【正文】 的 保密級(jí)別 為“核 心資料 ”， 未經(jīng)作者書面 授 權(quán)，禁止仸何形式的使用 。學(xué)術(shù) 使用 是指以 技術(shù) 交流 或 學(xué)術(shù)研究為 目 的的使用。 8. 涉及本文檔的法律糾紛由作者所在地法院 裁決。用戶可通過 IP地址實(shí)現(xiàn) Web 訪問。 Linux 用戶可以直接在 命令行 終端中 執(zhí)行 ssh 命令進(jìn)行登錄 ： $ ssh username登錄節(jié)點(diǎn) IP地址 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 2 文件上傳下載 Windows 用戶 可以用 SSH Secure Shell Client， winscp 等 軟件實(shí)現(xiàn)文件的上傳下載。在 WEB 瀏覽器的地址欄中輸入以下 URL 即可出現(xiàn)登錄界面： 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 3 登彔節(jié)點(diǎn) IP 地址 :6080/gridview_portal 登入后，如果部分圖表顯示不正常，請(qǐng)為瀏覽器安裝 FLASH 插件。 2. 執(zhí)行 OpenMPI 安裝目錄 $MPI_HOME/bin 下的 ompi_info 命令，可查詢當(dāng)前 OpenMPI配置信息。編譯程序示例： source /public/software/mpicc o hello mpif90 o hello 運(yùn)行 MPI 程序 MPICH2 默認(rèn)使用 hydra 進(jìn)程管理器，使用 mpiexec 啟動(dòng) MPI 進(jìn)程（無(wú) mpirun），命令格式如下： $ mpiexec f hostfile n 6 ./program hostfile 文件格式如下： node1:4 node name:number of cores node2:4 遠(yuǎn)程節(jié)點(diǎn)訪問協(xié)議選擇： MPICH2 默認(rèn)使用 ssh，也可選擇使用 rsh， fork， slurm 等，利用 launcher 選項(xiàng)進(jìn)行設(shè)置： $ mpiexec launcher rsh f hostfile n 6 ./program 使用 mvapich2 運(yùn)行并行程序 編譯 MPI 程序 $ source /public/software/$ mpicc o hello $ mpif90 o hello MVAPICH2 編譯 C、 C++、 Fortran77 和 Fortran90 的編譯器分別為 mpicc,mpicxx,mpif70 和mpif90。 下面分別介紹： 1. mpirun_rsh 命令 $ mpirun_rsh rsh np 4 hostfile hosts [ENV=value] ./program 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 6 ? rsh 或 ssh：指定使用 rsh 或 ssh 通信（默認(rèn) ssh） ? np：進(jìn)程數(shù)， hostfile 文件格式與 MPICH2 相同（ np 和 hostfile 是必備選項(xiàng)，不可缺少 ） ? ENV=value 設(shè)置運(yùn)行環(huán)境變量，如網(wǎng)絡(luò)選擇，進(jìn)程綁定等，見下文。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` mpirun np $NP hostfile $PBS_NODEFILE mca orte_rsh_agent ssh mca btl self,openib,sm ./program 2amp。d Req39。 示例 OpenMPI 腳本： PBS N openmpi PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` n $NP launcher ssh f $PBS_NODEFILE cpi 2amp。{print $3}39。\n 39。 core[count]=$2。 $1!=node {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 printf(%d %s\n,core[count],prog)。 END {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 printf(%d %s\n,core[count],prog)}39。 作業(yè) portal 提交 功能入口 登錄 系統(tǒng) 后， 進(jìn)入系統(tǒng)主頁(yè)面，單擊主菜單中的“ 作業(yè)調(diào)度 ”，即可看到作業(yè)調(diào)度的子菜單，包括“ Portal 提交”、“作業(yè)管理 ” 、“模板提交”、“統(tǒng)計(jì)視圖”、“歷史作業(yè)”、“作業(yè)記賬”、“管理功能”和“ VNC集成” 8 個(gè)子菜單，其中“管理功能”子菜單中包含了 “隊(duì)列管理”、“用戶設(shè)置”、“節(jié)點(diǎn)管理”、“ License 管理”，“模板管理”和“調(diào)度器管理”，“ VNC 集成”子菜單中包含了“ VNC 登錄”和“ VNC 管理” 。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 16 圖 51 MPI portal 解析結(jié)果示例 詳細(xì) 使用 說(shuō)明 (一 ) Serial 進(jìn)入“作業(yè)調(diào)度 ?Portal 提交”，將在瀏覽器中打開新的 tab，單擊serial 即可展開 serial portal，如果需要進(jìn)入其他 portal，只需點(diǎn)擊相應(yīng)的 portal 名稱： 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 17 圖 52 Serial 應(yīng)用 portal 頁(yè)面 Serial 是 GridviewClusportal 最基本的 portal，可以支持串行程序和 openmp 程序的作業(yè)提交運(yùn)行，并支持 vnc 的圖形作業(yè)， 支持clusnap 的自動(dòng) checkpoint 功能 。 ClusQuotaCPU Time 如果部署了 ClusQuota 集群資源配額計(jì)費(fèi)系統(tǒng)，將顯示您 目前可 用的機(jī) 時(shí)配額 ，計(jì)量 單位為“CPU*Hours”。 Job Schedule Parameters Nnodes 本次計(jì)算任務(wù)需要使用多少個(gè)節(jié)點(diǎn) ， serialportal中只能選 1，其它并行 portal可按照用戶主觀進(jìn)行選擇，數(shù)量不能大于計(jì)算節(jié)點(diǎn)數(shù)量。因此請(qǐng)合理預(yù)估WallTime 的長(zhǎng)短。 Manage Job File 啟動(dòng) WinSCP 程序上傳 /下載計(jì)算任務(wù)的輸入輸出文件。 Output File 計(jì)算過程中的標(biāo)準(zhǔn)輸出和標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤輸出信息，將被重定向保存為文件。 Internal：設(shè)定保存斷點(diǎn)狀態(tài)的時(shí)間間隔； ClusNap默認(rèn)僅保留最新 的兩個(gè)斷點(diǎn)狀態(tài)。 Pre Commands 如果運(yùn)行 mpirun 命令之前需要做前處理操作，可在此處設(shè)置相關(guān)命令參數(shù)，命令行格式必須遵循 bash腳本規(guī)范。 進(jìn)入“作業(yè)調(diào)度 ?作業(yè)管理”，查看或更改作業(yè)運(yùn)行狀態(tài)，查看計(jì)算結(jié)果。 圖 53 MPI 應(yīng)用 portal 頁(yè)面 參數(shù)設(shè)置參考 serial portal，以下僅列出不同的參數(shù)。 Commucation 多節(jié)點(diǎn)并行任務(wù)，節(jié)點(diǎn)之間數(shù)據(jù)交換采用何種網(wǎng)絡(luò)。 本 Portal 安裝后提供基本的 MPI 版本 CPI 可進(jìn)行測(cè)試，用戶也可瀏覽選擇集群中的其他 MPI 程序。 本頁(yè)面 主要分為 如下的幾 個(gè)區(qū)域 ： 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。若取消工具欄上的 復(fù)選框中的“√”，則作業(yè)管理頁(yè)面停止自動(dòng)查詢作業(yè)信息。在文本框中輸入 10300 之間的整數(shù)， 單擊 確定按鈕，則自動(dòng)刷新的時(shí)間間隔將設(shè)置為新輸入的值。 查詢作業(yè) 在作業(yè)管理頁(yè)面的工具欄中提供了作業(yè)查詢的各種條件（包括作業(yè)名、作業(yè)狀態(tài)、作業(yè)所有者、作業(yè)創(chuàng)建時(shí)間），如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 6 查詢作業(yè)工具欄 ? 作業(yè)名 按作業(yè)名查詢?yōu)槟：ヅ洳樵儭? 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。按創(chuàng)建時(shí)間查詢會(huì)查詢?cè)谠搫?chuàng)建時(shí)間之后所創(chuàng)建的所有作業(yè)信息。 查詢到的作業(yè)以表格形式展現(xiàn)在頁(yè)面主區(qū)域部分，表格的列是作業(yè)的屬性，默認(rèn)只顯示顯示作業(yè)的部分屬性，可 單擊 任何一列的表頭對(duì)顯示進(jìn)行設(shè)置，例如，將鼠標(biāo)挪動(dòng)到“作業(yè)編號(hào)”一列，再 單擊該列上出現(xiàn)的下拉三角形 ，則可看到可設(shè)置的屬性，鼠標(biāo)挪動(dòng)到“列”，則顯示列屬性：作業(yè)編號(hào)、作業(yè)名、集群名稱等等，如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 26 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 10 所示的下拉菜單， 單擊 相應(yīng)的控制動(dòng)作，即可完成對(duì)作業(yè)指定的操作。 2． 釋放作業(yè) 只能對(duì)保留狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行釋放操作，釋放成功后作業(yè)會(huì)進(jìn)入排隊(duì)狀態(tài)。 4． 恢復(fù)作業(yè) 只能對(duì)掛起狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行恢復(fù)操作，操作成功后作業(yè)會(huì)進(jìn)入運(yùn)行狀態(tài)。 11 VNC 查看界面 注意： 1． 被喚醒的作業(yè)不計(jì)入作業(yè)總數(shù)中。由于該功能是暴力刪除作業(yè)并且不能恢復(fù)，所以不建議用戶直接應(yīng)用該命令。 12 所示。 ? 視圖列表 位于“工具欄”下方的左側(cè)部分。 目前提供了 8 個(gè) dashboard 視圖，分別是：“作業(yè)狀態(tài)”、“節(jié)點(diǎn)狀態(tài)”、“當(dāng)前用戶資源限額”、“隊(duì)列作業(yè)”、“用戶作業(yè)”、“隊(duì)列運(yùn)行作業(yè)數(shù)限額”、“隊(duì)列核心數(shù)限額”、“最近 30 天歷史作業(yè)”。 13 作業(yè)狀態(tài)統(tǒng)計(jì) ? 節(jié)點(diǎn)狀態(tài) 本 Dashboard 對(duì)全體計(jì)算節(jié)點(diǎn)按照狀態(tài)統(tǒng)計(jì)節(jié)點(diǎn)數(shù)。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 30 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 16 隊(duì)列作業(yè)統(tǒng)計(jì) ? 用戶作業(yè) 本 Dashboard 按照用戶呈現(xiàn)其作業(yè)狀態(tài)分布情況。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 18 隊(duì)列運(yùn)行作業(yè)數(shù)限額 ? 作業(yè)核心數(shù)限額 本 Dashboard 呈現(xiàn)各個(gè)隊(duì)列的核心數(shù)限額和隊(duì)列的統(tǒng)計(jì)。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 32 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 單擊“作業(yè)調(diào)度” ”VNC 管理 ”菜單項(xiàng)，即可打開“ VNC 管理”頁(yè)面，如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 33 位于頁(yè)面右側(cè)的表格區(qū)域，顯示 VNC 會(huì)話 信息，包括“ 會(huì)話編號(hào) ”、“集群名稱”、 “ 所有者 ”、“ 會(huì)話大小 ” 、“關(guān)聯(lián)作業(yè)號(hào)” 和“ 創(chuàng)建時(shí)間 ” 等字段。如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果選擇多個(gè)打開，則界面會(huì)提示錯(cuò)誤。這時(shí)，界面彈出如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 注意：如果被刪除的會(huì)話正在被用戶打開使用，刪除之后那些打開的 VNC 窗口會(huì)被關(guān)閉，并且提示網(wǎng)絡(luò)錯(cuò)誤。 24 所示 。右側(cè)窗口允許同時(shí)打開多個(gè) VNC 會(huì)話的 Tab 頁(yè)。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 3 附錄 一 ——Linux 常用命令 瀏覽目錄命令 用戶使用命令行所做的大部分工作是用來(lái)定位、列出、創(chuàng)建以及刪除文件和目錄，下面列舉最為常用的。 2． 每個(gè)集群只能打開一個(gè) VNC 會(huì)話 。如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 24 VNC 登錄初始頁(yè)面 分為兩部分： 1．集群列表樹 位于頁(yè)面的左側(cè)，每一個(gè)葉子節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)集群。 “ VNC 登錄”包含的功能主要是打開一個(gè)到某個(gè)集群管理節(jié)點(diǎn)的 VNC會(huì)話。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 34 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果在已經(jīng)有一個(gè)會(huì)話在“ VNC 打開” Tab 頁(yè)中顯示，則再在“ VNC 管理”中選擇一個(gè)會(huì)話打開的話，原有 Tab 頁(yè)中只會(huì)顯示最新的會(huì)話窗口。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 Root 和 Gridview 管理員可以查詢或者打開所有的 VNC 會(huì)話，而普通用戶僅能查詢和打開自身的 VNC 會(huì)話。 21 VNC 管理頁(yè)面 VNC 管理頁(yè)面可以分為如下的幾個(gè)部分： 位于頁(yè)面最上方，工具欄上有“打開會(huì)話 ”、“ 刪除會(huì)話 ”、“修改隊(duì)列”和“刪除隊(duì)列”四種操作 。 不同的是， root 和Gridview 管理員可以查詢和打開所有用戶的 VNC 會(huì)話，而普通用戶僅能查看和打開自身 VNC 會(huì)話。 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果按照隊(duì)列的作業(yè)限額排序。如 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果包含作業(yè)的隊(duì)列數(shù)超過 5 個(gè)，則只顯示作業(yè)數(shù)最多的前 5 個(gè)。見 圖 錯(cuò)誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。狀態(tài)的含義參考 錯(cuò)誤 !未找到引用源。統(tǒng)計(jì)的狀態(tài)包括：“運(yùn)行”、“排隊(duì)”、“保