【正文】 的 保密級別 為“核 心資料 ”， 未經(jīng)作者書面 授 權，禁止仸何形式的使用 。學術 使用 是指以 技術 交流 或 學術研究為 目 的的使用。 8. 涉及本文檔的法律糾紛由作者所在地法院 裁決。用戶可通過 IP地址實現(xiàn) Web 訪問。 Linux 用戶可以直接在 命令行 終端中 執(zhí)行 ssh 命令進行登錄 ： $ ssh username登錄節(jié)點 IP地址 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 2 文件上傳下載 Windows 用戶 可以用 SSH Secure Shell Client， winscp 等 軟件實現(xiàn)文件的上傳下載。在 WEB 瀏覽器的地址欄中輸入以下 URL 即可出現(xiàn)登錄界面： 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 3 登彔節(jié)點 IP 地址 :6080/gridview_portal 登入后，如果部分圖表顯示不正常，請為瀏覽器安裝 FLASH 插件。 2. 執(zhí)行 OpenMPI 安裝目錄 $MPI_HOME/bin 下的 ompi_info 命令，可查詢當前 OpenMPI配置信息。編譯程序示例： source /public/software/mpicc o hello mpif90 o hello 運行 MPI 程序 MPICH2 默認使用 hydra 進程管理器，使用 mpiexec 啟動 MPI 進程（無 mpirun），命令格式如下： $ mpiexec f hostfile n 6 ./program hostfile 文件格式如下： node1:4 node name:number of cores node2:4 遠程節(jié)點訪問協(xié)議選擇： MPICH2 默認使用 ssh，也可選擇使用 rsh， fork， slurm 等，利用 launcher 選項進行設置： $ mpiexec launcher rsh f hostfile n 6 ./program 使用 mvapich2 運行并行程序 編譯 MPI 程序 $ source /public/software/$ mpicc o hello $ mpif90 o hello MVAPICH2 編譯 C、 C++、 Fortran77 和 Fortran90 的編譯器分別為 mpicc,mpicxx,mpif70 和mpif90。 下面分別介紹： 1. mpirun_rsh 命令 $ mpirun_rsh rsh np 4 hostfile hosts [ENV=value] ./program 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 6 ? rsh 或 ssh：指定使用 rsh 或 ssh 通信（默認 ssh） ? np：進程數(shù)， hostfile 文件格式與 MPICH2 相同（ np 和 hostfile 是必備選項，不可缺少 ） ? ENV=value 設置運行環(huán)境變量，如網(wǎng)絡選擇，進程綁定等，見下文。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` mpirun np $NP hostfile $PBS_NODEFILE mca orte_rsh_agent ssh mca btl self,openib,sm ./program 2amp。d Req39。 示例 OpenMPI 腳本： PBS N openmpi PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` n $NP launcher ssh f $PBS_NODEFILE cpi 2amp。{print $3}39。\n 39。 core[count]=$2。 $1!=node {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 printf(%d %s\n,core[count],prog)。 END {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 printf(%d %s\n,core[count],prog)}39。 作業(yè) portal 提交 功能入口 登錄 系統(tǒng) 后， 進入系統(tǒng)主頁面，單擊主菜單中的“ 作業(yè)調(diào)度 ”，即可看到作業(yè)調(diào)度的子菜單，包括“ Portal 提交”、“作業(yè)管理 ” 、“模板提交”、“統(tǒng)計視圖”、“歷史作業(yè)”、“作業(yè)記賬”、“管理功能”和“ VNC集成” 8 個子菜單，其中“管理功能”子菜單中包含了 “隊列管理”、“用戶設置”、“節(jié)點管理”、“ License 管理”，“模板管理”和“調(diào)度器管理”，“ VNC 集成”子菜單中包含了“ VNC 登錄”和“ VNC 管理” 。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 16 圖 51 MPI portal 解析結(jié)果示例 詳細 使用 說明 (一 ) Serial 進入“作業(yè)調(diào)度 ?Portal 提交”，將在瀏覽器中打開新的 tab，單擊serial 即可展開 serial portal，如果需要進入其他 portal，只需點擊相應的 portal 名稱： 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 17 圖 52 Serial 應用 portal 頁面 Serial 是 GridviewClusportal 最基本的 portal，可以支持串行程序和 openmp 程序的作業(yè)提交運行，并支持 vnc 的圖形作業(yè)， 支持clusnap 的自動 checkpoint 功能 。 ClusQuotaCPU Time 如果部署了 ClusQuota 集群資源配額計費系統(tǒng)，將顯示您 目前可 用的機 時配額 ，計量 單位為“CPU*Hours”。 Job Schedule Parameters Nnodes 本次計算任務需要使用多少個節(jié)點 ， serialportal中只能選 1，其它并行 portal可按照用戶主觀進行選擇，數(shù)量不能大于計算節(jié)點數(shù)量。因此請合理預估WallTime 的長短。 Manage Job File 啟動 WinSCP 程序上傳 /下載計算任務的輸入輸出文件。 Output File 計算過程中的標準輸出和標準錯誤輸出信息，將被重定向保存為文件。 Internal：設定保存斷點狀態(tài)的時間間隔； ClusNap默認僅保留最新 的兩個斷點狀態(tài)。 Pre Commands 如果運行 mpirun 命令之前需要做前處理操作，可在此處設置相關命令參數(shù)，命令行格式必須遵循 bash腳本規(guī)范。 進入“作業(yè)調(diào)度 ?作業(yè)管理”，查看或更改作業(yè)運行狀態(tài)，查看計算結(jié)果。 圖 53 MPI 應用 portal 頁面 參數(shù)設置參考 serial portal，以下僅列出不同的參數(shù)。 Commucation 多節(jié)點并行任務，節(jié)點之間數(shù)據(jù)交換采用何種網(wǎng)絡。 本 Portal 安裝后提供基本的 MPI 版本 CPI 可進行測試，用戶也可瀏覽選擇集群中的其他 MPI 程序。 本頁面 主要分為 如下的幾 個區(qū)域 ： 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。若取消工具欄上的 復選框中的“√”，則作業(yè)管理頁面停止自動查詢作業(yè)信息。在文本框中輸入 10300 之間的整數(shù)， 單擊 確定按鈕，則自動刷新的時間間隔將設置為新輸入的值。 查詢作業(yè) 在作業(yè)管理頁面的工具欄中提供了作業(yè)查詢的各種條件（包括作業(yè)名、作業(yè)狀態(tài)、作業(yè)所有者、作業(yè)創(chuàng)建時間），如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 6 查詢作業(yè)工具欄 ? 作業(yè)名 按作業(yè)名查詢?yōu)槟：ヅ洳樵儭? 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。按創(chuàng)建時間查詢會查詢在該創(chuàng)建時間之后所創(chuàng)建的所有作業(yè)信息。 查詢到的作業(yè)以表格形式展現(xiàn)在頁面主區(qū)域部分，表格的列是作業(yè)的屬性，默認只顯示顯示作業(yè)的部分屬性，可 單擊 任何一列的表頭對顯示進行設置，例如，將鼠標挪動到“作業(yè)編號”一列，再 單擊該列上出現(xiàn)的下拉三角形 ，則可看到可設置的屬性，鼠標挪動到“列”，則顯示列屬性：作業(yè)編號、作業(yè)名、集群名稱等等，如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 26 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 10 所示的下拉菜單， 單擊 相應的控制動作，即可完成對作業(yè)指定的操作。 2． 釋放作業(yè) 只能對保留狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行釋放操作，釋放成功后作業(yè)會進入排隊狀態(tài)。 4． 恢復作業(yè) 只能對掛起狀態(tài)的作業(yè)執(zhí)行恢復操作，操作成功后作業(yè)會進入運行狀態(tài)。 11 VNC 查看界面 注意： 1． 被喚醒的作業(yè)不計入作業(yè)總數(shù)中。由于該功能是暴力刪除作業(yè)并且不能恢復，所以不建議用戶直接應用該命令。 12 所示。 ? 視圖列表 位于“工具欄”下方的左側(cè)部分。 目前提供了 8 個 dashboard 視圖，分別是：“作業(yè)狀態(tài)”、“節(jié)點狀態(tài)”、“當前用戶資源限額”、“隊列作業(yè)”、“用戶作業(yè)”、“隊列運行作業(yè)數(shù)限額”、“隊列核心數(shù)限額”、“最近 30 天歷史作業(yè)”。 13 作業(yè)狀態(tài)統(tǒng)計 ? 節(jié)點狀態(tài) 本 Dashboard 對全體計算節(jié)點按照狀態(tài)統(tǒng)計節(jié)點數(shù)。 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 30 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 16 隊列作業(yè)統(tǒng)計 ? 用戶作業(yè) 本 Dashboard 按照用戶呈現(xiàn)其作業(yè)狀態(tài)分布情況。 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 18 隊列運行作業(yè)數(shù)限額 ? 作業(yè)核心數(shù)限額 本 Dashboard 呈現(xiàn)各個隊列的核心數(shù)限額和隊列的統(tǒng)計。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 32 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 單擊“作業(yè)調(diào)度” ”VNC 管理 ”菜單項，即可打開“ VNC 管理”頁面，如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 33 位于頁面右側(cè)的表格區(qū)域，顯示 VNC 會話 信息，包括“ 會話編號 ”、“集群名稱”、 “ 所有者 ”、“ 會話大小 ” 、“關聯(lián)作業(yè)號” 和“ 創(chuàng)建時間 ” 等字段。如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果選擇多個打開，則界面會提示錯誤。這時，界面彈出如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 注意：如果被刪除的會話正在被用戶打開使用，刪除之后那些打開的 VNC 窗口會被關閉，并且提示網(wǎng)絡錯誤。 24 所示 。右側(cè)窗口允許同時打開多個 VNC 會話的 Tab 頁。 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 3 附錄 一 ——Linux 常用命令 瀏覽目錄命令 用戶使用命令行所做的大部分工作是用來定位、列出、創(chuàng)建以及刪除文件和目錄，下面列舉最為常用的。 2． 每個集群只能打開一個 VNC 會話 。如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 24 VNC 登錄初始頁面 分為兩部分： 1．集群列表樹 位于頁面的左側(cè)，每一個葉子節(jié)點代表一個集群。 “ VNC 登錄”包含的功能主要是打開一個到某個集群管理節(jié)點的 VNC會話。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 34 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果在已經(jīng)有一個會話在“ VNC 打開” Tab 頁中顯示，則再在“ VNC 管理”中選擇一個會話打開的話，原有 Tab 頁中只會顯示最新的會話窗口。 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。 Root 和 Gridview 管理員可以查詢或者打開所有的 VNC 會話，而普通用戶僅能查詢和打開自身的 VNC 會話。 21 VNC 管理頁面 VNC 管理頁面可以分為如下的幾個部分： 位于頁面最上方，工具欄上有“打開會話 ”、“ 刪除會話 ”、“修改隊列”和“刪除隊列”四種操作 。 不同的是， root 和Gridview 管理員可以查詢和打開所有用戶的 VNC 會話，而普通用戶僅能查看和打開自身 VNC 會話。 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果按照隊列的作業(yè)限額排序。如 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。如果包含作業(yè)的隊列數(shù)超過 5 個，則只顯示作業(yè)數(shù)最多的前 5 個。見 圖 錯誤 !文檔中沒有指定樣式的文字。狀態(tài)的含義參考 錯誤 !未找到引用源。統(tǒng)計的狀態(tài)包括：“運行”、“排隊”、“保