 表示提交到集群上的 serial 隊列。d Req39。p s39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` mpirun np $NP hostfile $PBS_NODEFILE mca orte_rsh_agent ssh mca btl self,openib,sm ./program 2amp。 qsub 用戶運行程序的命令及 PBS 環(huán)境變量設(shè)置組成 PBS 作 業(yè)腳本，提交格式如下： 注釋 ,以“ ”開頭 PBS 指令 ,以“ PBS”開頭 示例 OpenMPI 腳本： PBS N openmpi PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。 下面分別介紹： 1. mpirun_rsh 命令 $ mpirun_rsh rsh np 4 hostfile hosts [ENV=value] ./program 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 16 ? rsh 或 ssh：指定使用 rsh 或 ssh 通信（默認 ssh） ? np：進程數(shù)， hostfile 文件格式與 MPICH2 相同（ np 和 hostfile 是必備選項，不可缺少 ） ? ENV=value 設(shè)置運行環(huán)境變量，如網(wǎng)絡(luò)選擇，進程綁定等，見下文。其中 mpirun_rsh/mpispawn 方式啟動速度更快，支持集群規(guī)模更大， 但容易出現(xiàn)任務(wù)意外終止后計算節(jié)點存在僵尸進程的情況發(fā)生。編譯程序示例： source /public/software/mpicc o hello mpif90 o hello 運行 MPI 程序 MPICH2 默認使用 hydra 進程管理器，使用 mpiexec 啟動 MPI 進程（無 mpirun），命令格式如下： $ mpiexec f hostfile n 6 ./program hostfile 文件格式如下： node1:4 node name:number of cores node2:4 遠程節(jié)點訪問協(xié)議選擇： MPICH2 默認使用 ssh，也可選擇使用 rsh， fork， slurm 等，利用 launcher 選項進行設(shè)置： $ mpiexec launcher rsh f hostfile n 6 ./program 使用 mvapich2 運行并行程序 編譯 MPI 程序 $ source /public/software/$ mpicc o hello $ mpif90 o hello MVAPICH2 編譯 C、 C++、 Fortran77 和 Fortran90 的編譯器分別為 mpicc,mpicxx,mpif70 和mpif90。比如： $ mpicc show icc I/public/software/mpi/openmpi16intel/include pthread L/public/software/mpi/openmpi16intel/lib lmpi ldl lm lnuma Wl,exportdynamic lrt lnsl lutil 編譯程序示例： $ source /public/software/$ mpicc o hello $ mpif90 o hello 運行 MPI 程序 OpenMPI 使用自帶的 OpenRTE 進程管理器，啟動命令為 mpirun/mpiexec/orterun，基本格式如下： 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 15 $ mpirun np N hostfile filename program ? np N：運行 N 個進程 ? hostfile：指定計算節(jié)點，文件格式如下： node1 slots=8 node2 slots=8 slots=8 代表可在該節(jié)點上執(zhí)行 8 個進程，也可將 node1 和 node2 分別寫 8 行。 2. 執(zhí)行 OpenMPI 安裝目錄 $MPI_HOME/bin 下的 ompi_info 命令，可查詢當(dāng)前 OpenMPI配置信息。amp。在 WEB 瀏覽器的地址欄中輸入以下 URL 即可出現(xiàn)登錄界面： 登錄節(jié)點 IP 地址 :6080/gridview_portal 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 13 登入后，如果部分圖表顯示不正常，請為瀏覽器安裝 FLASH 插件。第一次使用 VNC 登錄前，需要先以命令行終端方式登錄到集群登錄節(jié)點，執(zhí)行 vncserver 命令，會提示用戶輸入 VNC 登錄密碼，輸入后會得到一個 VNC 會話，一般是“主機名 :VNC 會話號”格式，如“ console:4”。 Linux 用戶可以直接在 命令行 終端中 執(zhí)行 ssh 命令進行登錄 ： $ ssh username登錄節(jié)點 IP地址 文件上傳下載 Windows 用戶 可以用 SSH Secure Shell Client， winscp 等 軟件實現(xiàn)文件的上傳下載。 命令行終端登錄 Windows 用戶 可以用 SSH Secure Shell Client， PuTTY， SecureCRT 等 SSH 客戶端軟件登錄。 ? 系統(tǒng)共用 1 個機柜、系統(tǒng)峰值功耗約為 15kW。用戶可通過 IP 地址 實現(xiàn) Web 訪問。 ? 系統(tǒng)配備 1 臺 IO 存儲服務(wù)節(jié)點， 存儲裸容量為 12TB。 ? GPGPU 計算系統(tǒng)共有 2 臺曙光 W580I， GPU 雙精度浮點峰值達到 萬億次 /秒。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（北京）有限公司 1 上海 交大生命學(xué)院 高性 能 集群 管理員 手冊 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（北京）有限公司 2 目錄 1 系統(tǒng)資源 ...................................................................................................................... 1 系統(tǒng)概況 ............................................................................................................ 1 系統(tǒng)拓撲圖 ......................................................................................................... 2 機柜擺放圖 ......................................................................................................... 3 網(wǎng)絡(luò)連接拓撲圖 .................................................................................................. 4 節(jié)點主機名與 IP 地址 .......................................................................................... 5 共享存儲 ............................................................................................................ 5 軟件資源列表 ..................................................................................................... 6 作業(yè)隊列設(shè)置 ................................................................................................... 10 2 使用集群進行計算業(yè)務(wù) ....................................